PDB-7dvl: Crystal Structure of the Catalytic Domain of Botulinum Neurotoxin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7dvl

タイトル

Crystal Structure of the Catalytic Domain of Botulinum Neurotoxin Subtype A3

要素

Bont/A3

キーワード

TOXIN / Botulinum Neurotoxin / Catalytic Domain / activity / stability

機能・相同性

機能・相同性情報

protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.006 Å

データ登録者

Wu, Y. / Leka, O. / Kammerer, R. / Li, X.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin subtype A3.
著者: Leka, O. / Wu, Y. / Li, X. / Kammerer, R.A.

履歴

登録	2021年1月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年7月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb7dvl.ent.gz	406.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7dvl_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7dvl_full_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示
XML形式データ	7dvl_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	7dvl_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/7dvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xtgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mwr-d 3kal-d 2oaj-d 4xhp-d 6n8q-d 5zm5-1 1zxv-1 2jed-d 2bw7-d 3n1q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bont/A3

B: Bont/A3

ヘテロ分子

95.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bont/A3

ヘテロ分子

B: Bont/A3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.250, 97.420, 141.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bont/A3 / Botulinum neurotoxin type A 分子量: 47474.309 Da / 分子数: 2 / 変異: E226Q, Y368F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: bont, FDC09_07905 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: D3IV24
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 522 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 %w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.006→48.7243 Å / Num. obs: 61562 / % possible obs: 96.61 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.15 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1431 / R_pim(I) all: 0.04581 / R_rim(I) all: 0.1505 / Net I/σ(I): 13.26
反射シェル	解像度: 2.006→2.078 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 1.047 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 6025 / CC_1/2: 0.675 / R_pim(I) all: 0.3247 / R_rim(I) all: 1.098 / % possible all: 98.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XTG

1xtg

解像度: 2.006→48.71 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	2993	5 %
R_work	0.2049	-	-
obs	0.2063	59871	96.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.006→48.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6538	0	2	522	7062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6712
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.639	9096
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.186	3982
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	985
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1193

