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- PDB-4xnq: Antibody hemagglutinin Complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xnq
タイトルAntibody hemagglutinin Complexes
要素
  • H5.3 Light chain
  • H5.3 heavy chain
  • Influenza H5 HA head domain VietNam rdt mutations
キーワードViral protein/Immune system / Antibody / hemagglutinin / neutralization / Viral protein-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Spiller, B.W. / Winarski, K.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200900047C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R21 AI092268 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Vaccine-elicited antibody that neutralizes H5N1 influenza and variants binds the receptor site and polymorphic sites.
著者: Winarski, K.L. / Thornburg, N.J. / Yu, Y. / Sapparapu, G. / Crowe, J.E. / Spiller, B.W.
履歴
登録2015年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Non-polymer description
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32015年8月12日Group: Database references
改定 1.42015年9月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.52017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.62019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H5.3 Light chain
B: H5.3 heavy chain
D: Influenza H5 HA head domain VietNam rdt mutations
L: H5.3 Light chain
H: H5.3 heavy chain
C: Influenza H5 HA head domain VietNam rdt mutations
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,7997
ポリマ－141,2286
非ポリマー5711
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area53470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)250.400, 51.178, 127.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 H5.3 Light chain


分子量: 22327.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 H5.3 heavy chain


分子量: 23964.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Influenza H5 HA head domain VietNam rdt mutations


分子量: 24321.535 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 74-285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Vietnam/1203/2004(H5N1) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H8PCX0, UniProt: Q6DQ33*PLUS
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 200 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
Temp details: 294

