PDB-4xgx: Crystal structure of Escherichia coli Flavin trafficking protein,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xgx

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli Flavin trafficking protein, an FMN transferase, Y60N mutant, ADP-inhibited

要素

FAD:protein FMN transferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / flavin transferase / bimetal center / lipoprotein / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD:protein FMN transferase / oxidoreductase complex / transferase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Norgard, M.V.

引用

ジャーナル: Microbiologyopen / 年: 2016
タイトル: Molecular insights into the enzymatic diversity of flavin-trafficking protein (Ftp; formerly ApbE) in flavoprotein biogenesis in the bacterial periplasm.
著者: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Liu, W.Z. / Tomchick, D.R. / Norgard, M.V.

履歴

登録	2015年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xgx.cif.gz	343.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xgx.ent.gz	283.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xgx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xgx_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xgx_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4xgx_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	4xgx_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xgvSC 4xgwC 4xhfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zxu-1 6zy1-2 6zy1-1 2bf1-d 2x8z-d 6zxx-1 1m7w-1 4ras-1 2x93-d 6zxu-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
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#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
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#262 - 2021年10月
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#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FAD:protein FMN transferase

B: FAD:protein FMN transferase

ヘテロ分子

77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.583, 56.981, 224.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	FAD:protein FMN transferase / Flavin transferase 分子量: 37601.367 Da / 分子数: 2 / 断片: Soluble fragment (UNP residues 21-351) / 変異: Y60N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: apbE, yojK, yojL, b2214, JW5368 / プラスミド: pET-21 NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AB85, FAD:protein FMN transferase

#1: タンパク質

FAD:protein FMN transferase / Flavin transferase

分子量: 37601.367 Da / 分子数: 2 / 断片: Soluble fragment (UNP residues 21-351) / 変異: Y60N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: apbE, yojK, yojL, b2214, JW5368 / プラスミド: pET-21 NESG / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AB85, FAD:protein FMN transferase

-
非ポリマー , 5種, 391分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5 mM magnesium chloride, 5 mM ADP, 0.2 M ammonium nitrate, 20% (w/v) PEG 3350, 35% (v/v) ethylene glycol;

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月4日 / 詳細: monochromator

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 57017 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.044 / Χ²: 0.932 / Net I/av σ(I): 29.6 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 231169

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.88	3.4	0.606	1856	0.719	0.334	0.698	0.919	60.7
1.88-1.92	3.6	0.515	2072	0.803	0.283	0.592	0.88	70.1
1.92-1.95	3.7	0.434	2317	0.852	0.239	0.499	0.922	76.5
1.95-1.99	3.9	0.367	2462	0.902	0.2	0.42	0.904	83.8
1.99-2.04	3.9	0.294	2768	0.937	0.161	0.337	0.901	91.2
2.04-2.08	4	0.241	2892	0.952	0.133	0.277	0.92	96.8
2.08-2.14	4.1	0.199	2955	0.97	0.109	0.228	0.941	98.6
2.14-2.19	4.1	0.165	3016	0.981	0.09	0.189	0.915	99.6
2.19-2.26	4.2	0.138	2994	0.983	0.075	0.158	0.898	99.9
2.26-2.33	4.2	0.104	3007	0.991	0.056	0.119	0.909	100
2.33-2.41	4.2	0.09	3017	0.992	0.048	0.102	0.921	100
2.41-2.51	4.2	0.072	3021	0.994	0.039	0.082	0.875	100
2.51-2.63	4.2	0.059	3052	0.996	0.031	0.067	0.847	100
2.63-2.76	4.2	0.05	3004	0.997	0.026	0.057	0.807	99.9
2.76-2.94	4.2	0.04	3065	0.998	0.021	0.045	0.852	99.9
2.94-3.16	4.2	0.039	3064	0.998	0.02	0.044	1.039	99.9
3.16-3.48	4.2	0.04	3033	0.997	0.02	0.045	1.382	99.6
3.48-3.99	4.1	0.037	3093	0.997	0.018	0.041	1.466	99.4
3.99-5.02	4	0.022	3102	0.999	0.012	0.025	0.805	98.7
5.02-50	3.9	0.017	3227	0.998	0.01	0.02	0.475	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
HKL-3000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4XGV

