PDB-4x7e: Crystal structure of norovirus GII.10 P domain in complex with Nano-85

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x7e

タイトル

Crystal structure of norovirus GII.10 P domain in complex with Nano-85

要素

Capsid protein
Nano-85 Nanobody

キーワード

VIRAL PROTEIN / Nanobody / VHH domain / Norovirus / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus (ウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Hansman, G.H. / Koromyslova, A.D.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Nanobody binding to a conserved epitope promotes norovirus particle disassembly.
著者: Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.2	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.3	2018年11月21日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.4	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x7e.cif.gz	337.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x7e.ent.gz	275 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x7e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4x7e_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x7e_full_validation.pdf.gz	460 KB	表示
XML形式データ	4x7e_validation.xml.gz	32.1 KB	表示
CIF形式データ	4x7e_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4x7cC 4x7dC 4x7fSC 3onuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o05-d 4x7c-d 7433 6i3y-d 1t2k-d 6zt5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

C: Nano-85 Nanobody

B: Capsid protein

D: Nano-85 Nanobody

ヘテロ分子

96.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.940, 133.100, 67.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.540, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid
2	1	chain C and segid D000
1	2	chain B and segid
2	2	chain D and segid D000

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain A and segid	A
2	1	1	chain C and segid D000	C
1	1	2	chain B and segid	B
2	1	2	chain D and segid D000	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 224-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 株: Vietnam 026 / プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 抗体	Nano-85 Nanobody 分子量: 13497.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pHEN6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: calcium acetate, PEG8000, sodium cacodylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.973 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月8日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.973 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.11→47.97 Å / Num. obs: 46632 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.24 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.984 / Net I/σ(I): 11.63 / Num. measured all: 134998

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.11-2.17		0.795	0.471	2.24	9401	3620	3286	0.575	90.8
2.17-2.22		0.8	0.471	2.28	9958	3442	3403	0.576	98.9
2.22-2.29		0.878	0.416	2.97	8695	3397	3102	0.513	91.3
2.29-2.36		0.904	0.313	3.42	9330	3340	3253	0.384	97.4
2.36-2.44		0.907	0.272	3.87	8878	3199	3137	0.333	98.1
2.44-2.52		0.919	0.235	4.3	7995	3113	3019	0.292	97
2.52-2.62		0.94	0.206	5.31	8667	3003	2938	0.251	97.8
2.62-2.72		0.962	0.169	6.7	8266	2891	2793	0.206	96.6
2.72-2.85		0.969	0.14	7.96	8011	2739	2667	0.171	97.4
2.85-2.98		0.98	0.102	10.37	7624	2634	2570	0.124	97.6
2.98-3.15		0.99	0.079	13.05	7051	2511	2425	0.097	96.6
3.15-3.34		0.994	0.06	15.82	6321	2410	2312	0.074	95.9
3.34-3.57		0.995	0.052	19.98	6591	2263	2170	0.063	95.9
3.57-3.85		0.997	0.042	23.94	5850	2065	1950	0.051	94.4
3.85-4.22		0.997	0.035	27.97	5364	1933	1813	0.043	93.8
4.22-4.72		0.998	0.028	30.97	4575	1747	1649	0.034	94.4
4.72-5.45		0.998	0.029	31.83	4259	1520	1433	0.035	94.3
5.45-6.67		0.998	0.028	31.61	3885	1335	1243	0.034	93.1
6.67-9.44		0.998	0.025	34.35	2662	1013	942	0.031	93
	9.44	0.999	0.022	41.92	1615	577	527	0.026	91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3ONU was used for GII.10 P domain (molecule 1) and recently deposited PDB entry 4X7F for Nano-85 (molecule 2)

3onu

4x7f

解像度: 2.11→47.97 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	2327	5 %
R_work	0.1886	44237	-
obs	0.1901	46564	95.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.82 Å² / B_iso mean: 35.8568 Å² / B_iso min: 18.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.11→47.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6413	0	36	290	6739
B_iso mean	-	-	43.46	35.27	-
残基数	-	-	-	-	847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6664
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.701	9088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1005
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.65	2379

