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- PDB-4x96: Low resolution crystal structure of Lecithin:Cholesterol Acyltran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x96
タイトルLow resolution crystal structure of Lecithin:Cholesterol Acyltransferase (LCAT; residues 21-397)
要素Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / hydrolase / phospholipase / esterase / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / sterol ester esterase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / apolipoprotein A-I binding / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process ...phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / sterol ester esterase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / apolipoprotein A-I binding / phospholipase A2 activity / phosphatidylcholine metabolic process / phosphatidylcholine biosynthetic process / aflatoxin metabolic process / very-low-density lipoprotein particle remodeling / high-density lipoprotein particle remodeling / reverse cholesterol transport / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transport / high-density lipoprotein particle / HDL remodeling / response to copper ion / cholesterol metabolic process / phospholipid metabolic process / response to glucocorticoid / cholesterol homeostasis / lipid metabolic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lecithin:cholesterol/phospholipid:diacylglycerol acyltransferase / Lecithin:cholesterol acyltransferase / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 8.69 Å
データ登録者Glukhova, A. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086865 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure and function of lysosomal phospholipase A2 and lecithin:cholesterol acyltransferase.
著者: Glukhova, A. / Hinkovska-Galcheva, V. / Kelly, R. / Abe, A. / Shayman, J.A. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
A: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
B: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
C: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,34016
ポリマ－174,7634
非ポリマー5,57712
水00
1
A: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0854
ポリマ－43,6911
非ポリマー1,3943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0854
ポリマ－43,6911
非ポリマー1,3943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0854
ポリマ－43,6911
非ポリマー1,3943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0854
ポリマ－43,6911
非ポリマー1,3943
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)367.258, 367.258, 187.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
12D
22B
13D
23C
14A
24B
15A
25C
16B
26C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 22 - 396 / Label seq-ID: 2 - 376

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11DA
21AB
12DA
22BC
13DA
23CD
14AB
24BC
15AB
25CD
16BC
26CD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase / Lecithin-cholesterol acyltransferase / Phospholipid-cholesterol acyltransferase


分子量: 43690.727 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 45-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCAT / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04180, phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 13.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Na acetate pH 5.0, 13% isopropanol, and 200 mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 8.69→30 Å / Num. obs: 7324 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 0.972 / Net I/av σ(I): 8.233 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 37449
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
8.7-8.854.80.5293650.7940.2640.5920.28194.8
8.85-950.4993420.7930.2470.5570.33796.6
9-9.174.90.3973650.8980.1960.4430.36796.6
9.17-9.3550.3453620.8530.1730.3880.37795.8
9.35-9.5550.373560.8870.1830.4140.44197.5
9.55-9.764.90.3113550.910.1540.3480.45797.3
9.76-105.10.3023720.9210.1480.3370.53699.5
10-10.2650.2743720.920.1350.3060.57199.5
10.26-10.555.20.2513690.9290.1230.2790.65599.2
10.55-10.875.20.2283630.9560.1120.2550.819100
10.87-11.245.30.2173710.9590.1050.2421.029100
11.24-11.675.40.1923820.9640.0920.2131.078100
11.67-12.165.40.1873640.9670.0890.2071.313100
12.16-12.765.50.1753690.9640.0830.1941.147100
12.76-13.495.50.1863640.9590.0880.2061.406100
13.49-14.425.50.173760.9670.080.1881.384100
14.42-15.685.50.1573770.980.0740.1731.382100
15.68-17.545.40.1423600.9860.0670.1571.611100
17.54-20.85.10.1283730.9810.0630.1432.106100
20.8-303.50.0933670.9870.0560.1092.11798.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X90

4x90


解像度: 8.69→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 733.098 / SU ML: 2.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 2.754 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 367 5 %RANDOM
Rwork0.2096 ---
obs0.2105 6954 94.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 575.19 Å2 / Biso mean: 359.555 Å2 / Biso min: 194.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å2-0.96 Å20 Å2
2---1.92 Å20 Å2
3---6.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 8.69→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12044 0 368 0 12412
Biso mean--444.21 --
残基数----1500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01912824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.171.98817540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.866327068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.72951496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.35923.379580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.454151936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7621576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.93830.9275996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.93730.9275995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.79146.3847488
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11D219530.04
12A219530.04
21D219420.04
22B219420.04
31D218930.05
32C218930.05
41A221120.02
42B221120.02
51A220720.04
52C220720.04
61B220520.04
62C220520.04
LS精密化 シェル解像度: 8.691→8.897 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 26 -
Rwork0.302 332 -
all-358 -
obs--66.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0164-0.83740.56132.18671.99333.05470.8788-0.3205-0.2673-0.6302-0.362-0.4175-0.1705-0.3598-0.51680.4864-0.2164-0.08380.70070.54270.6082386.344759.7561-71.0904
20.9172-0.94821.25563.5983-0.05792.51280.3098-0.0712-0.1083-0.602-0.510.1860.1409-0.18530.20020.3095-0.0974-0.08820.33340.24230.6111382.684321.9454-95.1927
31.998-1.2969-0.37473.3797-2.142.34480.3029-0.1108-0.3299-0.0620.06910.5596-0.25630.0792-0.3720.3445-0.06320.01420.5947-0.15810.4234411.727592.7201-50.1267
43.6181.0941-1.30182.2189-0.55341.14260.1507-0.63860.2419-0.4321-0.3269-0.02530.22770.05590.17620.42690.12630.04030.5477-0.15390.1566395.9484100.2498-92.3567
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D22 - 471
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 471
3X-RAY DIFFRACTION3B22 - 471
4X-RAY DIFFRACTION4C22 - 471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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