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万見
- PDB-4x9z: Dimeric conotoxin alphaD-GeXXA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x9z
タイトルDimeric conotoxin alphaD-GeXXA
要素alphaD-conotoxin GeXXA from the venom of Conus generalis
キーワードTOXIN / alpha-conotoxin / GeXXA / Nicotinic acetylcholine receptor / homodimer
機能・相同性host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Alpha-conotoxin GeXXA
機能・相同性情報
生物種Conus generalis (アカシマミナシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / AB_INITIO / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Xu, S. / Zhang, T. / Kompella, S. / Adams, D. / Ding, J. / Wang, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Conotoxin alpha D-GeXXA utilizes a novel strategy to antagonize nicotinic acetylcholine receptors
著者: Xu, S. / Zhang, T. / Kompella, S.N. / Yan, M. / Lu, A. / Wang, Y. / Shao, X. / Chi, C. / Adams, D.J. / Ding, J. / Wang, C.
履歴
登録2014年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alphaD-conotoxin GeXXA from the venom of Conus generalis
B: alphaD-conotoxin GeXXA from the venom of Conus generalis


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2892
ポリマ－11,2892
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)25.436, 42.423, 83.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド alphaD-conotoxin GeXXA from the venom of Conus generalis


分子量: 5644.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: venom / 由来: (天然) Conus generalis (アカシマミナシ) / 参照: UniProt: A0A0A0VBX4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M citrate acid, 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 13989 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 47.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 94.4

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位相決定

位相決定手法: AB_INITIO

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5→41.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.454 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 709 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 13236 --
obs0.1791 13236 92.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.71 Å2 / Biso mean: 40.899 Å2 / Biso min: 16.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å20 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→41.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数715 0 0 69 784
Biso mean---47.63 -
残基数----95
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.019751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2771.9131017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.864594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.59517.03727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2115122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8461512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021550
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.6783751
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.967527
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded31.1635767
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 44 -
Rwork0.22 860 -
all-904 -
obs--93.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44860.0219-0.21590.0787-0.00250.3857-0.0215-0.0043-0.0278-0.021-0.0082-0.00730.0467-0.03830.02980.02970.0072-0.00260.0124-0.0070.0222-1.2856-8.243726.7885
20.1591-0.1310.20221.2544-0.67060.58050.0033-0.0656-0.00730.10380.02090.0568-0.0825-0.0022-0.02420.0432-0.0127-0.00410.0868-0.0030.0255-7.7505-5.77196.1022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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