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2772	X-RAY DIFFRACTION	3.233	TORSIONAL
1	2	C	2772	X-RAY DIFFRACTION	3.233	TORSIONAL
2	1	B	1026	X-RAY DIFFRACTION	3.233	TORSIONAL
2	2	D	1026	X-RAY DIFFRACTION	3.233	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1102-2.1533	0.3098	125	0.2652	2382	2507	89
2.1533-2.2001	0.2952	140	0.2688	2672	2812	99
2.2001-2.2513	0.3011	133	0.3114	2567	2700	93
2.2513-2.3076	0.3219	132	0.2804	2503	2635	94
2.3076-2.37	0.2673	141	0.2283	2668	2809	98
2.37-2.4397	0.2732	139	0.2335	2643	2782	98
2.4397-2.5185	0.2515	138	0.2298	2629	2767	97
2.5185-2.6085	0.2657	142	0.218	2685	2827	98
2.6085-2.7129	0.2637	139	0.2203	2636	2775	97
2.7129-2.8364	0.244	138	0.2086	2615	2753	98
2.8364-2.9859	0.2374	139	0.1983	2646	2785	98
2.9859-3.1729	0.2471	138	0.1922	2621	2759	97
3.1729-3.4178	0.2102	138	0.1807	2632	2770	97
3.4178-3.7617	0.1868	137	0.1631	2601	2738	95
3.7617-4.3057	0.171	136	0.1465	2576	2712	95
4.3057-5.4235	0.1497	135	0.1347	2567	2702	94
5.4235-47.9848	0.1896	137	0.164	2594	2731	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2869	-0.3066	-0.4879	0.4212	0.7834	1.4596	-0.1089	-0.0195	-0.1032	0.0191	-0.0015	0.0771	0.1741	-0.0775	-0.0007	0.2216	-0.0065	0.0434	0.2199	0.0121	0.2727	57.8074	24.7949	29.7469
2	0.6972	-0.1893	-0.1745	0.921	0.1176	0.4689	-0.0936	-0.0914	0.0077	0.0391	-0.0495	0.2124	0.0713	-0.2197	-0	0.2081	0.0259	0.0397	0.2844	0.0044	0.2242	52.4144	28.5115	41.702
3	0.9994	-0.1644	0.0366	0.7735	0.2199	0.7379	-0.0778	-0.1576	-0.1519	0.1671	0.0476	0.0751	0.2192	-0.0971	-0	0.2625	0.0109	0.0657	0.259	0.0369	0.2534	59.5029	19.0604	37.4263
4	0.9276	-0.7782	-0.1185	0.7524	0.1323	0.6286	-0.0515	-0.1345	-0.1206	0.0046	0.0198	0.1331	-0.1395	0.0448	-0	0.2417	-0.0418	0.0342	0.2131	-0.0202	0.2525	66.4777	22.2701	15.5294
5	0.0743	-0.0266	-0.1764	0.4311	-0.0526	0.9388	-0.0546	0.36	-0.1421	-0.1018	0.0105	-0.0937	0.1045	0.1394	0	0.2487	0.0228	0.0085	0.2258	-0.0152	0.3353	72.4802	13.2027	17.8441
6	0.1292	-0.0432	-0.2773	0.1499	0.2076	0.6486	-0.0171	-0.0402	-0.1571	0.0249	0.0983	0.0466	0.0778	0.0598	-0	0.2545	0.0112	-0.003	0.2321	-0.0253	0.257	70.0084	12.9867	8.8576
7	1.1866	0.3594	0.1733	0.1166	0.0696	0.0312	0.3064	0.1779	-0.3159	-0.6208	0.0321	-0.0579	-0.1023	-0.3922	0.0191	0.5624	0.1303	-0.0287	0.5886	0.0173	0.2628	69.4024	2.2632	-13.0094
8	0.0058	-0.0048	-0.0289	0.0033	0.0112	0.0549	0.2291	0.0696	-0.0188	-0.2773	0.1479	0.0618	0.1783	0.4112	0.0001	0.5291	0.0215	-0.0163	0.393	-0.0994	0.5015	76.1057	-19.2509	-7.6349
9	2.4382	0.9197	-0.2615	0.3631	-0.082	0.0761	0.0125	-0.0326	-0.2622	-0.1489	-0.0389	-0.3682	-0.2088	0.0587	-0.0733	0.4586	0.0335	-0.0096	0.3892	-0.0543	0.1625	75.2645	-2.167	-9.2971
10	0.0953	-0.0477	-0.0612	0.0698	0.1187	0.1624	0.2416	-0.0261	-0.095	-0.3195	-0.258	0.6082	-0.0712	-0.1739	-0.0036	0.3278	0.0624	0.0049	0.2479	0.0005	0.4335	69.1312	2.3579	-3.5616
11	0.0583	-0.0778	0.0162	0.0782	-0.029	0.1576	0.1422	-0.0372	-0.354	0.4482	-0.0003	0.3131	0.2553	-0.1891	-0.0003	0.2609	-0.0472	-0.0206	0.2812	-0.0238	0.3862	64.3447	-7.6771	0.1193
12	0.209	-0.0285	0.134	0.253	0.1454	0.081	-0.0802	0.0417	-0.0794	-0.032	0.0834	-0.2394	0.081	0.1299	0	0.2977	0.0285	0.0278	0.3072	0.041	0.316	74.5737	-5.0853	4.3309
13	2.1634	-0.196	0.4215	0.3817	-0.0382	0.0914	0.3445	0.127	-0.2811	0.179	-0.248	0.037	-0.277	0.5263	0.1218	0.4077	-0.0065	0.0687	0.3626	-0.0039	0.1519	78.3423	-0.89	-5.3817
