PDB-4xgn: Crystal structure of 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xgn

タイトル

Crystal structure of 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase in complex with NAD from Burkholderia thailandensis

要素

3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / Burkholderia thailandensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase in complex with NAD from Burkholderia thailandensis
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年12月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xgn.cif.gz	773 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xgn.ent.gz	642.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tpcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yde-3 3gvc-1 3tox-3 4nbu-d 1geg-1 2wdz-1 4jf9-1 2ph3-1 4ni5-1 4dqx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.00010.l

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

D: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

E: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

F: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

G: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

H: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

223 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

B: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

C: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

D: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

F: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

G: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

H: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.220, 77.100, 109.350
Angle α, β, γ (deg.)	103.260, 93.980, 109.680
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase 分子量: 27057.359 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I0738 / プラスミド: ButhA.00010.l.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T0K5
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus screen c6: 10% PEG 8000, 20% EG; 30mM each NaNO3, Na2HPO4, (NH4)2SO4; 100mM MOPS/HEPES pH 7.5; ButhA.0010.l.B1.PS01726 at 10mg/ml with 2.5mM NAD; direct cryo; tray 252631c6, puck sxz2-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 253404 / Num. obs: 246070 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 22.006 Å² / R_merge F obs: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 0.937 / Net I/σ(I): 11.23 / Num. measured all: 976151

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69		4	0.895	0.476	2.88	71283	18769	17903	0.55	95.4
1.69-1.74			0.92	0.386	3.45	69637	18306	17486	0.446	95.5
1.74-1.79			0.942	0.324	4.04	67988	17822	17080	0.375	95.8
1.79-1.84			0.959	0.261	4.92	65785	17193	16533	0.302	96.2
1.84-1.91			0.971	0.21	5.93	64051	16717	16097	0.243	96.3
1.91-1.97			0.98	0.172	7.06	62228	16209	15650	0.199	96.6
1.97-2.05			0.987	0.139	8.43	60027	15590	15101	0.161	96.9
2.05-2.13			0.99	0.11	10.27	57738	15001	14537	0.127	96.9
2.13-2.22			0.992	0.096	11.39	55726	14405	14019	0.111	97.3
2.22-2.33			0.994	0.084	12.73	53306	13769	13424	0.098	97.5
2.33-2.46			0.994	0.077	13.95	50903	13112	12815	0.089	97.7
2.46-2.61			0.995	0.069	15.15	48143	12376	12118	0.08	97.9
2.61-2.79			0.995	0.064	16.6	45222	11605	11402	0.074	98.3
2.79-3.01			0.995	0.06	18.11	42351	10867	10694	0.07	98.4
3.01-3.3			0.995	0.056	20.27	38838	9977	9837	0.065	98.6
3.3-3.69			0.995	0.052	22.5	35108	9007	8896	0.06	98.8
3.69-4.26			0.994	0.053	23.75	30936	7958	7882	0.061	99
4.26-5.22			0.995	0.052	24.53	26148	6702	6655	0.06	99.3
5.22-7.38			0.992	0.058	23.64	20081	5173	5135	0.067	99.3
	7.38		0.991	0.059	25.13	10652	2846	2806	0.069	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定
ARP	モデル構築
Coot	モデル構築
REFMAC	精密化
PDB_EXTRACT	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TPC

3tpc

解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.1762 / WR_factor R_work: 0.1522 / FOM work R set: 0.8769 / SU B: 3.307 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.084 / SU R_free: 0.0811 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1771	12256	5 %	RANDOM
R_work	0.1545	233814	-	-
obs	0.1557	233814	97.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.45 Å² / B_iso mean: 16.931 Å² / B_iso min: 7.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	-0.56 Å²	0.22 Å²
2-	-	-0.19 Å²	-0.01 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14506	0	468	1923	16897
B_iso mean	-	-	14.73	29.36	-
残基数	-	-	-	-	2037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	15381
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	15247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.74	2.013	20953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.98	3	34893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.993	5	2088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.291	23.786	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.797	15	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.08	15	113
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	17492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.634	0.925	8200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.633	0.925	8199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.107	1.383	10251

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	863	-
R_work	0.213	17015	-
all	-	17878	-
obs	-	-	95.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3465	0.228	-0.1782	0.3944	-0.0624	0.5934	-0.0489	0.0322	-0.0093	0.0051	-0.005	0.0375	0.159	-0.0853	0.054	0.1191	-0.0618	0.0636	0.0325	-0.0334	0.0391	-41.335	-155.608	158.498
2	0.3337	0.1103	-0.1077	0.4731	0.0401	0.5098	0.0239	-0.0095	0.0327	-0.0101	0.0053	0.0129	-0.1012	0.0498	-0.0292	0.0841	-0.0489	0.0373	0.0311	-0.0194	0.0218	-19.123	-121.201	150.724
3	0.3836	0.1219	-0.1902	0.352	0.0317	0.5646	0.0686	-0.0789	0.0294	0.0935	-0.0687	0.0184	0.0088	0.0968	0.0001	0.1025	-0.0549	0.0418	0.0496	-0.0213	0.0186	-27.105	-134.911	175.525
4	0.4054	0.0985	-0.2247	0.4964	-0.0349	0.6168	-0.0821	0.0584	-0.0565	-0.0862	0.0391	-0.0278	0.1028	-0.0092	0.043	0.0961	-0.0507	0.0485	0.0339	-0.0287	0.0265	-24.247	-146.927	136.019
5	0.4715	0.1268	-0.2064	0.3576	0.0119	0.523	0.0654	-0.0782	0.053	0.0805	-0.0403	0.0365	-0.0535	0.0484	-0.0251	0.1007	-0.054	0.0414	0.0337	-0.0249	0.0188	-65.885	-114.306	120.343
6	0.3877	0.108	-0.2069	0.4516	0.0829	0.6096	-0.0807	-0.0126	-0.0815	-0.053	0.0473	-0.076	0.0804	0.0373	0.0333	0.0951	-0.043	0.0555	0.0334	-0.0242	0.0401	-48.765	-135.422	88.888
7	0.4061	0.1351	-0.0819	0.4279	0.0937	0.4108	-0.0387	0.0338	-0.0424	0.0243	-0.0197	0.0402	0.0763	-0.0542	0.0584	0.0939	-0.0527	0.0467	0.0317	-0.0266	0.0303	-73.935	-138.425	103.814
8	0.477	0.1119	-0.2764	0.4319	0.0414	0.4673	0.0546	-0.0396	0.0662	-0.041	0.0314	-0.0217	-0.1045	0.0611	-0.086	0.1058	-0.0663	0.0484	0.0421	-0.0306	0.0274	-47.532	-106.586	98.561

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-1 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-2 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-1 - 301
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-2 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-2 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-2 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-2 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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データ収集

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)