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.006-2.0389	0.3136	140	0.2506	2667	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0389-2.0741	0.2876	147	0.2504	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0741-2.1118	0.2461	145	0.2281	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1118-2.1524	0.275	145	0.2304	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1524-2.1963	0.3163	145	0.2853	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1963-2.2441	0.5238	102	0.5257	1996	X-RAY DIFFRACTION	72
2.2441-2.2963	0.5698	105	0.5347	1951	X-RAY DIFFRACTION	71
2.2963-2.3537	0.2814	148	0.2443	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3537-2.4174	0.2171	144	0.1896	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4174-2.4885	0.2421	145	0.1914	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4885-2.5688	0.2539	146	0.1885	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5688-2.6606	0.2667	142	0.1865	2704	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6606-2.7671	0.2377	147	0.197	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7671-2.8931	0.2442	148	0.1933	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8931-3.0456	0.2062	146	0.1871	2785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0456-3.2364	0.2008	148	0.1943	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2364-3.4862	0.2153	149	0.1933	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4862-3.8369	0.2215	145	0.194	2748	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8369-4.3918	0.1717	149	0.1543	2832	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3918-5.5319	0.1602	148	0.1409	2808	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5319-48.71	0.1825	159	0.1809	3015	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6908	-0.0935	0.6278	2.4809	-1.1004	5.3247	-0.0236	0.1999	0.0986	-0.1065	0.1205	0.1065	-0.4204	-0.1153	-0.0516	0.2255	-0.0159	0.0022	0.1667	0.0033	0.2297	57.5212	75.4068	53.4258
2	4.1279	4.1047	-0.458	5.0646	-0.7481	0.1617	-0.3358	1.1395	-0.404	-0.6177	0.2199	0.6264	0.8829	-0.8321	-0.0388	0.5032	-0.2054	-0.1421	0.6109	-0.0865	0.4627	45.4857	58.0565	47.3757
3	2.5281	0.663	0.8193	2.802	-0.052	2.6343	-0.1485	0.1101	0.1566	-0.1503	0.0506	0.5067	0.0224	-0.3516	0.1096	0.1713	0.0128	0.0153	0.2342	-0.0146	0.2022	47.2637	66.9257	60.2929
4	2.0231	0.0545	-0.7855	1.6676	-0.6386	1.9169	-0.1528	0.3029	0.0392	-0.2931	0.0689	-0.1325	0.0168	-0.0405	0.078	0.263	-0.0466	0.0055	0.1763	-0.045	0.1856	66.458	66.4209	51.9424
5	3.5888	-0.9379	-1.6575	0.9146	0.1389	2.3536	0.0419	0.307	-0.1218	-0.1869	-0.0084	0.1199	0.0655	-0.1945	0.0717	0.1971	-0.0401	-0.0512	0.163	-0.0529	0.2073	57.646	57.0137	58.3319
6	1.594	0.2484	-0.447	1.7549	-0.115	1.8889	0.0834	0.1299	-0.3757	-0.2176	-0.0104	0.139	0.2641	-0.248	-0.0316	0.2053	-0.0299	-0.0382	0.1923	-0.0146	0.2228	58.049	46.5027	61.5222
7	2.3268	1.7214	-0.1978	3.8586	-0.7675	1.2928	-0.0507	0.0711	-0.1661	-0.1256	0.0467	-0.3779	0.1078	0.1777	0.0228	0.2196	0.0231	0.0112	0.2083	-0.0428	0.239	77.3896	55.2011	59.2576
8	6.0387	0.0288	-2.0901	2.1582	-0.3032	1.9937	-0.0615	-0.014	-0.2801	0.1375	-0.0101	-0.0573	-0.0244	0.0707	0.0491	0.2413	0.0065	-0.0283	0.1791	-0.0231	0.2426	69.9855	54.9929	70.9328
9	2.2568	-0.7562	0.8475	1.5795	-0.9291	2.1603	-0.0526	-0.0317	-0.3219	-0.0318	0.0382	0.2577	0.2309	-0.0817	-0.0463	0.228	-0.0019	0.0784	0.2322	-0.0125	0.2632	48.1834	60.6255	72.2545
10	5.1872	1.4771	3.5938	2.2375	2.1385	3.2669	0.0764	-0.0958	-0.191	0.3258	-0.033	0.306	0.4358	-0.4501	0.0687	0.2334	-0.0319	0.0566	0.2566	0.0073	0.3417	40.5657	60.8403	75.3778
11	2.4974	-0.6393	0.6751	1.7922	0.1831	1.0972	-0.1377	-0.0802	0.2113	0.0222	0.0337	-0.0167	-0.194	-0.0807	0.1221	0.275	0.0123	0.0154	0.1901	-0.0034	0.1848	44.3627	80.9116	26.4232
12	2.7216	-0.2257	-0.3644	1.4936	-0.476	1.2844	-0.0942	0.1137	0.0745	-0.0046	0.027	0.0153	-0.1235	-0.033	0.0646	0.2123	0.0037	0.0206	0.1502	-0.0055	0.1617	44.5963	76.9072	19.7491
13	1.4225	0.3839	1.0866	0.8414	0.3806	2.2177	-0.0425	0.3263	-0.0643	-0.1414	0.0801	0.0301	0.0036	0.3022	-0.0241	0.2079	0.0007	0.0323	0.183	0.0055	0.2327	51.7453	65.0408	9.7779
14	2.3799	-0.5364	0.2555	1.1878	0.0158	1.1022	0.0213	-0.1452	-0.3069	0.1546	-0.0282	0.1671	0.0664	-0.0353	0.0056	0.238	0.0042	0.0522	0.1498	0.0462	0.2151	44.4969	65.0473	23.9395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 165 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 166 through 218 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 219 through 257 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 258 through 336 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 337 through 359 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 360 through 392 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 393 through 418 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 140 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 141 through 218 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 219 through 301 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 302 through 418 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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