ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0049精密化 XDSVERSION July 4, 2012データ削減 XSCALEVERSION July 4, 2012データスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 2.08→38.69 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.957 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.928 / WRfactor Rfree : 0.1929 / WRfactor Rwork : 0.1482 / FOM work R set : 0.8219 / SU B : 11.686 / SU ML : 0.155 / SU R Cruickshank DPI : 0.3158 / SU Rfree : 0.208 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.316 / ESU R Free : 0.208 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2188 1811 10.1 % RANDOM Rwork 0.1686 16108 - - obs 0.1736 18630 93.42 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 66.2 Å2 / Biso mean : 22.525 Å2 / Biso min : 10.19 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 4.6 Å2 -0 Å2 1.35 Å2 2- - -2.93 Å2 -0 Å2 3- - - -1.84 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.08→38.69 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2742 0 0 245 2987 Biso mean - - - 28.22 - 残基数 - - - - 368
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.015 0.019 2780 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.004 0.02 2791 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.668 1.985 3765 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.032 3 6433 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.636 5 368 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.919 24.6 100 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.265 15 495 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg12.574 15 16 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.094 0.2 459 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.021 3105 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.004 0.02 547 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.269 1.761 1472 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other1.264 1.759 1471 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.003 2.632 1837
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 11647 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.08 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 2.082→2.136 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.247 118 - Rwork 0.226 993 - all - 1111 - obs - - 80.04 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.018 -0.0001 0.0038 0.1916 -0.0437 0.2286 -0.0053 -0.0073 -0.0015 -0.0309 0.0076 0.0095 0.0268 -0.0017 -0.0023 0.0094 -0.0012 -0.006 0.0479 -0.0064 0.0302 0.2264 10.3196 11.2328 2 0.1536 0.0439 -0.0494 0.1292 0.0773 0.231 -0.0137 -0.0176 -0.005 -0.0102 0.0132 0.0103 -0.0261 0.0078 0.0004 0.0101 0.0047 -0.0101 0.0485 -0.0056 0.0352 -0.8749 32.3746 26.4324
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A2 - 185 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B2 - 185