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- PDB-4xgy: GFP based antibody (fluorobody) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xgy
タイトルGFP based antibody (fluorobody)
要素Green fluorescent protein, mAb LCDR3, Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Fluorobody / GFP / CDR3
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.494 Å
データ登録者Shi, N. / Chen, Y.G. / Wang, S.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: The structure of a GFP-based antibody (fluorobody) to TLH, a toxin from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Chen, Y. / Huang, X. / Wang, R. / Wang, S. / Shi, N.
履歴
登録2015年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein, mAb LCDR3, Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6153
ポリマ－33,8181
非ポリマー7972
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.350, 63.350, 125.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-427-

HOH

21A-508-

HOH

31A-622-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein, mAb LCDR3, Green fluorescent protein


分子量: 33817.828 Da / 分子数: 1
変異: R30S,N39Y,L64F,R80Q,S99F,T105N,F145Y,T153M,A163V,V219A
由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of residues 2-173 from Green fluorescent protein, mAb LCDR3, residues 174-238 from Green fluorescent protein, and C-terminal expression tag
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: GFP / プラスミド: pGEPi / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: A0A059PIQ0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 40% PEG400, 0.1M Hepes, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.494→31.68 Å / Num. obs: 42096 / % possible obs: 99.33 % / 冗長度: 23.3 % / Net I/σ(I): 264.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
iMOSFLMデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2b3p

2b3p


解像度: 1.494→31.675 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1665 1996 4.74 %Random selectio
Rwork0.1451 ---
obs0.1461 42094 99.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.494→31.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1904 0 32 303 2239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3352797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.758778
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.494-1.53140.21161610.16742797X-RAY DIFFRACTION100
1.5314-1.57280.19461510.15992819X-RAY DIFFRACTION100
1.5728-1.61910.18341300.15882846X-RAY DIFFRACTION100
1.6191-1.67130.19171250.15492846X-RAY DIFFRACTION100
1.6713-1.7310.18331260.14742853X-RAY DIFFRACTION100
1.731-1.80030.171400.15172852X-RAY DIFFRACTION100
1.8003-1.88230.17181410.14732857X-RAY DIFFRACTION100
1.8823-1.98150.16211490.1422864X-RAY DIFFRACTION100
1.9815-2.10560.15391470.142852X-RAY DIFFRACTION100
2.1056-2.26820.16931580.13512869X-RAY DIFFRACTION100
2.2682-2.49630.18071730.13662858X-RAY DIFFRACTION100
2.4963-2.85730.15391220.14212942X-RAY DIFFRACTION100
2.8573-3.59910.15191380.13782953X-RAY DIFFRACTION100
3.5991-31.6820.16111350.15332890X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.17250.2703-0.04281.5393-0.10592.00280.0708-0.06180.00560.0304-0.09780.0980.171-0.03680.00580.0864-0.00290.01420.0627-0.01440.1096-10.180510.1732-5.1016
23.2427-1.5126-0.03675.8268-6.02557.16750.1002-0.5195-0.23590.1309-0.0133-0.0038-0.09020.2837-0.07750.2232-0.0714-0.0020.20350.01930.206-10.4222-9.941210.4412
30.9485-0.37350.11551.0427-0.38412.12740.06360.01940.0339-0.1134-0.0824-0.02870.22740.1483-0.01010.10310.00940.01560.0624-0.00450.108-5.29078.7662-8.2929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 177 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 178 through 191 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 192 through 243 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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