4xgv

解像度: 1.9→28.264 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2143	2495	5.01 %
R_work	0.1799	47349	-
obs	0.1816	49844	88.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.91 Å² / B_iso mean: 33.4323 Å² / B_iso min: 3.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→28.264 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4470	0	158	372	5000
B_iso mean	-	-	42.07	35.05	-
残基数	-	-	-	-	583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	4702
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	6345
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	731
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	806
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.864	1724

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9365	0.249	56	0.2263	1110	1166	38
1.9365-1.9761	0.2131	84	0.2229	1475	1559	50
1.9761-2.019	0.2708	107	0.2041	1867	1974	64
2.019-2.066	0.2173	107	0.21	2188	2295	75
2.066-2.1176	0.2737	127	0.1933	2420	2547	82
2.1176-2.1749	0.2535	136	0.1842	2613	2749	90
2.1749-2.2388	0.2438	161	0.1856	2805	2966	96
2.2388-2.3111	0.2283	151	0.1738	2940	3091	99
2.3111-2.3936	0.1955	134	0.1719	2978	3112	100
2.3936-2.4894	0.2019	153	0.1629	2950	3103	100
2.4894-2.6026	0.2232	161	0.169	2960	3121	100
2.6026-2.7397	0.2236	154	0.1826	2958	3112	100
2.7397-2.9112	0.21	132	0.1778	2973	3105	100
2.9112-3.1357	0.2523	142	0.189	3005	3147	100
3.1357-3.4508	0.2282	178	0.1822	2971	3149	100
3.4508-3.949	0.1858	174	0.1704	2999	3173	99
3.949-4.9709	0.1783	160	0.1581	3024	3184	99
4.9709-28.2675	0.2089	178	0.197	3113	3291	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0072	-0.0072	0.0064	0.0058	-0.0041	0.0035	0.0029	-0.0004	-0.0128	0.0058	0.0163	-0.0303	0.0011	0.0231	0.0049	0.1313	-0.0827	-0.1301	0.3262	0.0113	0.1306	10.4586	21.0118	-12.5538
2	0.0001	-0.0018	-0.0002	0.0057	-0.0008	0.0007	0.0043	-0.0246	0.0121	0.0132	0.0048	-0.004	-0.0161	-0.0005	0.0023	0.2349	0.0031	0.0149	0.1683	-0.0528	0.0583	-11.2215	36.4104	-10.7797
3	0.0508	0.0081	0.0001	0.0289	-0.0238	0.0216	0.0204	-0.1665	-0.0335	0.0862	0.0543	0.0776	-0.0818	-0.1258	-0.007	0.0506	-0.0219	0.0976	0.0789	0.1777	-0.0696	-18.5145	26.795	-13.0423
4	0.0078	-0.0013	0.004	0.0033	0.0002	0.0021	0.0021	-0.0072	-0.0038	-0.0032	0.0158	-0.0102	-0.0022	0.0132	0.0279	0.0733	-0.0733	-0.068	0.2342	0.0561	0.0857	5.9541	19.5519	-20.3139
5	0.0251	-0.0275	0.0298	0.0538	-0.0253	0.0325	0.0164	-0.0452	-0.0358	0.0295	0.0714	0.0667	0.012	-0.0397	0.2017	0.063	-0.0455	-0.0032	0.1896	0.1791	0.0253	-6.4781	9.9859	-14.6374
6	0.0076	0.0066	0.0036	0.0142	0.0102	0.0082	-0.0308	-0.0164	-0.0312	0.029	-0.0097	0.0336	0.0399	0.0001	-0.0176	0.2469	-0.0935	0.0079	0.1325	0.1167	0.239	-13.6156	0.8301	-18.0737
7	0.0045	-0.0034	-0.0066	0.0076	-0.0003	0.0151	0.0051	0.0173	-0.0408	0.0071	0.0091	-0.0265	0.0177	0.0011	0.0144	0.1513	0.0378	0.006	0.0327	-0.0231	0.0865	-3.4159	5.9166	-46.0613
