[日本語] English
万見
- PDB-4x91: Crystal structure of Lysosomal Phospholipase A2 in complex with I... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x91
タイトルCrystal structure of Lysosomal Phospholipase A2 in complex with Isopropyl dodec-11-enylfluorophosphonate (IDFP)
要素Group XV phospholipase A2
キーワードTRANSFERASE / hydrolase / phospholipase / IDFP / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acylglycerol O-acyltransferase activity / phosphatidylethanolamine catabolic process / phosphatidylserine metabolic process / Hydrolysis of LPC / lysophospholipase / glycerophospholipid metabolic process / O-acyltransferase activity / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / : ...acylglycerol O-acyltransferase activity / phosphatidylethanolamine catabolic process / phosphatidylserine metabolic process / Hydrolysis of LPC / lysophospholipase / glycerophospholipid metabolic process / O-acyltransferase activity / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / : / phospholipase A1 activity / calcium-independent phospholipase A2 activity / diacylglycerol biosynthetic process / phosphatidylglycerol metabolic process / ceramide metabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / fatty acid catabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 / phospholipid metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / phospholipid binding / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Lecithin:cholesterol/phospholipid:diacylglycerol acyltransferase / Lecithin:cholesterol acyltransferase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-TO4 / Lysosomal phospholipase A and acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Glukhova, A. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086865 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure and function of lysosomal phospholipase A2 and lecithin:cholesterol acyltransferase.
著者: Glukhova, A. / Hinkovska-Galcheva, V. / Kelly, R. / Abe, A. / Shayman, J.A. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年4月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / _pdbx_refine_tls.L[1][2] / _pdbx_refine_tls.L[1][3] / _pdbx_refine_tls.L[2][2] / _pdbx_refine_tls.L[2][3] / _pdbx_refine_tls.L[3][3] / _pdbx_refine_tls.S[1][1] / _pdbx_refine_tls.S[1][2] / _pdbx_refine_tls.S[1][3] / _pdbx_refine_tls.S[2][1] / _pdbx_refine_tls.S[2][2] / _pdbx_refine_tls.S[2][3] / _pdbx_refine_tls.S[3][1] / _pdbx_refine_tls.S[3][2] / _pdbx_refine_tls.S[3][3] / _pdbx_refine_tls.T[1][1] / _pdbx_refine_tls.T[1][2] / _pdbx_refine_tls.T[1][3] / _pdbx_refine_tls.T[2][2] / _pdbx_refine_tls.T[2][3] / _pdbx_refine_tls.T[3][3] / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _reflns.d_resolution_high / _reflns.pdbx_number_measured_all / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_rejects / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_num_residues
解説: Ligand identity
詳細: We have identified an error in ligand coordinates in the previous deposition.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Group XV phospholipase A2
B: Group XV phospholipase A2
C: Group XV phospholipase A2
D: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,92345
ポリマ－172,4844
非ポリマー7,43941
水9,242513
1
A: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,15313
ポリマ－43,1211
非ポリマー2,03212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,84510
ポリマ－43,1211
非ポリマー1,7249
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,08112
ポリマ－43,1211
非ポリマー1,96011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,84510
ポリマ－43,1211
非ポリマー1,7249
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.830, 90.172, 99.345
Angle α, β, γ (deg.)79.080, 88.880, 89.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 379 / Label seq-ID: 5 - 380

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 ABCD

#1: タンパク質
Group XV phospholipase A2 / 1-O-acylceramide synthase / ACS / LCAT-like lysophospholipase / LLPL / Lysophospholipase 3 / ...1-O-acylceramide synthase / ACS / LCAT-like lysophospholipase / LLPL / Lysophospholipase 3 / Lysosomal phospholipase A2 / LPLA2


分子量: 43121.027 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 34-412 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LPLA2 is covalently linked to IDFP via S165 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G15, LYPLA3, UNQ341/PRO540 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NCC3, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 538分子

#3: 化合物
ChemComp-TO4 / propan-2-yl (R)-dodec-11-en-1-ylphosphonofluoridate / 11-dodecenyl-phosphonofluoridic acid 1-methylethyl ester


分子量: 292.370 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30FO2P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 3.5% PEG 8000, 28% MPD, 300 mM (NH4)2HPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→30 Å / Num. obs: 95158 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.113 / Χ2: 1.043 / Net I/av σ(I): 10.422 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3420.51147820.6520.5110.7230.84997.4
2.34-2.3820.48647330.6710.4860.6870.8497.7
2.38-2.4320.42747130.7270.4270.6030.79697.6
2.43-2.4820.39246970.7330.3920.5550.86597.8
2.48-2.5320.36848020.7560.3680.520.85797.8
2.53-2.5920.30946770.8260.3090.4370.89397.9
2.59-2.6520.26947650.8460.2690.380.90498.1
2.65-2.7320.22447170.8770.2240.3170.93597.9
2.73-2.8120.19647150.9180.1960.2780.93798.3
2.81-2.920.17247870.9280.1720.2440.9698.2
2.9-320.15147630.9410.1510.2141.06898.4
3-3.1220.11947740.9650.1190.1691.07198.5
3.12-3.2620.09347720.9780.0930.1321.13698.5
3.26-3.4320.07447690.9860.0740.1051.16798.6
3.43-3.6520.06147510.9880.0610.0861.24498.7
3.65-3.9320.0548020.9920.050.0711.30798.7
3.93-4.3320.03947840.9940.0390.0551.26998.9
4.33-4.9520.03347730.9950.0330.0471.28698.9
4.95-6.2320.03448270.9950.0340.0481.24899.2
6.23-301.90.02847180.9960.0280.041.22497.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X90

4x90


解像度: 2.3→28.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 12.35 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.191
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 4840 5.1 %RANDOM
Rwork0.1833 ---
obs0.1849 90314 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.66 Å2 / Biso mean: 35.152 Å2 / Biso min: 14.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å20.21 Å20.58 Å2
2--0.49 Å22.05 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→28.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12076 0 498 513 13087
Biso mean--56.66 34.73 -
残基数----1504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01313111
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.68817934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2391.62127772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg22.2485.4571620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.54521.975653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.928151969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0781579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022855
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A130130.07
12B130130.07
21A132620.04
22C132620.04
31A130010.07
32D130010.07
41B128970.06
42C128970.06
51B131130.05
52D131130.05
61C129670.06
62D129670.06
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.337 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 310 -
Rwork0.273 5769 -
obs--83.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1564-0.10710.05750.2843-0.51141.27740.0521-0.00980.0382-0.0338-0.0130.00710.13080.0492-0.03910.0891-0.00370.01010.0036-0.00330.03150.8765-13.956521.7876
20.07710.06970.09390.81760.39060.70090.0145-0.01260.05950.0398-0.01860.00060.1387-0.01880.00410.06040.0275-0.0120.0324-0.02030.0583-2.1632-27.8433-25.0735
30.08470.1699-0.2620.8279-1.21521.83090.07260.014-0.04580.2248-0.04490.006-0.39590.051-0.02770.15490.01190.01770.0149-0.01610.06570.517715.6968-20.8473
40.0162-0.0104-0.09111.48940.50110.79580.01890.0161-0.0142-0.2352-0.0141-0.0714-0.2374-0.1109-0.00480.12380.01030.04590.0257-0.01630.0552-0.35129.587926.0703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 402
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 402
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 402
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 401

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る