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万見
- PDB-3wff: Mineralocorticoid receptor ligand-binding domain with compound 2b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wff
タイトルMineralocorticoid receptor ligand-binding domain with compound 2b
要素Mineralocorticoid receptor
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION / HYPERTENSION / NON-STEROIDAL ANTAGONIST / ACTIVATING MUTATION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / TBP-class protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / TBP-class protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-WFF / Mineralocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Sogabe, S. / Habuka, N.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Design, synthesis, and structure-activity relationships of dihydrofuran-2-one and dihydropyrrol-2-one derivatives as novel benzoxazin-3-one-based mineralocorticoid receptor antagonists.
著者: Hasui, T. / Ohra, T. / Ohyabu, N. / Asano, K. / Matsui, H. / Mizukami, A. / Habuka, N. / Sogabe, S. / Endo, S. / Siedem, C.S. / Tang, T.P. / Gauthier, C. / De Meese, L.A. / Boyd, S.A. / Fukumoto, S.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22020年9月23日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_site
Item: _struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1033
ポリマ－31,6651
非ポリマー4382
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.866, 51.866, 206.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Mineralocorticoid receptor / MR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 2


分子量: 31664.648 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, UNP residues 712-984 / 変異: C808S, S810L, A976V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C2, MCR, MLR / プラスミド: pRTH6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08235
#2: 化合物 ChemComp-WFF / 6-[4-(2,4-difluorophenyl)-5-oxo-2,5-dihydrofuran-3-yl]-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one


分子量: 343.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H11F2NO4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.04M potassium dihydrogen phosphate, 16% PEG 8000, 20% glycerol, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 21157 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.484 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VHV

3vhv


解像度: 2.05→33.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.174 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 1082 5.1 %RANDOM
Rwork0.18624 ---
obs0.18771 20007 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.805 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.66 Å2-0 Å2-0 Å2
2---12.66 Å2-0 Å2
3---25.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→33.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2109 0 30 94 2233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9863004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7234890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6435263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.88524.54599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10915407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.429159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5322.8841037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.532.8841036
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2624.3151296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2614.3161297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2523.1541177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2523.1521174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.474.6151700
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.04423.5942698
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.02823.4382673
LS精密化 シェル解像度: 2.051→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 95 -
Rwork0.232 1408 -
obs--99.34 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.3587 Å / Origin y: 14.2103 Å / Origin z: 53.9447 Å
111213212223313233
T0.1428 Å2-0.0658 Å20.0075 Å2-0.0788 Å20.0106 Å2--0.0069 Å2
L0.326 °20.1302 °2-0.0646 °2-0.7796 °2-0.3042 °2--0.4465 °2
S-0.0951 Å °0.0545 Å °0.0048 Å °-0.1182 Å °0.0929 Å °-0.0179 Å °0.0233 Å °0.0243 Å °0.0022 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A735 - 984
2X-RAY DIFFRACTION1A1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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