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万見
- PDB-4xai: Crystal Structure of red flour beetle NR2E1/TLX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xai
タイトルCrystal Structure of red flour beetle NR2E1/TLX
要素
  • Grunge, isoform J
  • Maltose-binding periplasmic protein,Tailless ortholog
キーワードTRANSCRIPTION / helical sandwich / TRANSPORT PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


inter-male aggressive behavior / polytene chromosome interband / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / segmentation / larval somatic muscle development / segment specification / eye development / embryonic pattern specification / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism ...inter-male aggressive behavior / polytene chromosome interband / imaginal disc-derived wing vein morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / segmentation / larval somatic muscle development / segment specification / eye development / embryonic pattern specification / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / nuclear receptor binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / transcription corepressor activity / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Atrophin-like / Atrophin-1 family / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / : / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein ...Atrophin-like / Atrophin-1 family / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / : / SANT domain profile. / SANT domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / SANT/Myb domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Periplasmic binding protein-like II / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Grunge, isoform J / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Tailless ortholog
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhi, X. / Zhou, E. / Xu, E.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for corepressor assembly by the orphan nuclear receptor TLX.
著者: Zhi, X. / Zhou, X.E. / He, Y. / Searose-Xu, K. / Zhang, C.L. / Tsai, C.C. / Melcher, K. / Xu, H.E.
履歴
登録2014年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_keywords / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Tailless ortholog
P: Grunge, isoform J
B: Maltose-binding periplasmic protein,Tailless ortholog
Q: Grunge, isoform J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7836
ポリマ－132,0984
非ポリマー6852
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area51700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.782, 84.098, 262.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Tailless ortholog / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 63653.492 Da / 分子数: 2
断片: maltose binding protein fused ligand binding domain,maltose binding protein fused ligand binding domain
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017 / プラスミド: pETduet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q9NCL0
#2: タンパク質・ペプチド Grunge, isoform J


分子量: 2395.648 Da / 分子数: 2 / 断片: Atro box motif / 由来タイプ: 合成 / 詳細: maltose
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: M9PHT1, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#3: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月18日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→40 Å / Num. obs: 81089 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.73 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 11020 / Rsym value: 0.554 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID's 4MY2 and 4LOG

4my2

4log


解像度: 2.6→35.27 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 28.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 5590 6.94 %
Rwork0.2074 --
obs0.2111 80518 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9174 0 46 86 9306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90812804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9643466
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041640
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 190 -
Rwork0.3 2535 -
obs--97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5741-0.4947-0.63041.6583-0.17031.4802-0.02890.1814-0.3536-0.2055-0.1335-0.18680.33820.21620.0010.44320.0520.0480.5129-0.01390.488121.237-44.41169.0177
21.6606-0.7281-0.64260.71420.17751.393-0.1566-0.0765-0.4307-0.01930.05060.54020.3944-0.0377-0.01760.56180.0068-0.08380.58420.01560.590220.0348-21.2611-22.3238
31.34190.0424-0.34131.9445-0.07182.1533-0.0675-0.002-0.0716-0.1920.14280.169-0.0178-0.176-0.00580.5128-0.0157-0.1010.5524-0.03530.517820.5621-10.7297-33.2387
42.77810.2143-0.55961.36560.76240.62020.1197-1.00260.19570.59080.20070.2986-0.4740.48990.00960.57260.02430.03980.74020.06080.795314.0925-13.0266-7.491
53.1522-1.03981.47891.2938-0.63970.7132-0.18840.17790.04920.3929-0.2958-0.18990.0904-0.6879-0.07960.47790.04080.06860.77060.11240.56921.2415-7.3283-16.073
61.01280.11830.03511.26480.50621.8956-0.2820.2261-0.2345-0.23790.2877-0.3496-0.32840.4288-0.00710.848-0.1004-0.09960.686-0.29230.89267.7425-22.7815-86.8611
71.84930.03710.90321.6708-0.3241.088-0.38450.0298-0.0281-0.49160.04290.1935-0.4001-0.40030.01450.90740.0151-0.20570.6125-0.14150.6681-18.9654-18.4934-89.381
80.78740.76570.05350.61940.00781.5461-0.18480.3882-0.0751-0.38240.2539-0.3755-0.6690.2937-0.00881.0347-0.1078-0.10430.6452-0.14970.74971.4298-13.6627-90.2725
90.8967-0.05361.4814-0.51970.12311.413-0.1965-0.242-0.262-0.02350.13010.1308-0.2358-0.2509-0.00340.9165-0.0689-0.15040.66080.01660.7892.7136-27.5407-59.9359
101.2234-0.05160.81791.86380.70120.6425-0.064-0.0034-0.1807-0.51280.1966-0.1194-0.14180.06490.00160.8232-0.127-0.02720.6524-0.08920.555726.3414-20.4673-51.265
110.9285-0.6290.08721.15640.33930.6521-0.4343-0.1652-0.5521-0.10140.19340.4124-0.08440.1520.00480.9481-0.0055-0.17670.6217-0.07230.72327.8315-36.937-54.6271
12-0.0008-0.00220.01120.03150.03450.0264-0.40480.663-0.2921-0.368-0.17760.35340.3477-0.2363-0.04591.2159-0.2751-0.19380.73840.00680.71095.4224-38.9433-66.3651
130.61370.02140.58771.5291-0.8221.01540.10580.2749-0.42050.29330.12940.078-0.00490.2240.03631.1247-0.054-0.24450.58770.26990.90384.4824-47.2651-52.9835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 354 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 355 through 1290 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1291 through 1396 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'P' and (resid 1814 through 1825 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'P' and (resid 1826 through 1834 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 120 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 121 through 247 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 248 through 335 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 336 through 1289 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1290 through 1368 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1369 through 1396 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'Q' and (resid 1815 through 1826 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'Q' and (resid 1827 through 1832 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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