PDB-4xlg: C. glabrata Slx1 in complex with Slx4CCD.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xlg

タイトル

C. glabrata Slx1 in complex with Slx4CCD.

要素

Structure-specific endonuclease subunit SLX1
Structure-specific endonuclease subunit SLX4

キーワード

HYDROLASE / nuclease / DNA repair / GIY-YIG / homogolous recombination

機能・相同性

機能・相同性情報

Slx1-Slx4 complex / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Gaur, V. / Wyatt, H.D.M. / Komorowska, W. / Szczepanowski, R.H. / de Sanctis, D. / Gorecka, K.M. / West, S.C. / Nowotny, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Structural and Mechanistic Analysis of the Slx1-Slx4 Endonuclease.
著者: Gaur, V. / Wyatt, H.D. / Komorowska, W. / Szczepanowski, R.H. / de Sanctis, D. / Gorecka, K.M. / West, S.C. / Nowotny, M.

履歴

登録	2015年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xlg.cif.gz	158.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xlg.ent.gz	123.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xlg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xlg_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xlg_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	4xlg_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	4xlg_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xlg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/4xlg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xm5SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cnh-d 3da6-d 4nkg-2 2np3-d 5awm-d 2r9s-2 6cb0-1 6eq9-2 3fi2-d 2exc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Structure-specific endonuclease subunit SLX4

A: Structure-specific endonuclease subunit SLX1

ヘテロ分子

46 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.790, 135.790, 56.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Structure-specific endonuclease subunit SLX4 分子量: 9313.671 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 647-726 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類) 遺伝子: SLX4, CAGL0M04389g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FJQ6
#2: タンパク質	Structure-specific endonuclease subunit SLX1 分子量: 36481.504 Da / 分子数: 1 / Mutation: E79Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類) 遺伝子: SLX1, CAGL0K06941g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q6FML9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Bis Tris (pH 6.5), 25% (v/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→40 Å / Num. all: 57362 / Num. obs: 57362 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 1.25 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XM5

4xm5

解像度: 1.78→40 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1818	2818	4.91 %
R_work	0.1578	-	-
obs	0.1589	57362	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2627	0	4	302	2933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2765
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.461	3754
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.657	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	427
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.8107	0.2431	138	0.2342	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8107-1.8437	0.253	170	0.2212	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8437-1.8791	0.2992	112	0.2155	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8791-1.9175	0.2271	124	0.2018	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9175-1.9592	0.2372	159	0.1893	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9592-2.0047	0.2123	135	0.1733	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0047-2.0549	0.1907	154	0.1655	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0549-2.1104	0.2106	122	0.1531	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1104-2.1725	0.1939	149	0.1489	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1725-2.2427	0.1774	136	0.1438	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2427-2.3228	0.1535	132	0.1386	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3228-2.4158	0.1719	157	0.1481	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4158-2.5257	0.1917	131	0.153	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5257-2.6589	0.1628	164	0.1501	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6589-2.8255	0.2058	154	0.1444	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8255-3.0436	0.2038	135	0.1541	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0436-3.3498	0.1744	164	0.1528	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3498-3.8342	0.1536	120	0.1457	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8342-4.8298	0.1527	152	0.1392	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8298-44.4616	0.1932	110	0.1833	2868	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5306	1.247	-0.5515	3.3613	-0.245	0.3103	0.1738	0.0489	0.2703	0.1587	0.0305	0.2288	-0.5273	0.2287	0.0803	0.5184	-0.1706	0.0292	0.3024	0.0061	0.3438	-48.0103	36.5673	-1.814
2	1.5816	0.831	0.66	2.2602	0.8949	1.8902	-0.0661	0.1117	0.0663	-0.2266	0.0197	0.0105	-0.2495	0.1223	0.0232	0.2917	-0.0134	0.0037	0.1409	0.0143	0.1963	-60.6224	11.7475	-9.8215
3	2.8765	1.5436	1.2129	2.5031	0.4703	2.2676	-0.1287	0.3491	-0.4052	-0.2928	0.2585	-0.5473	-0.0169	0.495	-0.1223	0.3111	0.0338	0.0625	0.293	-0.0676	0.3311	-52.4653	0.5191	-15.96
4	2.6213	1.759	1.9311	1.9801	1.8051	3.5687	0.4119	-0.2595	-0.2696	0.4673	-0.1555	-0.2783	0.5333	-0.0658	-0.1297	0.338	0.0104	-0.0368	0.1378	0.0342	0.2297	-58.7637	0.9974	3.0393
5	2.6804	0.4955	0.6717	2.3993	-0.3128	2.8958	0.1922	-0.491	-0.1506	0.4887	-0.3115	-0.3909	-0.0275	0.7894	-0.14	0.3993	-0.1075	-0.074	0.4813	0.0639	0.3661	-40.82	18.3247	11.7187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 655 through 721 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 3 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 175 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 176 through 214 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 215 through 300 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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