PDB-4xj4: Crystal structure of Vibrio cholerae DncV 3'-deoxy ATP bound form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xj4

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae DncV 3'-deoxy ATP bound form

要素

Cyclic AMP-GMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / Cyclic GMP-AMP synthase / Bacterial virulence / nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

3',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic nucleotide biosynthetic process / negative regulation of chemotaxis / diguanylate cyclase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.596 Å

データ登録者

Kato, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Catalytic Mechanism of DncV, Bacterial Homolog of Cyclic GMP-AMP Synthase
著者: Kato, K. / Ishii, R. / Hirano, S. / Ishitani, R. / Nureki, O.

履歴

登録	2015年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xj4.cif.gz	174.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xj4.ent.gz	136.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xj4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xj4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xj4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4xj4_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	4xj4_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/4xj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/4xj4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xj1SC 4xj3C 4xj5C 4xj6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xj3-d 6te6-1 5t2n-d 5go3-1 4lun-d 2p0o-d 6jzk-1 1q67-d 3liu-1 2atx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyclic AMP-GMP synthase

ヘテロ分子

45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.090, 51.300, 71.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1126- HOH
2	1	A-1178- HOH

#1: タンパク質	Cyclic AMP-GMP synthase / c-AMP-GMP synthase / Dinucleotide cyclase DncV 分子量: 44313.566 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-215,242-412 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: dncV, VC_0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9KVG7, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-3AT / 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CORDYCEPIN TRIPHOSPHATE / 3′-dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate, Tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.596→50 Å / Num. obs: 55529 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 18.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XJ1

4xj1

解像度: 1.596→47.035 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2003	2773	4.99 %
R_work	0.1715	-	-
obs	0.173	55525	97.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.596→47.035 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2934	0	81	280	3295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3133
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.355	4246
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.605	1188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	541

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5962-1.6237	0.2594	122	0.2501	2226	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6237-1.6532	0.2665	136	0.2251	2640	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6532-1.685	0.241	140	0.2035	2496	X-RAY DIFFRACTION	94
1.685-1.7194	0.2553	131	0.1933	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7194-1.7568	0.2299	133	0.194	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7568-1.7977	0.2284	156	0.1855	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7977-1.8427	0.1929	128	0.1743	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8427-1.8925	0.2237	144	0.1778	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8925-1.9482	0.1939	138	0.1794	2683	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9482-2.011	0.2165	137	0.1831	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
2.011-2.0829	0.2261	136	0.1881	2606	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0829-2.1663	0.2239	137	0.1794	2602	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1663-2.2649	0.1978	149	0.1677	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2649-2.3843	0.2057	137	0.171	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3843-2.5337	0.2086	146	0.177	2663	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5337-2.7293	0.2007	137	0.1786	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7293-3.0039	0.2103	144	0.181	2602	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0039-3.4385	0.1815	136	0.1777	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4385-4.3316	0.1928	144	0.1502	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3316-47.0555	0.1713	142	0.1518	2775	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7242	-1.1573	-2.1172	4.465	2.9294	2.887	0.1556	0.0899	0.0053	-0.2121	-0.1752	0.1603	-0.0231	-0.0772	0.0536	0.1003	0.0055	-0.0064	0.113	0.0134	0.1428	5.6065	-11.1688	-5.232
2	2.2141	-1.9193	-2.9787	3.2697	4.3087	6.4957	0.1516	0.1089	-0.082	-0.3784	-0.1777	-0.0235	-0.7802	-0.2535	-0.0066	0.2961	0.0308	-0.0316	0.3321	-0.0529	0.18	19.5858	-32.8991	-45.6893
3	4.3184	-3.0322	-3.2562	2.1701	2.2754	2.4446	-0.3698	0.3341	-0.6717	0.6244	-0.3034	0.5426	0.8958	-0.4704	0.7081	0.3904	-0.0187	0.0483	0.2889	-0.0934	0.2856	14.5418	-39.973	-35.5735
4	1.385	0.8703	-0.2877	2.0774	1.4053	3.3424	0.0389	0.2821	-0.2939	-0.0313	-0.0057	-0.2192	0.238	-0.0047	0.0043	0.2441	0.0552	-0.0307	0.2676	-0.051	0.2152	17.4843	-30.6251	-26.5476
5	1.9405	-1.8748	-0.7876	7.0102	0.9219	4.6418	0.048	0.062	0.0999	-0.2158	0.0841	-0.2359	-0.4267	0.1061	-0.112	0.1952	0.009	-0.0025	0.2937	-0.0914	0.1802	20.3369	-28.4212	-33.4169
6	4.8171	-1.7065	-5.2108	3.1586	2.7398	8.7165	-0.1502	0.198	-0.3613	-0.03	-0.1351	0.1367	0.5474	0.2104	0.306	0.223	0.0324	-0.0495	0.2149	-0.01	0.2716	16.2595	-36.8102	-18.3968
7	3.6553	-0.6514	-0.4563	1.7522	0.1104	1.755	0.0131	-0.1201	-0.2878	-0.0048	-0.0215	0.1513	0.0732	0.0268	0.0064	0.1164	-0.0044	-0.0207	0.1014	0.014	0.1467	14.9758	-22.915	-4.077
8	5.8643	4.1268	3.5055	5.9364	1.9024	4.7908	0.2678	0.3521	-0.6693	0.0118	-0.0266	-0.2695	0.6348	0.2024	-0.2053	0.2149	0.0519	-0.0188	0.1533	-0.0183	0.2749	26.9481	-34.6743	-8.0342
9	1.9178	0.6538	1.022	7.2109	4.3228	3.3879	0.0142	-0.1867	-0.0857	0.1357	-0.0337	-0.2467	0.0378	0.2117	-0.1775	0.1126	-0.0076	-0.0238	0.1119	0.1138	0.076	24.7475	-16.4942	-0.3579
10	5.549	-1.1007	-1.8171	2.9298	2.9236	6.8649	0.1129	-0.1939	0.274	-0.077	-0.0063	-0.0207	-0.4147	-0.0042	-0.1124	0.1479	-0.0067	0.0044	0.0784	0.0131	0.1406	11.0959	-4.9792	-0.0823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 93 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 94 through 117 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 118 through 150 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 151 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 277 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 278 through 338 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 339 through 360 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 361 through 382 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 383 through 412 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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