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- PDB-4xck: Vibrio cholerae O395 Ribokinase complexed with ADP, Ribose and Ce... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xck | |||||||||
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Title | Vibrio cholerae O395 Ribokinase complexed with ADP, Ribose and Cesium ion. | |||||||||
![]() | Ribokinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / kinase / phosphotransfer / sugar binding protein | |||||||||
Function / homology | ![]() ribokinase / ribokinase activity / D-ribose catabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Paul, R. / Patra, M.D. / Sen, U. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Apo and Ligand Bound Vibrio cholerae Ribokinase (Vc-RK): Role of Monovalent Cation Induced Activation and Structural Flexibility in Sugar Phosphorylation. Authors: Paul, R. / Patra, M.D. / Sen, U. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2014 Title: Crystallization and preliminary X-ray analysis of a ribokinase from Vibrio cholerae O395. Authors: Paul, R. / Patra, M.D. / Banerjee, R. / Sen, U. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 458.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 376.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4x8fC ![]() 4xdaC ![]() 1rk2S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32392.740 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 39541 / Classical Ogawa 395 / O395 / Gene: rbsK, VC0395_0007, VC395_A0124 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A5F1B7, UniProt: A0A0H2UL04*PLUS, ribokinase #2: Sugar | #3: Chemical | ChemComp-ADP / #4: Chemical | ChemComp-CS / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.53 % / Description: rectangular parallelepiped. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: PEG 6000, 0.1M MES BUFFER, pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Dec 2, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→30 Å / Num. obs: 47045 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.41 Å / Redundancy: 2.11 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 93.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1RK2 Resolution: 2.37→26.643 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 29.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→26.643 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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