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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xhp | ||||||
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タイトル | Bacillus thuringiensis ParM hybrid protein with ADP, containing two ParM mutants | ||||||
要素 | ParM hybrid fusion protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / BACTERIAL ACTIN-LIKE PROTEIN / BACTERIAL CYTOSKELETON | ||||||
機能・相同性 | Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ParM-like / ATPase, nucleotide binding domain / ATP binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / ParM/StbA family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, S.M. / Robinson, R.C. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: A novel plasmid-segregating actin-like protein from Bacillus thuringiensis forms dynamically unstable tubules 著者: Jiang, S.M. / Narita, A. / Popp, D. / Ghoshdastider, U. / Lee, L.J. / Srinivasan, R. / Balasubramanian, M.K. / Oda, T. / Koh, F.J. / Larsson, M. / Robinson, R.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xhp.cif.gz | 155.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xhp.ent.gz | 124.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xhp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xhp_validation.pdf.gz | 988 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xhp_full_validation.pdf.gz | 1004.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xhp_validation.xml.gz | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xhp_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xh/4xhp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96398.508 Da / 分子数: 1 / 変異: F288D, M289D, P331D, M799D, F803D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. YBT-1520 (バクテリア) 遺伝子: YBT1520_33546 / プラスミド: pSY5, modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A024E1G1, UniProt: A0A0F6FJ34*PLUS | ||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 5% poly-gamma-glutamic acid polymer, 30% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月6日 / 詳細: Quantum-315 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 15010 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.877 / Net I/av σ(I): 15.972 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 46526 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→27.75 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 201.99 Å2 / Biso mean: 63.2716 Å2 / Biso min: 30.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→27.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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