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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xgq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of addiction module from Mycobacterial species | ||||||
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![]() | TOXIN/ANTITOXIN / Mycobacteria / addiction module / TOXIN-ANTITOXIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of growth / negative regulation of growth / RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, B.-J. / Lee, I.-G. / Lee, S.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional studies of the Mycobacterium tuberculosis VapBC30 toxin-antitoxin system: implications for the design of novel antimicrobial peptides 著者: Lee, I.-G. / Lee, S.J. / Chae, S. / Lee, K.Y. / Kim, J.H. / Lee, B.-J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 137.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14398.210 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapC30, Rv0624, MTCY20H10.05 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P9WF77, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 9155.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: vapB30, Rv0623 / 詳細 (発現宿主): pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0M ammonium phosphate monobasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月11日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.7→40.66 Å / Num. obs: 35181 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 40.96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.7→40.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 8.37 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.666 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.66 Å
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拘束条件 |
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