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- PDB-4xl1: Complex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xl1
タイトルComplex of Notch1 (EGF11-13) bound to Delta-like 4 (N-EGF1)
要素
  • Delta-like protein
  • Neurogenic locus notch homolog protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / glycosylation / EGF domains / receptor-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral spinal cord interneuron fate commitment / regulation of neural retina development / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cardioblast proliferation / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / blood vessel lumenization / positive regulation of glial cell differentiation / venous blood vessel morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis ...ventral spinal cord interneuron fate commitment / regulation of neural retina development / Notch signaling involved in heart development / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / regulation of cardioblast proliferation / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / blood vessel lumenization / positive regulation of glial cell differentiation / venous blood vessel morphogenesis / dorsal aorta morphogenesis / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / glomerular mesangial cell development / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / positive regulation of viral transcription / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / collecting duct development / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / cellular response to tumor cell / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / compartment pattern specification / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / T-helper 17 type immune response / endocardial cushion development / regulation of extracellular matrix assembly / chemical synaptic transmission, postsynaptic / endocardial cell differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / regulation of Notch signaling pathway / epidermal cell fate specification / mesenchymal cell development / negative regulation of collagen biosynthetic process / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / negative regulation of myotube differentiation / left/right axis specification / somatic stem cell division / interleukin-17-mediated signaling pathway / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of endothelial cell differentiation / endocardium development / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / glial cell differentiation / neuron fate commitment / negative regulation of catalytic activity / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / cardiac muscle cell myoblast differentiation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to cholesterol / neuronal stem cell population maintenance / tissue regeneration / regulation of epithelial cell proliferation / calcium-ion regulated exocytosis / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / tube formation / negative regulation of biomineral tissue development / regulation of stem cell proliferation / heart trabecula morphogenesis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / luteolysis
類似検索 - 分子機能
Protein jagged-1-like, atypical EGF2 / : / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal ...Protein jagged-1-like, atypical EGF2 / : / Delta/Serrate/lag-2 (DSL) protein / Notch ligand, N-terminal domain / Delta serrate ligand / N terminus of Notch ligand C2-like domain / DSL domain profile. / delta serrate ligand / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / Laminin / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-L-fucopyranose / Delta-like protein 4 / Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Luca, V.C. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097015 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Ludwig Cancer Foundation 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Structural biology. Structural basis for Notch1 engagement of Delta-like 4.
著者: Luca, V.C. / Jude, K.M. / Pierce, N.W. / Nachury, M.V. / Fischer, S. / Garcia, K.C.
履歴
登録2015年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年7月15日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月20日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Delta-like protein
D: Neurogenic locus notch homolog protein 1
E: Delta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,36224
ポリマ－76,9784
非ポリマー3,38320
水5,855325
1
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Delta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,18112
ポリマ－38,4892
非ポリマー1,69210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area20430 Å2
手法PISA
2
D: Neurogenic locus notch homolog protein 1
E: Delta-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,18112
ポリマ－38,4892
非ポリマー1,69210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11580 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area37220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.809, 93.700, 99.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1


分子量: 12734.274 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Notch1 / プラスミド: pAcGp67A / 細胞株 (発現宿主): Hi-Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q07008
#2: タンパク質 Delta-like protein


分子量: 25754.836 Da / 分子数: 2 / Mutation: G28S, F107L, L206P / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Methylated in vitro / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dll4, Dll4_predicted, rCG_26804 / プラスミド: pAcGp67A / 細胞株 (発現宿主): Hi-Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D3ZHH1

