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万見
- PDB-3s6x: Structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s6x
タイトルStructure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with alpha-2,3-sialyllactose
要素Outer capsid protein sigma-1
キーワードVIRAL PROTEIN / triple beta-spiral / beta-barrel / beta-spiral repeat / greek key motif / trimer / Viral attachment protein / sialic acid receptors Junctional adhesion molecule A / Viral capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


viral outer capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3380 / Laminin - #20 / Laminin / reovirus attachment protein sigma1; domain 1 / Virus attachment protein , globular domain / Viral attachment sigma 1, reoviral / Reovirus viral attachment protein sigma 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3380 / Laminin - #20 / Laminin / reovirus attachment protein sigma1; domain 1 / Virus attachment protein , globular domain / Viral attachment sigma 1, reoviral / Reovirus viral attachment protein sigma 1 / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Other non-globular / Laminin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Ribbon / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid protein sigma-1
類似検索 - 構成要素
生物種Reovirus type 3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Reiter, D.M. / Dermody, T.S. / Stehle, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of reovirus attachment protein sigma1 in complex with sialylated oligosaccharides
著者: Reiter, D.M. / Frierson, J.M. / Halvorson, E.E. / Kobayashi, T. / Dermody, T.S. / Stehle, T.
履歴
登録2011年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein sigma-1
B: Outer capsid protein sigma-1
C: Outer capsid protein sigma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,9836
ポリマ－106,0823
非ポリマー1,9013
水14,628812
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25260 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area37700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.150, 333.180, 58.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein sigma-1 / Sigma1 / Cell attachment protein / Hemagglutinin


分子量: 35360.777 Da / 分子数: 3 / 断片: Head and body, residues 170-445 / 変異: T249I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Reovirus type 3 (ウイルス) / 株: Dearing / 遺伝子: S1 / プラスミド: PQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: P03528
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG200, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9185 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9185 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→38.611 Å / Num. all: 82127 / Num. obs: 78323 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.25-2.31189.7
2.31-2.37188.9
2.37-2.44187.8
2.44-2.52188.8
2.52-2.6192.4
2.6-2.69193.2
2.69-2.79195.9
2.79-2.9198
2.9-3.03197.9
3.03-3.181100
3.18-3.351100
3.35-3.561100
3.56-3.8199.9
3.8-4.11199.7
4.11-4.5199.8
4.5-5.03199.7
5.03-5.81199.8
5.81-7.12199.9
7.12-10.06199.9
10.06-38.611195.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→38.611 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 2 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 3956 5.05 %
Rwork0.1576 --
obs0.1597 78322 95.37 %
all-82127 -
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.64 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7915 Å20 Å20 Å2
2---4.6597 Å2-0 Å2
3---9.4511 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.611 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6655 0 129 812 7596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066955
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9859499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8452535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.33040.2923820.24666818X-RAY DIFFRACTION89
2.3304-2.42370.2563560.21316825X-RAY DIFFRACTION89
2.4237-2.5340.28953530.20376763X-RAY DIFFRACTION88
2.534-2.66760.21533790.16577220X-RAY DIFFRACTION93
2.6676-2.83460.21573860.15977456X-RAY DIFFRACTION96
2.8346-3.05340.19364010.157610X-RAY DIFFRACTION98
3.0534-3.36050.20184110.1627776X-RAY DIFFRACTION100
3.3605-3.84640.19384240.157827X-RAY DIFFRACTION100
3.8464-4.84460.15324380.1157876X-RAY DIFFRACTION100
4.8446-38.61640.19364260.16778195X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35790.77080.14755.12960.19521.94820.1451-0.17680.60390.1156-0.22250.2271-0.354-0.00660.08290.18030.03860.02440.2632-0.09410.405432.6338-63.152415.7499
20.9066-0.6871-0.17862.1498-0.12410.12470.01480.04610.1807-0.0963-0.06050.017-0.6433-0.0581-0.13791.24250.0856-0.0250.3724-0.07331.576422.7316-2.074517.2731
31.5485-0.88260.12073.4722-0.04371.1994-0.0527-0.0205-0.22870.11130.01540.24120.1274-0.18810.0480.1102-0.01970.01630.2680.020.139211.210369.875410.9755
41.6143-1.32880.02552.66330.54612.18570.0323-0.260.49360.3968-0.02280.3551-0.3745-0.12990.00960.2830.02170.14860.2547-0.10680.46631.9659-65.824519.4904
50.21410.247-0.22072.385-0.08320.2369-0.02650.0150.04050.0342-0.2701-0.0537-0.1844-0.0165-0.02511.28190.14410.08940.35390.00411.485426.67420.083216.8072
61.97680.5717-0.13833.6158-0.46491.1886-0.04040.2159-0.1523-0.0397-0.0452-0.02370.10670.11280.08430.10790.00760.00810.2357-0.00820.107331.950269.53863.9549
71.3235-0.2880.4331.9487-0.87131.51850.0877-0.01920.58890.3766-0.24690.5506-0.3813-0.13380.1080.27610.03350.07470.3368-0.10790.561928.0864-63.22517.2864
80.24890.0622-0.16461.18890.04610.28880.21920.05390.11730.083-0.2387-0.0057-0.104-0.00560.10521.40890.13150.05890.3343-0.01041.460424.9180.001520.526
91.4980.2810.10533.49620.42371.3094-0.0691-0.3632-0.160.27780.0267-0.06020.18790.0720.04110.150.05460.01040.28950.03770.128727.449270.509425.511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 166:237)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 238:287)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 288:455)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 161:237)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 238:291)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 292:455)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 165:239)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 240:288)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 289:455)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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