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- PDB-4xja: Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xja | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the NanB sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid | ||||||||||||
![]() | Sialidase B | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / intramolecular trans-sialidase / glycosidase / drug design / neuraminidase / allosteric inhibitor / serendipitous allosteric sites / crystallization artefacts | ||||||||||||
Function / homology | ![]() ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Brear, P. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB Authors: Rogers, G.W. / Brear, P. / Yang, L. / Chen, A.S. / Mitchell, J.B.O. / Taylor, G.L. / Westwood, N.J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 162.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 121.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4xikC ![]() 4xilC ![]() 4xioC ![]() 4xj8C ![]() 4xj9C ![]() 4xjuC ![]() 4xjwC ![]() 4xmaC ![]() 2vw0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is the same as asym. |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules A![](data/chem/img/SFJ.gif)
![](data/chem/img/SFJ.gif)
#1: Protein | Mass: 73519.852 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: D643G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: nanB, SP_1687 / Plasmid: pET23b / Production host: ![]() ![]() |
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#5: Sugar | ChemComp-SFJ / ( |
-Non-polymers , 4 types, 580 molecules ![](data/chem/img/OPX.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-OPX / ( | ||
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#3: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||
#4: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 7% PEG 8000, 0.1M IMIDAZOLE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU / Detector: CCD / Date: May 22, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.94→20 Å / Num. obs: 54930 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 19.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 2.584 / Net I/av σ(I): 28.824 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 259611 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 31.43 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2VW0 Resolution: 1.98→20 Å / FOM work R set: 0.8768 / SU ML: 0.15 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 73.68 Å2 / Biso mean: 24.84 Å2 / Biso min: 9.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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