PDB-4x8y: Crystal structure of human PGRMC1 cytochrome b5-like domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x8y

タイトル

Crystal structure of human PGRMC1 cytochrome b5-like domain

要素

Membrane-associated progesterone receptor component 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Receptor / Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

smooth endoplasmic reticulum membrane / neutrophil degranulation / heme biosynthetic process / plasma membrane => GO:0005886 / endomembrane system / specific granule membrane / steroid binding / amyloid-beta binding / cell body / mitochondrial outer membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Nakane, T. / Yamamoto, T. / Shimamura, T. / Kobayashi, T. / Kabe, Y. / Suematsu, M.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Haem-dependent dimerization of PGRMC1/Sigma-2 receptor facilitates cancer proliferation and chemoresistance
著者: Kabe, Y. / Nakane, T. / Koike, I. / Yamamoto, T. / Sugiura, Y. / Harada, E. / Sugase, K. / Shimamura, T. / Ohmura, M. / Muraoka, K. / Yamamoto, A. / Uchida, T. / Iwata, S. / Yamaguchi, Y. / ...

履歴

登録	2014年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x8y.cif.gz	109.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x8y.ent.gz	90.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x8y_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x8y_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4x8y_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4x8y_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/4x8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/4x8y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qrm-10 4c9f-1 4rcw-1 1hd2-1 5h6w-1 1u8t-5 2jb9-d 6kl2-1 4mmm-5 4fq0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Membrane-associated progesterone receptor component 1

B: Membrane-associated progesterone receptor component 1

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Membrane-associated progesterone receptor component 1

ヘテロ分子

A: Membrane-associated progesterone receptor component 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Membrane-associated progesterone receptor component 1

ヘテロ分子

B: Membrane-associated progesterone receptor component 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.230, 167.230, 63.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Membrane-associated progesterone receptor component 1 / mPR 分子量: 14891.333 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 72-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGRMC1, HPR6.6, PGRMC / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00264
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.26M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月30日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 33013 / Num. obs: 32298 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.19 % / B_iso Wilson estimate: 40.631 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 22.83
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 11.21 % / R_merge(I) obs: 1.114 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique all: 2384 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	AutoSol	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1426)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	AutoSol	位相決定
BSS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.716 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2123	2153	6.67 %	RANDOM
R_work	0.1834	-	-	-
obs	0.1853	32283	97.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.61 Å² / B_iso mean: 53.6645 Å² / B_iso min: 21.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1768	0	86	109	1963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1923
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.164	2621
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.193	693
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	340

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-1.9953	0.2638	143	0.2606	2006	2149	99
1.9953-2.0452	0.2653	142	0.2225	2005	2147	99
2.0452-2.1004	0.2259	143	0.1992	1992	2135	100
2.1004-2.1621	0.246	144	0.194	1999	2143	99
2.1621-2.2318	0.2353	141	0.1902	2011	2152	99
2.2318-2.3115	0.2565	144	0.1906	1993	2137	99
2.3115-2.4039	0.2092	143	0.1884	2010	2153	99
2.4039-2.5131	0.223	143	0.178	1997	2140	98
2.5131-2.6453	0.1984	143	0.1838	1998	2141	98
2.6453-2.8106	0.2391	144	0.2022	2016	2160	99
2.8106-3.0269	0.2395	142	0.2009	1996	2138	97
3.0269-3.3302	0.2632	146	0.1949	2013	2159	98
3.3302-3.809	0.2006	144	0.1761	2021	2165	97
3.809-4.7876	0.1786	143	0.1549	2009	2152	96
4.7876-19.7169	0.1819	148	0.1796	2064	2212	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8369	-0.4625	0.7313	3.2172	-1.248	6.4072	0.0249	-0.0854	0.0743	0.1368	0.0286	-0.0222	-0.1319	0.0474	-0.137	0.2187	-0.0356	0.0363	0.2552	-0.0129	0.1883	50.7297	-21.2829	71.1688
2	3.7682	-4.7366	0.4693	6.5135	-1.9197	3.4249	-0.3136	-0.5116	-0.9697	0.6453	0.1891	0.6643	0.6336	0.0113	0.0764	0.5346	0.0146	0.0286	0.4459	0.0935	0.4719	47.3106	-29.476	61.4954
3	2.9335	-0.2234	0.8384	4.6186	0.5354	6.2885	0.0369	0.2235	-0.0935	-0.1377	-0.1665	-0.4049	0.2235	0.8375	0.1141	0.2002	-0.0275	0.086	0.3496	0.0307	0.2564	58.4995	-21.5388	62.0698
4	2.3446	1.958	-0.4164	2.1125	-1.1977	5.0873	0.2692	0.262	1.4638	0.286	0.0746	0.857	-0.5806	-0.2999	-0.4611	0.6305	-0.0546	0.1288	0.5244	0.0386	0.9171	52.5385	-1.3931	58.5674
5	7.9831	0.01	-2.6816	6.4179	-2.4235	2.6133	0.3289	-0.428	1.1764	0.7282	-0.0643	0.1603	-0.4237	0.5264	-0.2511	0.5276	-0.2351	0.0956	0.4573	-0.0377	0.5846	66.0205	-0.5932	59.8754
6	2.6046	2.3456	-1.4528	5.1091	1.658	3.8595	0.3686	0.6048	1.6433	-0.4101	0.1233	0.5691	-0.7183	-0.6642	-0.429	0.5961	-0.2064	0.1723	0.4892	0.1579	0.9618	67.402	7.156	50.9242
7	3.2963	-3.8234	1.4685	4.462	-1.9158	1.9096	1.3747	-0.4644	1.9399	0.8159	-0.6401	-1.1184	-0.053	-1.5766	-0.7772	1.0607	-0.1053	0.104	0.8056	0.063	1.0801	63.0843	14.1401	52.5884
8	2.7338	-1.8617	0.545	3.9913	4.2851	8.1111	0.2742	-0.0045	0.755	-0.735	-0.2406	0.6938	-0.308	-1.1894	0.0029	1.2163	-0.0019	0.0862	1.5619	0.5525	1.2304	59.5952	8.9907	43.1077
9	5.4443	-4.9841	0.9327	5.8114	-1.2977	0.3005	-0.1969	0.9926	-0.0596	-0.5124	0.1477	0.3263	0.0745	-0.0973	0.2688	0.5412	-0.1973	0.014	0.5966	0.0848	0.5458	62.819	-3.58	47.5583
10	0.0171	-0.0584	-0.1264	0.3051	0.6323	1.3131	-0.1313	0.3531	0.2075	0.3261	0.3078	0.1438	0.2512	0.4126	0.055	0.3444	-0.1664	0.1006	0.5525	0.0256	0.6743	76.9777	-0.2493	51.0709
11	5.06	-3.0704	7.0454	9.152	-4.6637	9.9562	-0.0306	0.1448	0.2819	0.155	-0.1177	-0.0451	-0.5867	-0.073	0.0941	0.3036	0.0438	0.044	0.3288	0.0074	0.3015	43.8528	-12.3905	60.1043

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 68:126)	A	68 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 127:141)	A	127 - 141
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 142:179)	A	142 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 65:80)	B	65 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 81:113)	B	81 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 114:132)	B	114 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 133:137)	B	133 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 138:146)	B	138 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 147:173)	B	147 - 173
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 500:500)	B	500
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 500:500)	A	500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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