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万見
- PDB-4x82: Crystal Structure of the Extracellular Domain of ZIP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x82
タイトルCrystal Structure of the Extracellular Domain of ZIP4
要素Zinc transporter ZIP4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / zinc transporter / extracellular domain
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion sensor activity / monoatomic cation:bicarbonate symporter activity / zinc ion import across plasma membrane / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / intracellular zinc ion homeostasis / recycling endosome membrane / apical plasma membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Zinc transporter ZIP4, N-terminal / : / Zinc transporter ZIP4 domain / Zip protein EF-hand / : / Zinc/iron permease / ZIP Zinc transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc transporter ZIP4
類似検索 - 構成要素
生物種Pteropus alecto (クロオオコウモリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Zhang, T. / Sui, D.X. / Hu, J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural insights of ZIP4 extracellular domain critical for optimal zinc transport.
著者: Zhang, T. / Sui, D. / Hu, J.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Zinc transporter ZIP4
A: Zinc transporter ZIP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1312
ポリマ－60,1312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.182, 68.731, 93.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.790, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 42 - 305 / Label seq-ID: 7 - 270

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BA
2AB

-
要素

#1: タンパク質 Zinc transporter ZIP4


分子量: 30065.699 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 36-322 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pteropus alecto (クロオオコウモリ)
遺伝子: PAL_GLEAN10010497 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) / 参照: UniProt: L5KLU7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 3350, 50 mM NH4Cl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→40 Å / Num. obs: 11028 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 21.7 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 0.986 / Net I/av σ(I): 20.885 / Net I/σ(I): 5.4 / Num. measured all: 239259
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.76-2.9180.92710430.9170.2140.9520.84294.9
2.9-3.02200.87910730.9390.1970.9020.8899.8
3.02-3.1521.50.73711460.9680.1610.7540.958100
3.15-3.3222.70.55510530.9750.1190.5681.017100
3.32-3.5322.90.3711290.9910.0790.3780.979100
3.53-3.822.90.25211010.9940.0540.2571.028100
3.8-4.1822.80.17911020.9960.0380.1831.037100
4.18-4.7922.60.12411170.9980.0270.1271.05999.9
4.79-6.0322.40.11611140.9980.0250.1191.041100
6.03-40210.06711500.9990.0150.0690.96799.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.76→38.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 17.742 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2639 1104 10 %RANDOM
Rwork0.2058 ---
obs0.2117 9913 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.63 Å2 / Biso mean: 58.555 Å2 / Biso min: 33.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.49 Å2-0 Å20.55 Å2
2---3.61 Å2-0 Å2
3----3.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→38.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3078 0 0 0 3078
残基数----444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.9824302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0836704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4575434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.06922.65398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.25815403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4171521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02678
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8266.0271766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8266.0261765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0779.0172190
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9067 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2A
LS精密化 シェル解像度: 2.764→2.835 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 67 -
Rwork0.343 590 -
all-657 -
obs--78.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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