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- PDB-5bra: Crystal Structure of a putative Periplasmic Solute binding protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bra
タイトルCrystal Structure of a putative Periplasmic Solute binding protein (IPR025997) from Ochrobactrum Anthropi ATCC49188 (Oant_2843, TARGET EFI-511085)
要素Putative periplasmic binding protein with substrate ribose
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / Periplasmic solute binding Protein / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Periplasmic binding protein with substrate ribose
類似検索 - 構成要素
生物種Ochrobactrum anthropi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.971 Å
データ登録者Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. ...Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a putative Periplasmic Solute binding protein (IPR025997) from Ochrobactrum Anthropi ATCC49188(Oant_2843, TARGET EFI-511085)
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. ...著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2015年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative periplasmic binding protein with substrate ribose


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5381
ポリマ－38,5381
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.204, 81.204, 103.629
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative periplasmic binding protein with substrate ribose


分子量: 38538.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ochrobactrum anthropi (strain ATCC 49188 / DSM 6882 / NCTC 12168) (バクテリア)
株: ATCC 49188 / DSM 6882 / NCTC 12168 / 遺伝子: Oant_2843 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6X2U7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 % / 解説: pyramid
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (20 mM HEPES, pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-ribulose); Reservoir (2.5M Ammonium sulphate, 0.1M TRIS, pH 8.5); Cryoprotection (80% Lithium sulfate, 20% Reservoir)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→23.8 Å / Num. obs: 7605 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.3 % / Biso Wilson estimate: 58.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.98 / Net I/av σ(I): 38.729 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 215050
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.97-3.0229.10.9823750.9580.1840.9990.881
3.02-3.0829.20.7653660.9650.1430.7780.893
3.08-3.1328.90.6793730.9610.1270.6910.885
3.13-3.229.20.4933520.9830.0920.5020.854
3.2-3.2729.10.3853780.9810.0720.3920.878
3.27-3.34290.3113610.9910.0580.3160.892
3.34-3.4328.90.2433800.9920.0460.2470.86
3.43-3.52290.2173680.9940.0410.2210.875
3.52-3.6228.80.2173750.9920.0410.2210.963
3.62-3.7428.70.1323700.9960.0250.1351.185
3.74-3.8728.40.1093880.9970.0210.1110.816
3.87-4.03290.1013700.9970.0190.1030.851
4.03-4.2128.50.0823660.9980.0150.0830.796
4.21-4.4328.40.0763850.9970.0140.0780.839
4.43-4.7128.30.0743860.9980.0140.0750.866
4.71-5.0728.10.0863860.9990.0160.0881.229
5.07-5.5727.70.1033770.9970.020.1051.657
5.57-6.3627.30.0993990.9960.0190.1011.614
6.36-7.9626.80.0624070.9980.0120.0630.844
7.96-23.824.20.0734430.9970.0140.0740.942

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D02

3d02


解像度: 2.971→23.615 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2951 354 4.7 %
Rwork0.179 7173 -
obs0.1843 7527 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.76 Å2 / Biso mean: 42.4013 Å2 / Biso min: 12.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.971→23.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 0 1 2372
Biso mean---21.37 -
残基数----318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3863274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.221864
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9709-3.39970.3617940.218923522446100
3.3997-4.27910.29881260.17532334246098
4.2791-23.61560.2721340.166724872621100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29250.1424-0.02940.29120.02070.24920.1068-0.140.2108-0.0343-0.0350.0008-0.0442-0.00440.00430.1423-0.01580.00640.2846-0.10580.2373-23.50230.3253-9.1828
20.1052-0.03820.11540.1744-0.04020.17220.0309-0.147-0.2681-0.02310.01250.12880.1456-0.1061-0.00090.2164-0.0291-0.03180.2434-0.01690.2486-16.56667.4377-12.6852
30.4213-0.18-0.22240.07940.09840.12780.0888-0.22940.4265-0.02880.08-0.3327-0.14650.1640.35780.0228-0.19120.06640.3575-0.21020.3445-13.198932.6219-4.2965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 162 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 163 through 282 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 283 through 344 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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