8	0.0045	-0.0024	0.0098	0.006	-0.0077	0.0259	-0.0233	0.0082	-0.056	-0.0039	-0.0113	0.0055	0.0281	-0.0119	-0.0207	0.1949	-0.0201	-0.0041	0.0431	-0.028	0.1526	-13.411	8.3389	-43.8036
9	0.0009	-0.0031	0.002	0.01	-0.0052	0.0041	0.0052	0.0056	-0.0048	-0.0157	0.003	0.0155	0.0005	-0.014	0.0061	0.1045	0.0646	-0.0505	0.1205	0.0465	0.0855	-21.1227	30.2843	-43.984
10	0.0031	-0.005	0.0023	0.0192	-0.0089	0.0043	-0.0135	0.0089	-0.0057	-0.0345	-0.0044	-0.002	-0.0338	0.0048	-0.011	0.0792	-0.0077	0.0486	0.0164	0.0602	0.1204	-6.5048	33.8465	-40.5426
11	0.0016	0.0023	-0.0052	0.0038	-0.0077	0.0157	0.0055	0.0074	-0.006	-0.0235	0.0115	0.0039	0.0046	-0.003	0.0163	0.2521	0.0123	0.0725	0.0792	0.0281	0.1336	-6.5664	44.1617	-55.9428
12	0.0115	-0.0167	-0.006	0.0331	0.0025	0.0071	0.0179	0.0057	-0.0043	-0.0305	0.0019	0.0042	-0.0259	-0.0267	0.0267	0.0896	0.0946	0.0671	0.0496	0.0699	0.1365	-15.811	34.1564	-36.6651
13	0.0079	0	0.0037	0.016	0.0024	0.0053	0.0221	-0.0108	-0.0641	0.0148	-0.0265	-0.0293	0.0206	0.0124	-0.0038	0.166	0.0319	0.0061	0.0229	0.0205	0.1233	-1.0728	9.291	-36.889
14	0.0227	0.0024	-0.0012	0.0008	0.0024	0.0178	0.0143	-0.0043	-0.0029	-0.028	0.0101	-0.0099	-0.009	0.0086	0.0434	0.1146	0.0323	0.0741	0.0719	0.0411	0.0776	5.4231	20.5815	-44.6481
15	0.0114	0.0188	-0.0159	0.0295	-0.0255	0.0221	0.0089	0.042	0.0347	-0.0445	-0.0058	-0.03	-0.0346	0.0182	-0.0155	0.0692	0.0069	0.1015	0.0728	0.0863	0.107	4.2885	31.2472	-43.3465
16	0.0093	0.0031	-0.0026	0.0047	-0.0017	0.001	-0.0023	0.0228	0.0234	-0.0163	-0.0121	-0.0206	-0.0098	0.0107	-0.0038	0.1063	-0.083	0.0335	0.2334	0.072	0.259	12.7641	32.2493	-39.2291
17	0.0267	-0.0022	-0.0092	0.0065	-0.005	0.0088	0.0114	0.0093	-0.013	-0.0048	0.001	-0.0069	-0.0017	0.0157	0.002	0.076	-0.0098	0.0363	0.2887	0.0629	0.2715	17.658	23.1926	-40.0127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 57 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 81 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 167 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 168 through 192 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 193 through 289 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 290 through 329 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 13 through 35 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 36 through 57 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 81 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 82 through 113 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 114 through 136 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 137 through 167 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 168 through 209 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 210 through 255 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 256 through 289 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 290 through 311 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 312 through 329 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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