PDB-4xll: Toxoplasma gondii DJ-1, oxidized

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xll

タイトル

Toxoplasma gondii DJ-1, oxidized

要素

DJ-1 family protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / oxidized / DJ-1 / pseudoprotease / papain-fold

機能・相同性

Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DJ-1 family protein

機能・相同性情報

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Child, M.A. / Wilson, M.A. / Reese, M.L. / Bogyo, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Toxoplasma DJ-1 regulates microneme exocytosis through an association with the plant-like kinase, CDPK1
著者: Child, M.A. / Garland, M. / Madzelan, P. / Treeck, M. / van der Linden, W. / Oresic, K. / Weerapana, E. / Wilson, M.A. / Boothroyd, J.C. / Reese, M.L. / Bogyo, M.

履歴

登録	2015年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Data collection

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xll.cif.gz	142.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xll.ent.gz	117 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xll.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xll ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xll	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1j42-2 1pdw-3 4ogf-1 5bra-d 6af9-1 4p35-1 4k2h-1 4zgg-2 4rsq-1 3bwe-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DJ-1 family protein

B: DJ-1 family protein

40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.777, 55.181, 75.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.920, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	2 - 185
2	0	1	0	B	2 - 185

#1: タンパク質	DJ-1 family protein 分子量: 20086.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: TGVEG_214290 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9PZH8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1:1 5mg/mL protein in 10 mM HEPES 7.0, 100 mM NaCl, 10 mM DTT mixed with reservoir: 1.5 M ammonium citrate tribasic

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→38.6929 Å / Num. obs: 18638 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.84 % / B_iso Wilson estimate: 25.499 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I): 16.96 / Num. measured all: 127624

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.08-2.14		6.3	0.955	0.338	5.25	7930	1393	1258	0.368	90.3
2.14-2.19			0.975	0.282	6.28	8215	1386	1300	0.307	93.8
2.19-2.26			0.975	0.287	6.73	9291	1338	1312	0.31	98.1
2.26-2.33			0.98	0.254	7.56	8901	1283	1263	0.274	98.4
2.33-2.4			0.98	0.244	7.91	8876	1272	1249	0.263	98.2
2.4-2.49			0.983	0.213	8.78	8343	1209	1187	0.229	98.2
2.49-2.58			0.989	0.179	10.34	8100	1189	1174	0.193	98.7
2.58-2.69			0.993	0.161	10.88	7516	1115	1103	0.175	98.9
2.69-2.81			0.992	0.136	12.33	6669	1112	1052	0.148	94.6
2.81-2.94			0.995	0.113	15.67	7183	1033	1017	0.122	98.5
2.94-3.1			0.996	0.096	18.23	7031	979	973	0.104	99.4
3.1-3.29			0.997	0.076	22.54	6654	944	936	0.082	99.2
3.29-3.52			0.998	0.062	26.03	6110	878	873	0.067	99.4
3.52-3.8			0.999	0.051	31.21	5497	819	813	0.055	99.3
3.8-4.16			0.998	0.044	34.77	4505	766	706	0.049	92.2
4.16-4.66			0.999	0.039	39.81	4809	682	680	0.042	99.7
4.66-5.38			0.999	0.04	40.11	4339	612	608	0.044	99.3
5.38-6.58			0.999	0.048	31.79	3553	526	520	0.052	98.9
6.58-9.31			0.999	0.032	43.5	2510	410	382	0.035	93.2
	9.31		0.999	0.024	58.35	1592	235	232	0.026	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS	VERSION July 4, 2012	データ削減
XSCALE	VERSION July 4, 2012	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→38.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.1929 / WR_factor R_work: 0.1482 / FOM work R set: 0.8219 / SU B: 11.686 / SU ML: 0.155 / SU R Cruickshank DPI: 0.3158 / SU R_free: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2188	1811	10.1 %	RANDOM
R_work	0.1686	16108	-	-
obs	0.1736	18630	93.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 66.2 Å² / B_iso mean: 22.525 Å² / B_iso min: 10.19 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.6 Å²	-0 Å²	1.35 Å²
2-	-	-2.93 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.08→38.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2742	0	0	245	2987
B_iso mean	-	-	-	28.22	-
残基数	-	-	-	-	368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.668	1.985	3765
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.032	3	6433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.636	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.919	24.6	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.265	15	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.574	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.269	1.761	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.264	1.759	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.003	2.632	1837

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11647 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.082→2.136 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	118	-
R_work	0.226	993	-
all	-	1111	-
obs	-	-	80.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.018	-0.0001	0.0038	0.1916	-0.0437	0.2286	-0.0053	-0.0073	-0.0015	-0.0309	0.0076	0.0095	0.0268	-0.0017	-0.0023	0.0094	-0.0012	-0.006	0.0479	-0.0064	0.0302	0.2264	10.3196	11.2328
2	0.1536	0.0439	-0.0494	0.1292	0.0773	0.231	-0.0137	-0.0176	-0.005	-0.0102	0.0132	0.0103	-0.0261	0.0078	0.0004	0.0101	0.0047	-0.0101	0.0485	-0.0056	0.0352	-0.8749	32.3746	26.4324

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 185

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