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糖 , 4種, 14分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 331分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細The C-terminus of Neurogenic locus notch homolog protein 1 is as follows: CQRLEVLFQ. The C-terminus ...The C-terminus of Neurogenic locus notch homolog protein 1 is as follows: CQRLEVLFQ. The C-terminus of Delta-like protein is: CNEAAAHHHHHHHH. These proteins were each treated with carboxypeptidase, so the tags may have been disorder or cleaved prior to crystallization.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% PEG 4000, 2.5% isopropanol, 1% n-dodecyl beta-D-maltoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月21日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 32367 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.34 % / Biso Wilson estimate: 39.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 12.15
反射 シェル解像度: 2.29→2.42 Å / 冗長度: 7.82 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 95.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å49.56 Å
Translation2.3 Å49.56 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXDEV-1839精密化
XDS20140110データ削減
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDS20140110データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.56 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1591 4.95 %random selection
Rwork0.218 ---
obs0.22 32158 97.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5303 0 204 325 5832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0215765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3547813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7652104
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051024
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2989-2.37310.40071070.33132092X-RAY DIFFRACTION75
2.3731-2.45790.33391330.29852812X-RAY DIFFRACTION100
2.4579-2.55630.30871500.28172788X-RAY DIFFRACTION100
2.5563-2.67260.29551580.27422823X-RAY DIFFRACTION100
2.6726-2.81350.34171360.26052798X-RAY DIFFRACTION100
2.8135-2.98980.32011430.27292833X-RAY DIFFRACTION100
2.9898-3.22060.29321550.26012816X-RAY DIFFRACTION100
3.2206-3.54460.24721460.22432844X-RAY DIFFRACTION100
3.5446-4.05730.23461500.19042867X-RAY DIFFRACTION100
4.0573-5.11090.22581530.16512868X-RAY DIFFRACTION100
5.1109-49.57450.21211600.18853026X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0788-0.0383-0.00110.0568-0.03050.0169-0.10140.38470.0238-0.23560.26350.2104-0.699-0.0708-00.6184-0.01240.02780.47870.07720.420820.88132.5128-13.3376
20.023-0.0011-0.00790.07570.08110.0756-0.4184-0.52430.25710.28490.160.06990.0475-0.3118-00.5833-0.0257-0.06560.4757-0.05020.550527.237634.9217-8.7536
30.1058-0.0891-0.01540.0792-0.01730.033-0.3257-0.15750.03640.79180.31550.1539-0.05930.003-00.50130.01340.03280.34820.03170.499426.834720.0561-11.8616
40.01120.0282-0.020.0475-0.03330.01630.3714-0.0396-0.15650.1161-0.5076-0.17860.4473-0.229300.5225-0.0143-0.02370.36970.0110.502333.98361.0123-6.9892
50.02040.01690.01010.0414-0.00770.00890.28490.2707-0.49430.71010.04120.21380.1551-0.10750.00190.50690.0138-0.00570.34510.0580.375725.83444.5586-7.2553
60.04870.00490.00570.1046-0.07390.0443-0.2424-0.0570.0693-0.07330.0136-0.0994-0.5690.203800.5220.021-0.03520.3892-0.01210.439729.7076-7.78750.5468
70.15830.0402-0.05770.06620.04240.06360.08320.1642-0.4132-0.67090.29720.48440.5132-0.18770.00010.4933-0.0797-0.09420.47780.14070.629425.745-27.89417.504
80.6523-0.14740.4560.40760.23070.51450.0543-0.0539-0.0403-0.0460.03250.1369-0.0460.068200.32910.0013-0.02280.33090.03080.32839.5835-11.4964-21.5436
90.31990.14660.5220.18440.34320.7855-0.0014-0.10110.11460.0021-0.0090.012-0.2358-0.119100.27390.0132-0.01440.29990.0220.29717.1375-6.3034-21.8148
10-0.30290.127-0.20070.6055-0.36160.1365-0.04950.0567-0.0278-0.10130.1039-0.0298-0.06650.1344-00.3793-0.0612-0.00740.44970.03190.472325.856624.5381-28.2344
11222222-0.2323-0.81742.69352.93120.99561.8062-0.6277-2.5125-0.71371.15660.5042-0.02070.5518-0.1630.756743.00861.8945-28.546
120.3751-0.1715-0.38380.11530.10740.3806-0.0221-0.27590.00490.07420.00370.13180.0848-0.0289-00.4956-0.0738-0.03580.38120.04280.27748.2136-59.54427.1157
130.17170.1163-0.08010.15760.02810.1418-0.0539-0.26090.07170.07440.14370.0976-0.0803-0.245900.357-0.00450.06140.3176-0.00660.36625.2085-33.11580.183
140.3951-0.17170.01540.16190.04190.4326-0.1816-0.12970.27420.22230.09150.5411-0.5345-0.136300.7531-0.0097-0.05020.4306-0.04680.46018.9174-3.33133.7563
150.6275-0.3126-0.26810.4515-0.25010.58260.1185-0.21940.2649-0.38440.00390.03630.20880.31070.03390.2843-0.03690.06620.3203-0.06070.299527.7683-24.0687-23.3147
160.11850.04910.12720.01690.04610.10820.0982-0.46910.5278-0.06140.0133-0.5906-0.25450.1100.2973-0.05170.0380.3961-0.06770.385213.031-20.6436-9.6994
170.2612-0.04690.02250.0142-0.05950.338-0.1031-0.23510.31330.14710.2468-0.11280.63410.40220.00370.36430.05770.05630.4374-0.0150.278730.4226-31.1518-24.1311
180.21690.25410.27060.30580.35670.3877-0.1092-0.34450.08510.0650.20670.1505-0.01070.04520.0030.322-0.0375-0.00910.36010.00230.347120.6437-31.4455-14.9388
190.670.1369-0.21030.8170.16361.05380.0482-0.0791-0.0472-0.0190.0762-0.1105-0.0463-0.016-00.2048-0.0078-0.00390.2571-0.04180.283320.5785-30.276-20.1287
200.25820.14860.00070.29560.1740.11740.1520.0887-0.2866-0.4827-0.046-0.04550.22450.0659-00.45160.018-0.0330.4251-0.00670.4568.5979-60.8978-8.9584
210.08330.0503-0.14640.5715-0.14190.18-0.1611-0.08510.0704-0.2232-0.02110.8798-0.0559-0.08390.00010.7638-0.0167-0.03360.4075-0.02510.515-1.2394-79.9853-5.0134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 414 THROUGH 427 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 428 THROUGH 439 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 440 THROUGH 454 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 455 THROUGH 465 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 466 THROUGH 477 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 478 THROUGH 492 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 493 THROUGH 528 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 26 THROUGH 76 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 77 THROUGH 148 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 149 THROUGH 253 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 254 THROUGH 254 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'D' AND (RESID 411 THROUGH 449 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'D' AND (RESID 450 THROUGH 477 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'D' AND (RESID 478 THROUGH 527 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'E' AND (RESID 25 THROUGH 62 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'E' AND (RESID 64 THROUGH 76 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'E' AND (RESID 77 THROUGH 95 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'E' AND (RESID 96 THROUGH 123 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'E' AND (RESID 124 THROUGH 185 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'E' AND (RESID 186 THROUGH 213 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'E' AND (RESID 214 THROUGH 253 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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