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- PDB-4xjz: Crystal structure of apo NanB sialidase from streptococcus pneumo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xjz | |||||||||
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Title | Crystal structure of apo NanB sialidase from streptococcus pneumoniae at pH 7.4 in PBS with DMSO | |||||||||
![]() | Sialidase B | |||||||||
![]() | HYDROLASE / intramolecular trans-sialidase / glycosidase / drug design / neuraminidase / allosteric inhibitor / serendipitous allosteric sites / crystallization artefacts | |||||||||
Function / homology | ![]() ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Brear, P. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB Authors: Rogers, G.W. / Brear, P. / Yang, L. / Chen, A.S. / Mitchell, J.B.O. / Taylor, G.L. / Westwood, N.J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 163.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 122 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xe9C ![]() 4xhbC ![]() 4xhxC ![]() 4xmiC ![]() 4xogC ![]() 4xyxC ![]() 2vw0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
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Components
#1: Protein | Mass: 73519.852 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 39-696 / Mutation: D643G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: nanB, SP_1687 / Plasmid: pET23b / Production host: ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||
#3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 7% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 1 / Detector: CCD / Date: May 22, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.53→67.459 Å / Num. all: 110678 / Num. obs: 110678 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 16.05 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.106 / Rsym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 6.35 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 722904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 38.64 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2VW0 Resolution: 1.56→29.809 Å / FOM work R set: 0.8415 / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.77 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 63.59 Å2 / Biso mean: 24.12 Å2 / Biso min: 9.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.56→29.809 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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