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- PDB-4xnm: Antibody Influenza H5 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xnm
タイトルAntibody Influenza H5 Complex
要素
  • H5.3 FAB Heavy Chain
  • H5.3 FAB Light Chain
  • Hemagglutinin
キーワードViral protein/Immune system / Antibody / Influenza / Neutralization / Viral protein-Immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like ...Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Winarski, K.L. / Spiler, B.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200900047C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI092268 米国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Vaccine-elicited antibody that neutralizes H5N1 influenza and variants binds the receptor site and polymorphic sites.
著者: Winarski, K.L. / Thornburg, N.J. / Yu, Y. / Sapparapu, G. / Crowe, J.E. / Spiller, B.W.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Antibody Influenza H5 Complex
著者: Winarski, K.L. / Crowe, J.E. / Spiller, B.W.
履歴
登録2015年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Non-polymer description
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 1.32015年8月12日Group: Database references
改定 1.42015年9月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.52017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.62019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: H5.3 FAB Light Chain
H: H5.3 FAB Heavy Chain
A: H5.3 FAB Light Chain
B: H5.3 FAB Heavy Chain
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,8637
ポリマ－145,2936
非ポリマー5711
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area54200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)250.939, 51.427, 127.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 H5.3 FAB Light Chain


分子量: 22327.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 H5.3 FAB Heavy Chain


分子量: 23964.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 26353.771 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 74-285 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Vietnam/1203/2004(H5N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H8PCX0, UniProt: Q6DQ33*PLUS
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→50 Å / Num. all: 53874 / Num. obs: 53874 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.51→2.59 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.51→29.464 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2412 1999 3.71 %Random
Rwork0.2138 ---
obs0.2149 53874 96.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→29.464 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9648 0 38 83 9769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029957
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65913585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7193543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.57030.32491240.34873221X-RAY DIFFRACTION84
2.5703-2.63970.34531370.35013547X-RAY DIFFRACTION94
2.6397-2.71730.381400.32663631X-RAY DIFFRACTION96
2.7173-2.8050.28371380.30583584X-RAY DIFFRACTION95
2.805-2.90520.31761420.28723666X-RAY DIFFRACTION96
2.9052-3.02140.28621420.28053691X-RAY DIFFRACTION97
3.0214-3.15870.31721420.2823686X-RAY DIFFRACTION98
3.1587-3.3250.31081420.27043704X-RAY DIFFRACTION98
3.325-3.5330.31311460.25033791X-RAY DIFFRACTION99
3.533-3.80530.25211470.22143812X-RAY DIFFRACTION100
3.8053-4.18730.21141480.20323839X-RAY DIFFRACTION100
4.1873-4.7910.18051480.16083825X-RAY DIFFRACTION100
4.791-6.02760.21811490.16893887X-RAY DIFFRACTION100
6.0276-29.46570.19781540.17623991X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8319-0.3793-0.05720.1492-0.17412.03950.2146-0.20790.182-0.289-0.31390.2321-0.753-0.4026-0.05940.9434-0.00970.11250.5517-0.01760.7861267.231724.4251125.2502
23.8479-1.15230.62925.3316-2.02438.1925-0.238-0.10120.1499-0.6268-0.128-0.4765-0.34370.3630.38680.7368-0.02440.17870.3615-0.02690.6905273.890920.1202130.0726
35.25933.01283.65977.76744.56816.6087-0.0182-0.22770.09770.5977-0.04870.30610.0377-0.41460.04221.13280.08370.21430.5936-0.00050.5431258.415819.2577102.3076
43.4938-0.58890.95454.9580.02376.55310.140.20080.007-1.19080.1245-0.30760.61330.7117-0.28841.01790.07650.26170.4632-0.0540.7837281.6332-0.0459122.7785
51.6296-1.04552.2665-0.008-1.17937.46850.01610.29310.0564-0.3825-0.2402-0.06920.78710.45810.17691.1514-0.06310.22930.5017-0.03340.7262274.39811.1111.761
