PDB-4xfx: Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xfx

タイトル

Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein

要素

HIV-1 capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / capsid protein / native

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI076119	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI099284	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI100890	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI112417	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM103368	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: STRUCTURAL VIROLOGY. X-ray crystal structures of native HIV-1 capsid protein reveal conformational variability.
著者: Gres, A.T. / Kirby, K.A. / KewalRamani, V.N. / Tanner, J.J. / Pornillos, O. / Sarafianos, S.G.

履歴

登録	2014年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月17日	Group: Database references / Refinement description / Structure summary
改定 1.2	2015年7月15日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xfx.cif.gz	102.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xfx.ent.gz	78.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xfx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4xfx_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xfx_full_validation.pdf.gz	422.8 KB	表示
XML形式データ	4xfx_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	4xfx_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4xfyC 4xfzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mqo-1 6b2j-1 6b2g-1 6mqa-1 6axs-1 5w4o-1 6b2h-1 6mqp-1 6axt-1 5w4p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HIV-1 capsid protein

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HIV-1 capsid protein

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
160 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.328, 92.328, 57.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

詳細

The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x-y, x, z; -y, x-y, z; -x, -y, z; -x+y, -x, z and y, -x+y, z.

#1: タンパク質	HIV-1 capsid protein / Pr55Gag 分子量: 25630.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate NY5) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate NY5 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12493
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaI, MMT

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月28日

放射

モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.43→80 Å / Num. obs: 10588 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 0.957 / Net I/av σ(I): 29.943 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 115799

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.43-2.47	10.1	522	0.694	0.399	0.857	100
2.47-2.52	10.9	514	0.791	0.342	0.85	100
2.52-2.57	10.9	529	0.819	0.307	0.906	100	0.971
2.57-2.62	11.1	534	0.819	0.255	0.885	100	0.813	0.853
2.62-2.67	11	512	0.858	0.229	0.887	100	0.726	0.762
2.67-2.74	11	534	0.896	0.182	0.93	100	0.58	0.609
2.74-2.81	11	525	0.929	0.154	0.909	100	0.488	0.512
2.81-2.88	11	548	0.949	0.131	0.958	100	0.417	0.437
2.88-2.97	11.1	513	0.977	0.096	0.955	100	0.305	0.32
2.97-3.06	11.1	528	0.983	0.081	0.956	100	0.257	0.27
3.06-3.17	11.1	536	0.987	0.061	0.983	100	0.194	0.203
3.17-3.3	11	527	0.992	0.047	0.972	100	0.15	0.158
3.3-3.45	11.2	524	0.996	0.037	1.001	100	0.12	0.126
3.45-3.63	11.2	531	0.998	0.026	1.026	100	0.084	0.088
3.63-3.86	11.1	536	0.998	0.02	1.037	100	0.065	0.068
3.86-4.16	11.2	525	0.999	0.014	0.909	100	0.046	0.048
4.16-4.57	11.2	540	0.998	0.013	0.9	100	0.04	0.042
4.57-5.23	11.1	533	0.999	0.011	0.846	100	0.035	0.037
5.23-6.59	11	541	0.996	0.011	0.799	100	0.035	0.037
6.59-80	9.8	536	0.999	0.008	1.633	94.7	0.024	0.025

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.43→19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.2193 / WR_factor R_work: 0.1951 / FOM work R set: 0.7629 / SU B: 18.716 / SU ML: 0.244 / SU R Cruickshank DPI: 0.4689 / SU R_free: 0.2695 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	475	4.7 %	RANDOM
R_work	0.2215	9555	-	-
obs	0.2229	9555	94.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.64 Å² / B_iso mean: 47.815 Å² / B_iso min: 12.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.32 Å²	0.16 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.43→19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1680	0	9	75	1764
B_iso mean	-	-	56.25	36.09	-
残基数	-	-	-	-	216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.805	1.957	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.679	3	3815
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.497	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.335	24.795	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.6	15	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.625	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.758	3.677	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.757	3.672	861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.799	5.489	1074

