PDB-4xiw: Carbonic anhydrase Cah3 from Chlamydomonas reinhardtii in complex...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 4xiw

タイトル

Carbonic anhydrase Cah3 from Chlamydomonas reinhardtii in complex with acetazolamide

要素

Carbonic anhydrase, alpha type

キーワード

LYASE / acetazolamide / photosystem II-associated

機能・相同性

機能・相同性情報

carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Hainzl, T. / Grundstrom, C. / Benlloch, R. / Shevela, D. / Shutova, T. / Messinger, J. / Samuelsson, G. / Sauer-Eriksson, A.E.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure and Functional Characterization of Photosystem II-Associated Carbonic Anhydrase CAH3 in Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Benlloch, R. / Shevela, D. / Hainzl, T. / Grundstrom, C. / Shutova, T. / Messinger, J. / Samuelsson, G. / Sauer-Eriksson, A.E.

履歴

登録	2015年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xiw.cif.gz	692.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xiw.ent.gz	581.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xiw_validation.pdf.gz	510.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xiw_full_validation.pdf.gz	527.9 KB	表示
XML形式データ	4xiw_validation.xml.gz	69.5 KB	表示
CIF形式データ	4xiw_validation.cif.gz	93.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xiw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xixC 1koqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xix-2 4jeq-6 6cg9-d 5hee-d 4jeq-1 1if2-1 5i3f-2 2v0t-3 1ci1-d 4poc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase, alpha type

B: Carbonic anhydrase, alpha type

C: Carbonic anhydrase, alpha type

D: Carbonic anhydrase, alpha type

E: Carbonic anhydrase, alpha type

F: Carbonic anhydrase, alpha type

G: Carbonic anhydrase, alpha type

H: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

213 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Carbonic anhydrase, alpha type

G: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Carbonic anhydrase, alpha type

H: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Carbonic anhydrase, alpha type

E: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.5 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Carbonic anhydrase, alpha type

F: Carbonic anhydrase, alpha type

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.356, 139.356, 203.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase, alpha type / Intracellular carbonic anhydrase / alpha type 分子量: 26195.178 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 73-310 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: CAH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39588
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-AZM / 5-ACETAMIDO-1,3,4-THIADIAZOLE-2-SULFONAMIDE / アセタゾラミド分子量: 222.245 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₄O₃S₂ / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-2HP / DIHYDROGENPHOSPHATE ION / りん酸二水素アニオン分子量: 96.987 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₄P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: The protein solution (3.6 mg/mL) was mixed with acetazolamide to a final concentration of 1 mM. The reservoir contained 2.5 M NH4H2PO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0. The final pH of the drop was 4.1.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.7 Å / Num. obs: 70627 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.163 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1koq

1koq

解像度: 2.6→46.823 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2261	3551	5.04 %	Random selection
R_work	0.1609	-	-	-
obs	0.1641	70441	99.63 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.823 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14657	0	192	299	15148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	15295
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.476	20816
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.749	5644
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2706

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6356	0.3375	136	0.2593	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6356-2.6733	0.3242	135	0.2506	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6733-2.7132	0.3212	134	0.2488	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7132-2.7556	0.3367	141	0.2492	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7556-2.8008	0.3548	130	0.2383	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8008-2.849	0.3381	123	0.2261	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.849-2.9008	0.3226	154	0.2157	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9008-2.9566	0.2933	140	0.2098	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9566-3.017	0.2733	141	0.2119	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.017-3.0826	0.3019	132	0.2155	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0826-3.1542	0.2863	153	0.208	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1542-3.2331	0.3304	142	0.2025	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2331-3.3205	0.2857	160	0.1913	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3205-3.4182	0.2251	139	0.1735	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4182-3.5285	0.2278	150	0.168	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5285-3.6545	0.2583	132	0.1662	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6545-3.8008	0.2178	123	0.1582	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8008-3.9737	0.2347	157	0.1517	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9737-4.1831	0.2062	154	0.1307	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1831-4.445	0.1918	158	0.1172	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
4.445-4.7879	0.1743	164	0.1023	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7879-5.2691	0.161	127	0.1067	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2691-6.0302	0.168	134	0.1239	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0302-7.5921	0.1746	142	0.1497	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5921-46.7	0.1845	150	0.1689	2855	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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