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- PDB-4xjs: Human CD38 complexed with inhibitor 1 [6-fluoro-2-methyl-4-[(2,3,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xjs
タイトルHuman CD38 complexed with inhibitor 1 [6-fluoro-2-methyl-4-[(2,3,6-trichlorobenzyl)amino]quinoline-8-carboxamide]
要素ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
キーワードHydrolase / Transferase / CD38
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / long-term synaptic depression / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / apoptotic signaling pathway / B cell receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of neuron projection development / response to estradiol / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / transferase activity / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-733 / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shewchuk, L.M. / Deaton, D. / Stewart, E.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of 4-Amino-8-quinoline Carboxamides as Novel, Submicromolar Inhibitors of NAD-Hydrolyzing Enzyme CD38.
著者: Becherer, J.D. / Boros, E.E. / Carpenter, T.Y. / Cowan, D.J. / Deaton, D.N. / Haffner, C.D. / Jeune, M.R. / Kaldor, I.W. / Poole, J.C. / Preugschat, F. / Rheault, T.R. / Schulte, C.A. / ...著者: Becherer, J.D. / Boros, E.E. / Carpenter, T.Y. / Cowan, D.J. / Deaton, D.N. / Haffner, C.D. / Jeune, M.R. / Kaldor, I.W. / Poole, J.C. / Preugschat, F. / Rheault, T.R. / Schulte, C.A. / Shearer, B.G. / Shearer, T.W. / Shewchuk, L.M. / Smalley, T.L. / Stewart, E.L. / Stuart, J.D. / Ulrich, J.C.
履歴
登録2015年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9613
ポリマ－30,3181
非ポリマー6432
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.298, 64.424, 72.832
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 30318.303 Da / 分子数: 1 / 変異: N100D, N164A, N209D, N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / 発現宿主: Pichia (菌類)
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase
#2: 化合物 ChemComp-733 / 6-fluoro-2-methyl-4-[(2,3,6-trichlorobenzyl)amino]quinoline-8-carboxamide / 2-メチル-4-(2,3,6-トリクロロベンジルアミノ)-6-フルオロキノリン-8-カルボアミド


分子量: 412.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13Cl3FN3O
#3: 糖 ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス5-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
識別子タイププログラム
a-D-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein concentration was 7mgs/ml. Crystals were grown from 23% PEG3350, 0.1mM BisTrisPropane at 22 deg C (2+2uL drops over a 500uL well). Crystals were soaked with 5mM inhibitor for 24 hours ...詳細: Protein concentration was 7mgs/ml. Crystals were grown from 23% PEG3350, 0.1mM BisTrisPropane at 22 deg C (2+2uL drops over a 500uL well). Crystals were soaked with 5mM inhibitor for 24 hours prior to data collection. Crystals were flash frozen in PFO.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→34.8 Å / Num. obs: 5790 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YH3

1yh3


解像度: 2.8→34.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 36.526 / SU ML: 0.351 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2634 293 4.8 %RANDOM
Rwork0.1863 5790 --
obs0.1899 5790 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.38 Å2 / Biso mean: 53.927 Å2 / Biso min: 14.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→34.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 39 23 1948
Biso mean--67.5 34.17 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021785
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2391.9532730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79234121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4275243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.03825.22788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17515324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.953155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2023.341960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1913.338959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9615.0041198
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 23 -
Rwork0.263 395 -
all-418 -
obs--99.52 %
精密化 TLS手法: refined / 詳細: Chain A catalytic domain / Origin x: -7.141 Å / Origin y: -14.844 Å / Origin z: 15.142 Å
111213212223313233
T0.1132 Å2-0.0313 Å2-0.0416 Å2-0.0917 Å20.0075 Å2--0.1935 Å2
L1.3648 °2-0.5353 °2-1.5292 °2-1.8582 °20.311 °2--3.5303 °2
S-0.1248 Å °0.0034 Å °0.0158 Å °0.1817 Å °0.0566 Å °0.2447 Å °0.108 Å °-0.1512 Å °0.0682 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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