14	0.4925	-0.3982	0.0757	0.4169	-0.0047	0.0231	0.3287	-0.4801	-0.83	0.8652	0.2263	0.6674	0.2005	-0.5295	-0.003	0.4448	-0.0302	-0.059	0.4222	0.047	0.483	71.9309	-18.7348	-0.6773
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31	0.2197	-0.0278	-0.1389	0.0358	0.0257	0.0779	0.0642	0.1804	0.273	-0.6076	-0.0886	-0.5866	0.4196	0.1715	0.0002	0.4228	0.021	0.0554	0.3525	0.021	0.3584	63.398	66.4006	-4.7354
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33	0.0237	0.0265	0.0316	0.0551	0.0646	0.1022	0.0586	-0.3166	0.591	0.4375	0.0802	-0.4154	-0.45	0.4494	0.0138	0.4308	0.0253	0.1326	0.4351	-0.0021	0.4482	66.3113	64.9416	-8.5705
34	0.019	-0.0062	-0.0332	0.0538	-0.025	0.0526	0.0925	-0.0359	-0.0254	0.3839	0.0313	-0.1519	-0.1739	0.0363	0.0002	0.3797	0.026	0.0819	0.365	0.1807	0.5704	59.9708	84.9413	-8.8728

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 224 through 317 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 318 through 380 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 381 through 455 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 456 through 491 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 492 through 520 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 521 through 538 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 7 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 8 through 17 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 26 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 27 through 39 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 40 through 52 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 53 through 72 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 73 through 82 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 83 through 90 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 91 through 100 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 101 through 113 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 114 through 121 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 224 through 294 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 300 through 406 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 407 through 455 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 456 through 491 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 492 through 520 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 521 through 538 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1 through 7 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 8 through 17 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 18 through 26 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 27 through 39 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 40 through 52 )	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 53 through 72 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 73 through 90 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 91 through 100 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 101 through 106 )	D
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 107 through 113 )	D
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 114 through 120 )	D

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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