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.00394 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 97220 / Num. obs: 97220 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 53.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.001→33.084 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 1999 2.06 %
Rwork0.191 --
obs0.1917 97220 89.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→33.084 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9616 0 38 403 10057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13413543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.083529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.001-2.0510.379800.33463778X-RAY DIFFRACTION50
2.051-2.10640.3544960.30164619X-RAY DIFFRACTION62
2.1064-2.16840.33031200.28065689X-RAY DIFFRACTION76
2.1684-2.23840.31341520.27657247X-RAY DIFFRACTION96
2.2384-2.31840.28251520.25257203X-RAY DIFFRACTION96
2.3184-2.41120.2941520.24937238X-RAY DIFFRACTION96
2.4112-2.52090.26611500.24197211X-RAY DIFFRACTION96
2.5209-2.65370.28261530.24157278X-RAY DIFFRACTION96
2.6537-2.81990.26451540.23257332X-RAY DIFFRACTION97
2.8199-3.03750.30551560.22817435X-RAY DIFFRACTION98
3.0375-3.34290.22521560.21317417X-RAY DIFFRACTION98
3.3429-3.8260.20861570.18337497X-RAY DIFFRACTION98
3.826-4.8180.1851590.13857571X-RAY DIFFRACTION99
4.818-33.08870.17011620.14737706X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.739-0.96370.32872.0488-0.88034.0471-0.2093-0.37850.07380.10620.19210.0857-0.4072-1.12390.03130.56260.16130.12910.6306-0.06460.3752461.857228.4272297.0076
21.91550.06180.55992.2532.60357.1089-0.3197-0.65320.17150.11860.31310.0068-0.0993-0.39330.02120.42630.25570.05070.82890.10270.3951445.062430.5505270.855
33.10840.78090.0114.5381.64517.9224-0.254-0.4773-0.17230.2480.20280.12530.5215-0.58480.10020.47460.22910.09250.79610.15220.3657445.28225.6253271.3959
43.07731.10072.70891.79810.80277.9954-0.05630.2832-0.2368-0.4929-0.115-0.0953-0.8765-0.58610.19080.55710.1170.09260.3816-0.05540.3984478.149128.8471275.7417
52.7444-0.1830.39561.8478-0.49212.5218-0.2653-0.028-0.06730.13270.0512-0.0329-0.048-0.25450.20060.50190.06750.1230.3022-0.02150.3361477.778724.6983285.3755
64.2252-0.27611.40861.1725-0.31152.0767-0.02870.0279-0.3532-0.2124-0.06480.16060.3791-0.15780.01480.67090.00870.19190.3139-0.05730.5295481.199515.602284.0212
71.7617-0.04350.68891.6271-0.6263.1166-0.11680.1156-0.19640.0779-0.0315-0.0158-0.0786-0.19520.13260.58360.05710.14320.2789-0.0360.3729477.955122.9859284.8703
82.01440.05182.59540.3233-0.85783.9013-0.25430.00750.11080.160.2290.1118-0.2508-0.358-0.00930.53180.11240.10560.5343-0.0210.371460.124132.1247269.1808
91.1147-0.37881.32891.8852-1.82993.8777-0.3955-0.47160.15770.29190.58190.2004-0.5143-0.107-0.1040.53460.07810.07830.6628-0.12580.4429455.477338.8439265.1949
108.3648-1.53221.24266.89530.09936.3198-0.07550.03680.5193-0.09540.29960.6753-0.9253-0.5562-0.20010.64740.12340.08620.57170.0160.3496448.763441.9952259.4589
115.8933-3.0497-2.66736.90536.32315.8660.00930.63291.5361-0.7088-0.1561-2.0008-0.50661.7630.08710.49270.03260.1911.00590.19740.7537498.19145.0923312.1806
125.9091-6.5995-2.32678.41294.14318.5644-0.05-0.84410.48760.5570.4558-0.86760.74441.4851-0.36480.52990.04620.01090.8635-0.00280.6165498.13612.5853309.0859
134.3865-1.89580.81076.965-2.78757.74690.0543-0.9260.62880.5831-0.3266-1.0886-0.1921.59480.29710.5676-0.09880.01881.0198-0.07550.4654494.58275.6929318.8252
143.2009-2.04450.77945.6418-3.12336.72380.41750.2315-0.0902-0.1229-0.25740.52570.4745-0.3805-0.23830.6443-0.00450.13460.4033-0.09930.4022478.02246.6085305.8375
155.4021-2.9426-0.39053.8545-1.526.7923-0.0197-0.5853-0.04190.14510.31030.17430.1707-0.1662-0.30970.5462-0.03930.07930.4374-0.01960.2777477.80354.2477319.1875
162.8143-2.03440.52848.0284-2.25686.3891-0.2003-0.1461-0.1087-0.01850.10950.1935-0.5091-0.0070.07090.4001-0.03240.08160.22010.00260.3498499.300114.4915255.4826
173.62471.761.775.64212.39374.7283-0.1145-0.1047-0.07530.7514-0.02350.34480.3976-0.35320.14210.81410.02220.17850.4509-0.02330.3371485.069713.096228.118
182.3926-2.1186-0.1866.77940.42914.9160.06140.0592-0.1308-0.84740.1140.02910.40430.5229-0.20160.60620.03640.14470.2885-0.01220.3964507.827-5.0201250.2595
192.1552-1.20472.4072-0.214-0.70372.37220.46880.5079-0.1061-0.30140.037-0.03891.28981.0338-0.54360.9169-0.00860.13950.4118-0.0120.3835506.39160.6853239.2246
206.391-4.1837-1.25888.50142.45747.3176-0.03080.13340.36170.11210.2255-0.4744-0.12560.2955-0.19420.54680.00880.12040.4263-0.05090.3393494.561313.5691214.652
215.44073.01081.28741.68430.72130.29740.72131.4122-0.9141-0.128-0.3492-1.70481.42531.6085-0.14041.0670.55870.09920.93430.0760.8127509.8878-15.7641287.8659
226.8477-0.80412.90616.349-0.36444.12320.4655-0.6844-0.48530.4738-0.9342-1.19621.49010.96620.26051.27170.4860.06530.96940.21240.706507.433-17.0522288.3964
236.2527-0.31860.59735.5331-0.04634.34310.5627-0.5160.619-0.2416-1.0179-2.14041.43521.46920.58720.69470.24310.0871.00130.08191.0992513.9824-6.1884284.4942
248.44812.02450.96837.1988-1.28826.9627-0.1215-1.0747-0.63980.199-0.0599-1.21010.91321.11330.14720.54580.26240.06660.6399-0.01340.4782502.2415-10.626294.0481
252.85370.0203-2.16893.68981.68175.2764-0.17680.4364-0.4472-0.8499-0.184100.59590.05360.18130.67410.1650.13720.33860.03410.4324498.275-3.9047273.958
266.2431-2.1009-1.62176.4126-0.44275.04760.08990.2652-0.3013-0.8299-0.11750.23580.09050.1377-0.1210.53710.05430.08590.29090.0270.3117493.39430.6477278.6667
275.4321-1.14060.10813.4922-3.31653.8242-0.1014-0.3373-0.561-0.2130.35640.57941.1152-0.217-0.15450.5778-0.00970.07590.304-0.0270.3371487.1931-9.1629295.0811
282.8901-0.7016-1.15096.1395-2.22747.33230.38310.0730.4237-0.4255-0.295-0.5941-0.42630.4989-0.08350.35730.02350.12050.2543-0.02520.3763496.56996.0514285.3013
295.16191.0888-2.84359.4017-4.27173.31240.5986-0.54070.60340.479-0.3904-0.4186-1.0841.3588-0.26110.5496-0.1269-0.00420.4835-0.08280.3863498.5167.9232292.8145
304.4798-0.6806-1.5177.5286-2.3498.01880.144-0.46240.12920.4809-0.0954-0.42310.16150.52520.05690.36870.03360.00030.3151-0.04940.255495.778-2.4657294.8967
312.5906-0.5072-1.04116.6487-2.64166.37140.0918-0.3174-0.247-0.3574-0.3043-0.51170.82270.61120.140.45140.1040.05370.32130.05040.3842496.0256-7.3531290.2215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 105 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 208 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 17 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 18 through 52 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 53 through 73 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 74 through 107 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 108 through 155 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 156 through 185 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 186 through 223 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 57 through 71 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 72 through 89 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 90 through 122 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 123 through 146 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 147 through 262 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 1 through 105 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 106 through 208 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 1 through 107 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 108 through 129 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 130 through 223 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 57 through 71 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 72 through 89 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 90 through 99 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 100 through 126 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 127 through 146 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 147 through 163 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 164 through 174 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 175 through 206 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 207 through 228 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 229 through 247 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 248 through 262 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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