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Yorodumi- PDB-4xil: Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xil | |||||||||
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Title | Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with Optactin at pH 7.4 in PBS with MPD as the cryoprotectant | |||||||||
Components | Sialidase B | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / intramolecular trans-sialidase / glycosidase / drug design / neuraminidase / allosteric inhibitor / serendipitous allosteric sites / crystallization artefacts | |||||||||
Function / homology | Function and homology information exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae TIGR4 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Brear, P. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB Authors: Rogers, G.W. / Brear, P. / Yang, L. / Chen, A.S. / Mitchell, J.B.O. / Taylor, G.L. / Westwood, N.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xil.cif.gz | 158.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xil.ent.gz | 118.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xil.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xil | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4xikC 4xioC 4xj8C 4xj9C 4xjaC 4xjuC 4xjwC 4xmaC 2vw0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 73519.852 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 39-696 / Mutation: D643G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (bacteria) Gene: nanB, SP_1687 / Plasmid: pET23b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q54727, exo-alpha-sialidase |
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#2: Chemical | ChemComp-OPX / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 7% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. obs: 55167 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 19.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 3.434 / Net I/av σ(I): 30.912 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 244587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 32.22 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2VW0 Resolution: 1.9→27.416 Å / FOM work R set: 0.8778 / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.3 Å2 / Biso mean: 19.28 Å2 / Biso min: 5.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→27.416 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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