LS精密化シェル

解像度: 2.432→2.494 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	19	-
R_work	0.287	479	-
all	-	498	-
obs	-	-	64.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3892	2.6133	-3.1121	2.2663	-2.4462	2.8664	0.1987	-0.2448	0.5207	-0.0941	0.1573	0.4236	-0.0361	0.1858	-0.356	0.1874	-0.0767	-0.003	0.2475	-0.0189	0.0819	-1.4285	-12.8366	16.4152
2	0.9112	-0.9791	-1.3279	1.1832	1.4798	3.1596	-0.019	-0.0043	0.0513	-0.0448	-0.056	-0.0042	-0.0857	-0.0238	0.075	0.0635	-0.0003	-0.0094	0.0712	-0.0083	0.1355	-2.1017	-12.8882	-1.2661
3	1.5277	-1.2003	0.2348	1.135	0.4195	1.9575	0.0648	0.0667	0.0987	-0.065	-0.0958	-0.0914	-0.0476	-0.127	0.031	0.0512	-0.0157	0.0075	0.0564	0.0314	0.1566	6.0927	-19.945	-3.5351
4	0.5364	0.0897	1.0119	1.3606	0.9217	4.5702	-0.0299	-0.0009	0.0887	0.1039	-0.0582	0.0119	0.0032	-0.075	0.0881	0.0677	0.003	-0.0038	0.0559	0.003	0.1231	-4.3062	-21.1926	3.3149
5	0.163	-0.3441	0.727	1.0897	-1.0159	4.0602	0.005	0.0098	0.0014	0.0334	-0.0448	0.0037	0.1698	-0.0423	0.0398	0.1016	-0.0027	0.0367	0.0712	0.0116	0.1036	-3.3692	-34.3597	1.9021
6	0.0373	-0.2842	-0.0365	3.4628	0.4065	0.0485	0.0122	-0.0298	-0.0457	0.2023	-0.084	0.1209	0.0294	-0.0071	0.0718	0.137	0.0455	0.0343	0.1661	0.0763	0.1177	-5.5594	-39.954	21.7963
7	5.1952	-5.1329	0.4077	5.7163	-0.1003	0.1739	-0.1685	-0.1431	0.2559	0.1712	0.177	-0.2771	-0.0017	0.0138	-0.0084	0.1133	-0.0396	0.0377	0.0824	-0.0069	0.0558	-9.0613	-29.2107	28.4009
8	1.0821	0.3913	-1.4495	4.0399	1.0137	2.5489	-0.0054	0.0944	-0.2265	0.1987	-0.294	0.0358	0.005	-0.2397	0.2994	0.1501	0.045	0.0195	0.0776	0.0039	0.0735	-8.1507	-30.2957	14.6635
9	1.0756	0.4637	-1.2849	0.2074	-0.5758	1.5994	0.0423	0.01	0.1001	0.0517	0.0337	0.0276	-0.1562	-0.0799	-0.076	0.2307	0.0906	-0.0218	0.0955	-0.0635	0.0905	-6.6953	-22.9174	19.0624
10	7.8089	1.0132	4.7174	0.1392	0.634	2.9131	0.0139	-0.4465	-0.4687	-0.0039	0.1463	-0.0702	-0.0332	-0.118	-0.1602	0.1761	0.0838	-0.0185	0.4036	-0.0376	0.0403	0.864	-24.9054	25.0671
11	3.2311	0.7071	-2.3502	0.5767	0.4112	3.7609	-0.1169	-0.1682	0.0497	-0.0577	-0.0025	0.0729	-0.0473	0.2543	0.1194	0.1231	0.0112	-0.0473	0.073	0.0406	0.1088	2.6008	-28.2025	9.2735
12	5.8146	-0.8508	-2.1063	0.2851	1.5346	10.1298	0.0513	0.0255	-0.0515	-0.0106	-0.0476	0.0067	-0.0191	-0.1172	-0.0037	0.076	0.002	0.015	0.0766	0.0081	0.1003	4.8161	-30.6957	-3.3574
13	7.5928	-1.5503	-3.8039	0.3189	0.7593	2.0412	-0.0754	0.1948	-0.1747	0.0096	-0.0069	0.0396	0.1463	-0.1724	0.0823	0.125	-0.0244	0.0135	0.075	0.0033	0.0951	13.3525	-32.9088	-13.1353
14	2.9482	0.6848	-1.016	0.6264	0.3599	1.1379	-0.0656	0.09	-0.0201	-0.0669	0.1051	-0.0214	-0.0305	0.026	-0.0395	0.1084	-0.0013	0.003	0.0994	0.0179	0.0748	26.0535	-24.0944	-19.1822
15	5.1062	1.8509	-0.1153	1.4386	-1.3248	2.1562	-0.1784	0.116	0.0909	-0.3079	0.0077	0.0042	0.3643	0.2449	0.1707	0.1488	0.0376	0.0092	0.0818	0.0512	0.1042	17.5905	-27.3181	-9.0033
16	7.3391	-1.0556	-2.2386	3.7793	-0.1884	0.755	0.0546	0.2825	-0.014	0.1972	-0.0522	0.1541	-0.0401	-0.0774	-0.0024	0.126	0.0346	0.0021	0.0965	0.023	0.0542	21.4905	-35.6795	-2.7282
17	1.7697	3.0302	-2.2015	5.1981	-3.7772	2.7453	-0.0183	-0.1251	-0.0362	-0.1951	-0.0983	-0.0402	0.1492	0.1405	0.1166	0.1112	0.048	-0.0057	0.1251	0.0457	0.1358	27.5014	-33.519	-9.5222
18	5.1949	0.528	0.8858	0.7761	0.9838	1.2571	-0.1269	0.0709	-0.0977	0.005	0.0642	0.0739	0.0017	0.1103	0.0627	0.0839	0.0449	0.0253	0.1061	-0.0213	0.0842	33.175	-30.8103	-19.3301
19	1.468	0.1032	3.0965	0.0085	0.2196	6.537	0.1386	0.0574	-0.225	0.0053	0.1627	-0.0055	-0.0291	0.1296	-0.3013	0.1142	0.0567	0.017	0.116	0.0372	0.1457	39.1981	-29.1281	-13.2988
20	1.2428	0.7693	0.3551	0.5505	0.9165	6.7395	-0.0486	0.0213	0.1153	-0.0316	0.0712	0.0598	0.072	0.2634	-0.0227	0.0486	0.031	0.016	0.1199	0.0109	0.0941	34.9696	-21.2829	-11.5617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	14 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	45 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	63 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	82 - 91
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	92 - 97
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	98 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	112 - 118
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	119 - 124
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	125 - 136
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	137 - 142
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	143 - 153
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	154 - 168
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	169 - 175
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	176 - 184
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	185 - 190
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	191 - 200
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	201 - 207
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	208 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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