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- PDB-4xax: Crystal structure of Thermus thermophilus CarD in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xax
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus CarD in complex with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain
要素
  • CarD
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta domain 1
キーワードTranscription Regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
CarD-like, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Thrombin, subunit H - #170 ...CarD-like, C-terminal domain / CarD-like, C-terminal domain / : / : / CarD, C-terminal domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / Thrombin, subunit H - #170 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Thrombin, subunit H / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CarD-like/TRCF RNAP-interacting domain-containing protein / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.404 Å
データ登録者Chen, J. / Bae, B. / Campbell, E.A. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: CarD uses a minor groove wedge mechanism to stabilize the RNA polymerase open promoter complex.
著者: Bae, B. / Chen, J. / Davis, E. / Leon, K. / Darst, S.A. / Campbell, E.A.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Data collection
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta domain 1
B: CarD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4267
ポリマ－38,1162
非ポリマー3105
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.321, 149.321, 52.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-303-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta domain 1 / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 20545.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWU7, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 CarD


分子量: 17570.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0168 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLX5
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Ammonium sulfate, sodium acetate, ethylene gycol

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.41
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Χ2: 1.033 / Net I/av σ(I): 25.176 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 138939
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.404-2.495.80.96122590.685100
2.49-2.596.20.73822560.706100
2.59-2.76.20.52922410.728100
2.7-2.856.20.3522390.756100
2.85-3.026.20.21922630.803100
3.02-3.266.20.12922540.842100
3.26-3.586.20.07622770.968100
3.58-4.16.10.0622681.556100
4.1-5.1760.0523042.011100
5.17-505.90.03423441.26999.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L5G, 3MLQ

4l5g

3mlq


解像度: 2.404→49.323 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.74 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1803 1161 5.11 %
Rwork0.1563 21498 -
obs0.1615 22705 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.9 Å2 / Biso mean: 60.0647 Å2 / Biso min: 15.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.404→49.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2657 0 20 76 2753
Biso mean--49.77 52.81 -
残基数----342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1823677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006486
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.021039
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.4047-2.5140.29151510.251926532804
2.514-2.64630.25621520.232126682820
2.6463-2.81180.27531490.215826522801
2.8118-3.02840.20181430.194226662809
3.0284-3.33230.21131330.190626782811
3.3323-3.81230.17971410.168426902831
3.8123-4.79520.15591500.125727202870
4.7952-22.21960.16171420.128627712913

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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