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- PDB-4xcg: Crystal structure of a hexadecameric TF55 complex from S. solfata... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xcg
タイトルCrystal structure of a hexadecameric TF55 complex from S. solfataricus, crystal form I
要素
  • Thermosome subunit alpha
  • Thermosome subunit beta
キーワードCHAPERONE / Protein Folding / Thermosomes / Chaperonin
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / Thermosome, archaeal / GroEL / GroEL / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : ...GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / Thermosome, archaeal / GroEL / GroEL / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Thermosome subunit alpha / Thermosome subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.737 Å
データ登録者Stewart, A.G. / Smits, C. / Chaston, J.J. / Stock, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP1093649 オーストラリア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Insights into the Evolution and Stress Adaptation of Type II Chaperonins.
著者: Jessica J Chaston / Callum Smits / David Aragão / Andrew S W Wong / Bilal Ahsan / Sara Sandin / Sudheer K Molugu / Sanjay K Molugu / Ricardo A Bernal / Daniela Stock / Alastair G Stewart /
要旨: Chaperonins are essential biological complexes assisting protein folding in all kingdoms of life. Whereas homooligomeric bacterial GroEL binds hydrophobic substrates non-specifically, the ...Chaperonins are essential biological complexes assisting protein folding in all kingdoms of life. Whereas homooligomeric bacterial GroEL binds hydrophobic substrates non-specifically, the heterooligomeric eukaryotic CCT binds specifically to distinct classes of substrates. Sulfolobales, which survive in a wide range of temperatures, have evolved three different chaperonin subunits (α, β, γ) that form three distinct complexes tailored for different substrate classes at cold, normal, and elevated temperatures. The larger octadecameric β complexes cater for substrates under heat stress, whereas smaller hexadecameric αβ complexes prevail under normal conditions. The cold-shock complex contains all three subunits, consistent with greater substrate specificity. Structural analysis using crystallography and electron microscopy reveals the geometry of these complexes and shows a novel arrangement of the α and β subunits in the hexadecamer enabling incorporation of the γ subunit.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22016年3月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,6353
ポリマ－120,2072
非ポリマー4271
水00
1
B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)965,07824
ポリマ－961,66016
非ポリマー3,4188
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_335-x-2,-y-2,z1
crystal symmetry operation3_355-y-2,x,z1
crystal symmetry operation4_535y,-x-2,z1
crystal symmetry operation5_359-x-2,y,-z+41
crystal symmetry operation6_539x,-y-2,-z+41
crystal symmetry operation7_559y,x,-z+41
crystal symmetry operation8_339-y-2,-x-2,-z+41
2
B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子

B: Thermosome subunit beta
A: Thermosome subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,53912
ポリマ－480,8308
非ポリマー1,7094
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_335-x-2,-y-2,z1
crystal symmetry operation3_355-y-2,x,z1
crystal symmetry operation4_535y,-x-2,z1
Buried area19590 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area170260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.776, 145.776, 248.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D4 (2回x4回 2面回転対称))
詳細Assembly confirmed by EM and MALLS

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要素

#1: タンパク質 Thermosome subunit beta / Chaperonin subunit beta / Thermophilic factor 55 beta / TF55-beta / Thermosome subunit 2


分子量: 60453.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 参照: UniProt: Q9V2T8
#2: タンパク質 Thermosome subunit alpha / Chaperonin subunit alpha / Thermophilic factor 55 alpha / TF55-alpha / Thermosome subunit 1


分子量: 59754.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 参照: UniProt: Q9V2S9
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: Tris-HCl, PEG 2000, 2-propanol, strontium chloride, TMAO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.73→47.69 Å / Num. obs: 14246 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 96.66 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.679 / Rpim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 272824 / Scaling rejects: 97
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.73-4.17192.6992.27474339260.4750.60198.6
8.34-47.6917.90.094262467213810.9980.02299.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER2.5.6位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XCD and 3J1B

4xcd

3j1b


解像度: 3.737→47.595 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 718 5.05 %
Rwork0.2474 13489 -
obs0.2496 14207 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 453.17 Å2 / Biso mean: 117.2962 Å2 / Biso min: 44.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.737→47.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7325 0 39 0 7364
Biso mean--103.55 --
残基数----969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70410010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0251216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031277
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9192820
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.737-4.02540.34031560.2972608276499
4.0254-4.43030.31051340.260926592793100
4.4303-5.07070.32981420.242126662808100
5.0707-6.38610.3331480.288927142862100
6.3861-47.59870.2291380.20932842298099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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