PDB-4xag: Cycles of destabilization and repair underlie the evolution of ne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xag

タイトル

Cycles of destabilization and repair underlie the evolution of new enzyme function

要素

Phosphotriesterase variant PTE-R6

キーワード

HYDROLASE / dynamics / evolution / phosphotriesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Tokuriki, N.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: The role of protein dynamics in the evolution of new enzyme function.
著者: Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Correy, G.J. / Carr, P.D. / Porebski, B.T. / Livingstone, E.K. / Afriat-Jurnou, L. / Buckle, A.M. / Weik, M. / Hollfelder, F. / Tokuriki, N. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2014年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xag.cif.gz	157.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xag.ent.gz	121.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/4xag	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pbeC 4pbfC 4pcnC 4pcpC 4xafC 4xayC 4xazC 4xd3C 4xd4C 4xd5C 4xd6C 4gy0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xaz-d 2o4q-2 6gbl-d 4j35-2 1eyw-1 3wml-1 2r1p-2 3cs2-1 4pbe-d 3cs2-2 2d2j-1 2o4m-2 6fs3-d 1p6c-d 4keu-2 4xd3-d 3htw-2 1i0b-d 1psc-d 6g3m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-R6

G: Phosphotriesterase variant PTE-R6

ヘテロ分子

73 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.886, 86.304, 88.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-R6 分子量: 36055.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GPQ0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM cacodylate, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→39.41 Å / Num. obs: 87372 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.1212 / Net I/σ(I): 14.24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GY0

4gy0

解像度: 1.6→39.405 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	4381	5.01 %
R_work	0.164	-	-
obs	0.1659	87362	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5010	0	41	468	5519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	5433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.779	7428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.055	2008
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	872
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	969

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3041	143	0.2451	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6182-1.6372	0.2762	133	0.234	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6372-1.6572	0.2843	158	0.2385	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6572-1.6782	0.2697	145	0.2268	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7002	0.2446	152	0.2184	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7002-1.7235	0.2486	154	0.2208	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7235-1.7482	0.272	148	0.212	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7482-1.7743	0.2233	125	0.1956	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.802	0.2426	146	0.1966	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.8315	0.2313	154	0.1912	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.8631	0.2267	128	0.178	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8631-1.897	0.228	153	0.1809	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.9335	0.2106	140	0.1764	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-1.9729	0.2222	133	0.1771	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9729-2.0158	0.2278	144	0.1693	2761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.0627	0.2306	149	0.1663	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0627-2.1143	0.211	150	0.1743	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1143-2.1715	0.176	147	0.1567	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1715-2.2354	0.1879	158	0.1552	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2354-2.3075	0.1994	137	0.1498	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.39	0.1517	157	0.1492	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.4856	0.1743	142	0.1518	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4856-2.5987	0.186	163	0.1506	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5987-2.7357	0.1948	142	0.1505	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7357-2.9071	0.1892	124	0.1526	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9071-3.1314	0.2053	146	0.1563	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1314-3.4464	0.2102	128	0.1535	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4464-3.9447	0.1648	150	0.1425	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9447-4.9684	0.1606	175	0.1366	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9684-39.4172	0.2217	157	0.1659	2988	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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