69.1002-4.5703-4.7678.66324.46245.90860.1335-0.5720.7738-0.13210.8174-0.7746-0.2870.838-0.87021.091-0.12270.18240.8901-0.21710.6724269.501319.746488.904
71.2638-0.5248-0.34456.13752.34892.4627-0.6053-0.12540.28910.86270.62910.57370.0075-1.37460.04351.0130.13790.20851.3261-0.16130.9003227.696234.0975169.0366
84.8189-0.77640.41050.2375-0.65655.2456-0.4456-0.51780.03610.56450.24480.1997-0.6888-1.44140.22051.02150.18330.22570.9171-0.13860.673236.800734.4961171.3513
91.60521.8654-0.96672.75470.78696.2145-0.1777-0.33931.21750.19161.2891-0.5591-0.9512-1.3535-0.74661.13310.70.11391.7223-0.02810.9022214.91642.1963152.698
104.89210.27241.62574.88062.19066.8075-0.1763-0.62750.17730.3010.23970.1536-0.3211-0.44490.01760.79270.28410.12931.010.1550.6445221.248935.406144.9591
115.5914-1.04610.83229.36633.97942.6183-0.3393-0.7897-0.46710.35740.28340.69980.8758-1.27850.17550.88060.1030.17221.10180.26620.7409216.073128.6214142.4323
122.0635-0.36490.56521.6352-0.61793.834-0.0550.1676-0.3659-0.015-0.044-0.00260.147-0.13990.08140.87060.01160.21470.5638-0.08590.6684252.197729.2349157.5318
136.892-0.88896.22790.557-1.68758.2415-0.1110.08750.2090.17950.19560.0922-0.2769-0.1874-0.06870.9070.06080.17010.5802-0.05160.6019233.988138.2518143.1149
145.5593-2.61692.55568.1541-1.85286.9786-0.4316-0.57080.66480.14660.69670.3504-0.7814-0.4506-0.25730.85840.06780.14080.7782-0.08030.7107225.038146.9476135.8601
158.9169-1.31391.94625.905-0.59436.85160.0342-0.205-0.66210.1672-0.1251-1.23421.59951.90240.09140.93750.31520.09251.13270.10370.9272281.9669-4.8866163.9957
165.99782.2793-5.00530.8626-1.34568.0505-0.58520.32630.1376-0.02320.1747-0.17571.1887-0.33210.47620.79630.00940.13840.5246-0.03830.7729269.61341.2466149.9018
173.71060.6189-2.40584.9121-2.01228.19270.2241-0.33350.17480.1839-0.1386-0.3204-0.10030.3846-0.09680.5460.01060.04180.4661-0.0480.5052269.85216.9706161.7472
186.5628-6.2892-6.85255.93276.56797.1942-0.19640.86411.3311-0.4280.5032-1.29850.15950.7523-0.18691.0638-0.23850.05671.18830.0060.7862272.339611.7268185.6352
195.0437-2.9556-1.17555.48115.80789.45490.2943-1.06940.83130.84360.1919-0.93340.81951.9045-0.50811.1681-0.1498-0.03351.39020.0850.938272.70169.4037182.9509
208.2449-7.065-0.43038.0899-2.37335.6274-0.0123-2.27191.25811.31230.3752-1.5801-0.76540.3754-0.29671.4088-0.3821-0.14411.2942-0.21750.78267.378217.5917193.6879
214.8924-2.3199-1.42217.4859-3.10373.79350.2561-0.2135-0.10310.1844-0.20460.11470.27090.4705-0.04391.0505-0.14930.08450.8638-0.16730.4561257.94669.0295183.4378
224.8265-1.9494-1.17732.8293-0.98245.60650.2329-0.56870.23970.5480.14210.1287-0.42240.0333-0.39430.9759-0.12390.14420.6645-0.06480.4612251.955512.1442192.7606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 16 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 17 through 105 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 106 through 208 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 1 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 92 through 153 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 154 through 223 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1 through 16 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 17 through 105 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 106 through 117 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 118 through 172 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 173 through 208 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 107 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 108 through 155 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 156 through 223 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 58 through 122 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 123 through 146 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 147 through 262 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 57 through 71 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 72 through 90 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 91 through 111 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 112 through 146 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 147 through 261 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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