PDB-4xkv: Tailspike protein mutant D339N of E. coli bacteriophage HK620

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xkv

タイトル

Tailspike protein mutant D339N of E. coli bacteriophage HK620

要素

Tail spike protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / beta helix / protein-carbohydrate complex / pectin lyase fold / metal binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella phage HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Heinemann, U. / Seckler, R. / Barbirz, S.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Enthalpic cost of water removal from a hydrophobic glucose binding cavity on HK620 tailspike protein.
著者: Gohlke, U. / Broeker, N.K. / Kunstmann, S. / Santer, M. / Heinemann, U. / Lipowski, R. / Seckler, R. / Barbirz, S.

履歴

登録	2015年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation_wavelength ...atom_site / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _software.classification / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xkv.cif.gz	237.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xkv.ent.gz	189.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xkv_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xkv_full_validation.pdf.gz	452 KB	表示
XML形式データ	4xkv_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	4xkv_validation.cif.gz	35.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xkwC 4xl9C 4xlaC 4xlcC 4xleC 4xlfC 4xlhC 4xm3SC 4xmyC 4xn0C 4xn3C 4xnfC 4xonC 4xopC 4xorC 4xotC 4xqfC 4xr6C 4yejC 4yelC 2vij 2vjj 2x6w 2x6x 2x6y 2x85 4avz 4pat PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xnf-1 4xn3-1 2vji-1 4xkw-1 6gvr-1 4avz-1 4xop-1 4xl9-1 4xle-1 4xlh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

64.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

A: Tail spike protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
194 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.917, 73.917, 174.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-959- HOH
2	1	A-1116- HOH

詳細

The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y+1,x-y,z and -x+y+1,-x+1,z.

#1: タンパク質	Tail spike protein 分子量: 64248.957 Da / 分子数: 1 / 断片: head binding, UNP residues 1-596 / 変異: D339N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella phage HK620 (ファージ) プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9AYY6
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 3.5 M Sodium formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月28日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→43.05 Å / Num. obs: 26540 / % possible obs: 80.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 92726

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.1-2.16	2.9	0.202	4.2	5696	1994	0.936	0.116	75.7
8.91-43.05	4.5	0.054	18.1	2190	487	0.99	0.03	94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.2.17	データスケーリング
REFMAC		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4xm3

4xm3

解像度: 2.1→43.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / WR_factor R_free: 0.2727 / WR_factor R_work: 0.2182 / FOM work R set: 0.7506 / SU B: 15.096 / SU ML: 0.209 / SU R Cruickshank DPI: 0.4765 / SU R_free: 0.2845 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.477 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2819	1354	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2267	25176	-	-
obs	0.2296	26530	80.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.45 Å² / B_iso mean: 22.591 Å² / B_iso min: 7.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.63 Å²	0.32 Å²	0 Å²
2-	-	0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→43.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4523	0	18	262	4803
B_iso mean	-	-	26.57	24.55	-
残基数	-	-	-	-	596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.019	4687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.998	1.917	6390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.699	3	9592
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.267	5	605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.639	24.241	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.439	15	666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.798	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.214	1.408	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.214	1.409	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.374	2.11	3017

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	100	-
R_work	0.267	1705	-
all	-	1805	-
obs	-	-	76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0216	0.474	-0.4771	7.1535	-4.3515	2.6583	-0.1047	0.4588	0.2692	-0.7128	0.2237	0.1713	0.4504	-0.171	-0.119	0.2581	0.0072	-0.0092	0.1975	0.0018	0.0303	32.7697	21.755	-12.2268
2	0.3171	-0.07	0.1542	1.0721	0.1521	0.6052	-0.0679	0.0587	0.0735	-0.0628	-0.0612	-0.0133	-0.1888	-0.0723	0.1291	0.1269	-0.0013	-0.0446	0.1102	0.0221	0.0425	33.5714	38.1477	8.501
3	0.8495	0.1328	-0.0238	0.7885	-0.1442	0.8286	-0.0063	0.0772	0.0944	-0.0465	-0.0654	0.0072	-0.1674	0.023	0.0717	0.1003	0.0141	-0.0301	0.0939	0.0125	0.0375	34.7535	40.0804	28.5708
4	0.3874	0.1029	0.2115	0.6732	0.162	0.9451	-0.0215	-0.0714	0.107	-0.0613	-0.0274	0.0738	-0.0726	-0.0262	0.0489	0.0835	-0.0017	-0.0102	0.0678	-0.0002	0.07	34.222	37.9613	43.8707
5	1.5651	0.2485	0.2569	0.6996	0.2225	0.5842	0.0293	-0.0137	0.1756	-0.0178	-0.0502	0.0292	-0.1287	-0.0679	0.0209	0.1056	0.0188	-0.0022	0.0868	0.0069	0.082	36.4473	39.5625	54.3083
6	4.7722	-0.8487	-0.6837	5.0346	0.0533	1.984	0.0006	-0.1343	0.4043	0.073	-0.0259	0.0189	-0.1957	0.1213	0.0252	0.0752	-0.0018	-0.021	0.1174	-0.0174	0.0556	30.6806	42.4578	60.8243
7	0.0959	-0.0388	0.0292	0.2064	-0.1712	0.227	-0.0182	-0.0271	0.0209	0.0212	-0.0217	-0.0063	-0.0715	0.0143	0.0399	0.0638	0.003	-0.0096	0.0638	-0.0045	0.0823	39.958	36.6383	73.5075
8	0.5191	-0.0687	0.1381	0.2208	0.3777	1.1311	0.0407	-0.009	0.0334	0.0342	-0.0234	-0.022	-0.0365	0.0897	-0.0172	0.0738	-0.0236	0.0015	0.0961	0.0016	0.0787	41.0847	30.445	91.4262

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	114 - 132
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	133 - 252
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	253 - 378
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	379 - 466
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	467 - 527
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	528 - 540
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	541 - 645
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	646 - 709

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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