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- PDB-4xhb: Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xhb | ||||||
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Title | Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with pentanediol and CHES | ||||||
![]() | Sialidase B | ||||||
![]() | HYDROLASE / intramolecular trans-sialidase / glycosidase / drug design / neuraminidase / allosteric inhibitor / serendipitous allosteric sites / crystallization artefacts | ||||||
Function / homology | ![]() ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brear, P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB Authors: Rogers, G.W. / Brear, P. / Yang, L. / Chen, A.S. / Mitchell, J.B.O. / Taylor, G.L. / Westwood, N.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 163.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 121.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 443.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 444.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 47.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xe9C ![]() 4xhxC ![]() 4xjzC ![]() 4xmiC ![]() 4xogC ![]() 4xyxC ![]() 2vw0S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
| ||||||||
Details | biological unit is the same as asym. |
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Components
#1: Protein | Mass: 73519.852 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 39-696 / Mutation: D643G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: nanB, SP_1687 / Plasmid: pET23b / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-17Y / ( |
#3: Chemical | ChemComp-NHE / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.14 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 7% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.88→10 Å / Num. obs: 55181 / % possible obs: 91 % / Redundancy: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 17.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 2.143 / Net I/av σ(I): 38.489 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 271960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 29.58 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2VW0 Resolution: 1.88→9.981 Å / FOM work R set: 0.8913 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.77 Å2 / Biso mean: 20 Å2 / Biso min: 5.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.88→9.981 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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