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- PDB-4xc5: CRYSTAL STRUCTURE OF THE T1L REOVIRUS ATTACHMENT PROTEIN SIGMA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xc5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE T1L REOVIRUS ATTACHMENT PROTEIN SIGMA1
要素Outer capsid protein sigma-1
キーワードVIRAL PROTEIN / TRIPLE BETA-SPIRAL / BETA-BARREL / BETA-SPIRAL REPEAT / GREEK KEY MOTIF / VIRAL ATTACHMENT PROTEIN / GM2 GLYCAN ALPHA-2 / 3-SIALYLLACTOSE / JUNCTIONAL ADHESION MOLECULE A / VIRAL CAPSID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral outer capsid / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Virus attachment protein , globular domain / Viral attachment sigma 1, reoviral / Reovirus viral attachment protein sigma 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Outer capsid protein sigma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalian orthoreovirus 1 Lang (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Reiss, K. / Stehle, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of HealthR01 AI076983 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structure of Serotype 1 Reovirus Attachment Protein sigma 1 in Complex with Junctional Adhesion Molecule A Reveals a Conserved Serotype-Independent Binding Epitope.
著者: Stettner, E. / Dietrich, M.H. / Reiss, K. / Dermody, T.S. / Stehle, T.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32016年7月13日Group: Data collection
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein sigma-1
B: Outer capsid protein sigma-1
C: Outer capsid protein sigma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,94119
ポリマ－73,9403
非ポリマー1,00116
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10630 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.930, 112.960, 113.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

MG

21B-502-

MG

31C-502-

MG

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Outer capsid protein sigma-1 / Sigma1 / Cell attachment protein / Hemagglutinin


分子量: 24646.564 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 308-407 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammalian orthoreovirus 1 Lang (ウイルス)
遺伝子: S1 / プラスミド: PQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P04506

-
非ポリマー , 5種, 110分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES/ imidazole (pH 6.3-6.9), 11 % PEG 4000, 22 % glycerol, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, and 0.02 M sodium oxamate
PH範囲: 6.3-6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 36975 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 37.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rmerge(I) obs: 1.318 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.561 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4odb

4odb


解像度: 2.2→42.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9337 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9128 / SU R Cruickshank DPI: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 3722 10.07 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
obs0.1932 36973 99.71 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5939 Å20 Å20 Å2
2--1.2134 Å20 Å2
3----0.6195 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.245 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→42.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3797 0 60 94 3951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013946HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.15379HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1273SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes569HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3946HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion521SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4321SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2652 292 10.26 %
Rwork0.238 2554 -
all0.2408 2846 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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