PDB-4xng: Central Domain of Mycoplasma Genitalium Terminal Organelle protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xng

タイトル

Central Domain of Mycoplasma Genitalium Terminal Organelle protein MG491

要素

Uncharacterized protein MG218.1

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / antiparallel three-helix bundles / asymmetric dimer of dimers / gliding motility

機能・相同性

: / Organelle protein MG491, central domain / Uncharacterized protein MG218.1

機能・相同性情報

生物種

Mycoplasma genitalium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Martinelli, L. / Fita, I.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Structure-Guided Mutations in the Terminal Organelle Protein MG491 Cause Major Motility and Morphologic Alterations on Mycoplasma genitalium.
著者: Martinelli, L. / Garcia-Morales, L. / Querol, E. / Pinol, J. / Fita, I. / Calisto, B.M.

履歴

登録	2015年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xng.cif.gz	243.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xng.ent.gz	200.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2w7p-1 1or0-1 1l1l-2 1ghd-d 3jtr-d 4c8m-d 4m1j-d 5w6q-3 3src-d 2ae4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein MG218.1

B: Uncharacterized protein MG218.1

C: Uncharacterized protein MG218.1

D: Uncharacterized protein MG218.1

67.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.270, 108.420, 62.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	ALA	ALA	A	A	67 - 203	6 - 142
2	1	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	67 - 202	6 - 141
1	2	HIS	HIS	GLU	GLU	A	A	66 - 202	5 - 141
2	2	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	66 - 202	5 - 141
1	3	PHE	PHE	ALA	ALA	A	A	65 - 203	4 - 142
2	3	PHE	PHE	ALA	ALA	D	D	65 - 203	4 - 142
1	4	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	67 - 202	6 - 141
2	4	ASN	ASN	GLU	GLU	C	C	67 - 202	6 - 141
1	5	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	67 - 202	6 - 141
2	5	ASN	ASN	ALA	ALA	D	D	67 - 203	6 - 142
1	6	HIS	HIS	GLU	GLU	C	C	66 - 202	5 - 141
2	6	HIS	HIS	GLU	GLU	D	D	66 - 202	5 - 141

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Uncharacterized protein MG218.1 分子量: 16769.986 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 63-204 / 変異: I168M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium (バクテリア) 遺伝子: MG218.1 / プラスミド: pOPINE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZB78
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, Li2SO4, Tris / PH範囲: 7.5 - 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryogenic data collection
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979154 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979154 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 13879 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.5 % / R_merge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 20.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.8.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 50.093 / SU ML: 0.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.467 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2491	667	5 %	RANDOM
R_work	0.2258	12541	-	-
obs	0.227	13851	95.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.77 Å² / B_iso mean: 87.896 Å² / B_iso min: 37.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.87 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4588	0	0	0	4588
残基数	-	-	-	-	559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	4613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.405	1.987	6240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.195	3	10634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.927	5	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.086	25.212	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.594	15	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.255	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.318	3.869	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.319	3.869	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.759	5.808	2783

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8405	0.09
1	2	B	8405	0.09
2	1	A	8585	0.08
2	2	C	8585	0.08
3	1	A	8595	0.09
3	2	D	8595	0.09
4	1	B	8424	0.1
4	2	C	8424	0.1
5	1	B	8669	0.07
5	2	D	8669	0.07
6	1	C	8502	0.1
6	2	D	8502	0.1

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.421	40	-
R_work	0.313	578	-
all	-	618	-
obs	-	-	62.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	20.6686	10.065	-12.5264	43.2907	10.2177	14.5432	-0.7432	0.5594	1.481	0.8367	1.8937	0.3246	1.0036	0.4048	-1.1505	0.8018	0.0524	-0.2984	0.5094	0.044	1.062	-12.115	48.411	-8.991
2	8.2574	4.8715	1.373	8.538	0.4887	2.7918	-0.1962	0.6001	0.1044	-0.4214	0.4101	-0.0714	0.1421	-0.2386	-0.2138	0.301	-0.0046	0.0296	0.0924	0.0426	0.0326	-17.339	25.396	-0.19
3	116.7692	-31.0772	6.8937	22.9048	-2.252	56.2823	-2.2199	-1.6497	8.3065	-0.3278	1.0174	1.4159	1.9388	-1.9205	1.2026	1.2696	0.1643	-0.1001	0.2536	0.2026	1.7839	-52.828	41.454	10.486
4	3.5723	-0.4824	0.2415	8.3588	-3.6422	7.0893	-0.0466	-0.2875	-0.2363	0.2541	0.1216	-0.0911	-0.3079	-0.2665	-0.075	0.13	-0.0484	0.0053	0.2181	0.1165	0.1994	-40.582	17.302	11.902
5	44.2986	44.5606	-15.4463	83.2715	-10.1516	6.1416	-1.1531	1.3905	-2.3919	1.1997	-0.4551	3.0964	0.7626	-0.7174	1.6082	1.2348	0.28	0.3178	1.2722	-0.2205	1.1539	-46.072	50.538	37.233
6	9.7276	-6.0085	0.0076	8.5557	0.4349	2.3612	-0.1112	-1.3474	0.5674	0.5905	0.4748	-0.3107	-0.023	0.261	-0.3636	0.4753	0.0075	0.0354	0.8091	0.0345	0.1394	-39.616	25.254	30.997
7	82.3363	-22.4826	34.6142	16.932	-17.2572	20.2204	-2.7839	4.9078	4.2592	1.2372	-1.0586	-3.8525	-1.4073	1.8659	3.8424	1.5794	-0.4815	0.2838	0.6976	-0.0474	1.59	-5.089	41.016	19.81
8	4.5576	2.4384	0.2392	9.3063	3.9256	6.9914	0.0878	-0.4983	-0.4194	0.2969	0.2333	-0.1431	-0.1013	0.1066	-0.3211	0.1292	0.0213	-0.0668	0.0917	0.0671	0.2146	-16.169	17.534	18.531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	D	62 - 70
2	X-RAY DIFFRACTION	2	D	71 - 205
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	65 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	71 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	65 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	65 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	71 - 205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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