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- PDB-4xfm: Crystal structure of a domain of unknown function (DUF1537) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xfm
タイトルCrystal structure of a domain of unknown function (DUF1537) from Pectobacterium atrosepticum (ECA3761), Target EFI-511609, with bound D-threonate, domain swapped dimer
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown function / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI
機能・相同性
機能・相同性情報


D-threonate 4-kinase / phosphorylation / kinase activity / carbohydrate metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain superfamily / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain superfamily / Sugar-binding N-terminal domain / Nucleotide-binding C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
THREONATE ION / D-threonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Assignment of function to a domain of unknown function: DUF1537 is a new kinase family in catabolic pathways for acid sugars.
著者: Zhang, X. / Carter, M.S. / Vetting, M.W. / San Francisco, B. / Zhao, S. / Al-Obaidi, N.F. / Solbiati, J.O. / Thiaville, J.J. / de Crecy-Lagard, V. / Jacobson, M.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2014年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Data collection
改定 1.22016年7月13日Group: Database references
改定 1.32016年7月27日Group: Database references
改定 1.42016年8月10日Group: Database references
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4142
ポリマ－49,2781
非ポリマー1351
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,8274
ポリマ－98,5572
非ポリマー2702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3690 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area32180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.696, 47.611, 64.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is undetermined, could be monomer or dimer

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 49278.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
株: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / 遺伝子: ECA3761 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6D0N7
#2: 化合物 ChemComp-THE / THREONATE ION


分子量: 135.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein (67.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Threonate); Reservoir (MCSG1(F1); 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20%(w/v) PEG MME 5000); Cryoprotection (80% Reservoir, 20% ethylene glycol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→61.3 Å / Num. obs: 63987 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 234457 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.55-1.583.70.6592.21166431670.7160.39899.1
8.49-61.32.80.03429.47372660.9840.02460.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XGJ

4xgj


解像度: 1.55→27.919 Å / FOM work R set: 0.8859 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1909 3247 5.08 %
Rwork0.1645 60726 -
obs0.1658 63973 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99.48 Å2 / Biso mean: 30.56 Å2 / Biso min: 10.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→27.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2947 0 9 409 3365
Biso mean--14.66 38.79 -
残基数----401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2694087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7721068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.57320.27511360.24052650278699
1.5732-1.59770.2641300.23432639276998
1.5977-1.62390.26961390.2172592273199
1.6239-1.65190.26131320.21042637276998
1.6519-1.6820.221390.197826232762100
1.682-1.71430.26761340.1952643277799
1.7143-1.74930.24481400.187826412781100
1.7493-1.78730.22111460.18032641278799
1.7873-1.82890.18691380.16512640277899
1.8289-1.87460.19131320.170526192751100
1.8746-1.92530.20591640.1722599276399
1.9253-1.98190.17711460.163226662812100
1.9819-2.04590.17361370.161426502787100
2.0459-2.1190.17181490.15812603275299
2.119-2.20380.20861510.158126512802100
2.2038-2.30410.20691180.15362672279099
2.3041-2.42550.18871510.145326532804100
2.4255-2.57730.19751790.152126512830100
2.5773-2.77620.17981330.15626772810100
2.7762-3.05520.19631530.152626482801100
3.0552-3.49660.16591440.159526812825100
3.4966-4.40260.16551360.14962696283299
4.4026-27.92330.19551200.1812554267491
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.84970.3219-0.05912.73870.15071.4014-0.03210.0513-0.0648-0.14280.05120.019-0.01590.0967-0.0190.0901-0.0109-0.00650.11420.02290.092654.46198.23962.5311
20.92740.0421-0.18441.94920.40432.1888-0.17650.4331-0.067-0.43650.108-0.19360.0840.17090.06130.3208-0.06350.03950.3175-0.03510.177885.730920.862128.9056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 238 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 239 through 439 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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