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万見
- PDB-4x9p: Crystal structure of bovine Annexin A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x9p
タイトルCrystal structure of bovine Annexin A2
要素Annexin A2
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN / annexin / calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Dissolution of Fibrin Clot / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / extracellular membrane-bounded organelle / phospholipase inhibitor activity / biomineral tissue development / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / calcium-dependent phospholipid binding / calcium ion import / vesicle membrane / Neutrophil degranulation ...Dissolution of Fibrin Clot / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / extracellular membrane-bounded organelle / phospholipase inhibitor activity / biomineral tissue development / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / calcium-dependent phospholipid binding / calcium ion import / vesicle membrane / Neutrophil degranulation / phosphatidylserine binding / basement membrane / cytoskeletal protein binding / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / melanosome / vesicle / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A2 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A2 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Shumilin, I.A. / Hollas, H. / Vedeler, A. / Kretsinger, R.H.
引用ジャーナル: Biochem. Pharmacol. / 年: 2015
タイトル: The native structure of annexin A2 peptides in hydrophilic environment determines their anti-angiogenic effects.
著者: Raddum, A.M. / Hollas, H. / Shumilin, I.A. / Henklein, P. / Kretsinger, R. / Fossen, T. / Vedeler, A.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Structure summary
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Database references
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_keywords.text
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1415
ポリマ－38,9851
非ポリマー1564
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.315, 63.274, 117.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Annexin A2 / Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / ...Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / Lipocortin II / Placental anticoagulant protein IV / PAP-IV / Protein I / p36


分子量: 38985.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ANXA2, ANX2 / プラスミド: pETM41 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04272
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Reservoir buffer: 30% PEG 4000, 0.1 M Na acetate, 0.2 M ammonium acetate. The drop consisted of 0.5 mkl of 2.3 mg/ml protein solution + 0.5 mkl of reservoir buffer supplemented with 20 mkM Ca2+ and 1 mM Mg2+.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97901 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月14日
放射モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97901 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.9 % / 数: 168541 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.88 / D res high: 2.01 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 24564 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.335010.0250.9676.3
3.444.3310.0321.126.7
33.4410.041.0126.9
2.73310.0560.9347
2.532.7310.0790.8627
2.382.5310.090.7487.1
2.262.3810.1220.7377.1
2.172.2610.1610.817.1
2.082.1710.1990.7457.1
2.012.0810.2760.8656.4
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 24564 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 0.879 / Net I/av σ(I): 37.608 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 168541
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.01-2.086.40.2765.924180.86599.1
2.08-2.177.10.19923880.74599.8
2.17-2.267.10.16124210.8199.9
2.26-2.387.10.12224070.73799.8
2.38-2.537.10.0924630.748100
2.53-2.7370.07924190.86299.9
2.73-370.05624570.93499.8
3-3.446.90.0424651.01299.9
3.44-4.336.70.03225021.12100
4.33-506.30.02526240.96798.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XJL

1xjl


解像度: 2.01→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.2048 / WRfactor Rwork: 0.1536 / FOM work R set: 0.8636 / SU B: 6.663 / SU ML: 0.099 / SU R Cruickshank DPI: 0.1551 / SU Rfree: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1256 5.1 %RANDOM
Rwork0.1565 23260 --
obs0.1592 23260 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.03 Å2 / Biso mean: 39.063 Å2 / Biso min: 14.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--1.19 Å2-0 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2525 0 4 267 2796
Biso mean--54.27 44.66 -
残基数----314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7531.9823462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83235790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2115318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98624.553123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38315514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7311519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2242.1891260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2242.1881259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4153.2651573
LS精密化 シェル解像度: 2.012→2.064 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 91 -
Rwork0.172 1635 -
all-1726 -
obs--97.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9799-0.0646-1.70120.8723-0.5782.69960.038-0.0585-0.01920.020.1303-0.0218-0.0366-0.1737-0.16830.0036-0.0075-0.0210.21210.05320.1997-28.2647.17254.188
21.2834-0.6943-0.9690.44490.22672.16440.24510.3727-0.2291-0.1384-0.20460.1676-0.1646-0.4687-0.04050.050.0586-0.04710.3107-0.05280.173-27.09248.16131.482
31.2917-1.092-0.42233.33690.54611.03320.00880.1477-0.0435-0.1829-0.0369-0.1714-0.1537-0.10910.0280.04130.01170.02270.1591-0.03570.126-5.45640.42916.226
41.2956-0.3465-0.49050.9834-0.1950.97110.1087-0.02780.0308-0.0422-0.07350.0207-0.00430.1084-0.03510.03-0.00360.01130.16160.00130.1447-10.38452.34941.863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3A185 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4A265 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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