PDB-4x6x: Human soluble epoxide hydrolase in complex with a three substitut...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x6x

タイトル

Human soluble epoxide hydrolase in complex with a three substituted cyclopropane derivative

要素

Bifunctional epoxide hydrolase 2

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / hydrolase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chiyo, N. / Takai, K. / Ishii, T.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Three-dimensional rational approach to the discovery of potent substituted cyclopropyl urea soluble epoxide hydrolase inhibitors.
著者: Takai, K. / Chiyo, N. / Nakajima, T. / Nariai, T. / Ishikawa, C. / Nakatani, S. / Ikeno, A. / Yamamoto, S. / Sone, T.

履歴

登録	2014年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x6x.cif.gz	268.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x6x.ent.gz	216 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x6x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x6yC 3ansS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c4z-d 6hgw-1 6hgv-1 4x6y-d 3qjj-d 6i5e-d 6yl4-1 3ant-d 6xn2-d 6hgx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (6) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

B: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

78.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.406, 80.544, 88.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.700, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Bifunctional epoxide hydrolase 2 分子量: 38646.422 Da / 分子数: 2 / 断片: hydrolase domain, UNP residues 230-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-S74 / 3-{4-[(1-{[(1s,2R,3S)-2,3-diphenylcyclopropyl]carbamoyl}piperidin-4-yl)oxy]phenyl}propanoic acid 分子量: 484.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₂N₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 20%(w/v) PEG8000, 200mM sodium iodide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 64285 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 1.179 / Net I/av σ(I): 22.108 / Net I/σ(I): 12.7 / Num. measured all: 214865

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	2.4	0.242	2853	0.842	0.169	0.297	0.593	85.1
1.83-1.86	2.4	0.235	2954	0.868	0.162	0.288	0.63	86.6
1.86-1.9	2.5	0.212	2950	0.892	0.143	0.258	0.641	86.9
1.9-1.94	2.5	0.193	2975	0.918	0.129	0.234	0.696	88.1
1.94-1.98	2.8	0.174	3089	0.948	0.113	0.209	0.717	90.5
1.98-2.03	2.9	0.149	3146	0.964	0.094	0.178	0.764	92.6
2.03-2.08	3	0.135	3183	0.973	0.084	0.16	0.857	93.2
2.08-2.13	3.1	0.124	3208	0.979	0.076	0.147	0.839	95
2.13-2.2	3.2	0.117	3205	0.981	0.071	0.137	0.89	94.3
2.2-2.27	3.3	0.101	3230	0.988	0.06	0.118	0.961	95.4
2.27-2.35	3.4	0.087	3232	0.992	0.051	0.101	0.95	95.4
2.35-2.44	3.5	0.081	3320	0.992	0.047	0.094	0.985	96.6
2.44-2.55	3.6	0.076	3266	0.993	0.043	0.088	1.087	96.5
2.55-2.69	3.7	0.068	3315	0.995	0.038	0.078	1.205	97.1
2.69-2.86	3.7	0.065	3375	0.994	0.036	0.075	1.528	98.3
2.86-3.08	3.9	0.058	3356	0.996	0.032	0.067	1.718	98.5
3.08-3.39	4	0.051	3371	0.997	0.028	0.058	1.878	99.1
3.39-3.88	4.2	0.036	3415	0.998	0.019	0.041	1.551	99.6
3.88-4.88	4.2	0.029	3431	0.999	0.015	0.033	1.376	99.2
4.88-50	4.1	0.03	3411	0.999	0.016	0.035	1.596	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ANS

3ans

解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.2176 / WR_factor R_work: 0.1904 / FOM work R set: 0.827 / SU B: 7.101 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.1369 / SU R_free: 0.1226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2217	3261	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1992	61023	-	-
obs	0.2004	61023	94.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.43 Å² / B_iso mean: 34.237 Å² / B_iso min: 18.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	-0 Å²	0.04 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5092	0	72	191	5355
B_iso mean	-	-	37.98	34.02	-
残基数	-	-	-	-	632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.173	1.964	7224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.771	3	11380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.904	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.905	23.934	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.109	15	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.978	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	6034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.677	1.853	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.676	1.852	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.197	2.775	3154

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	209	-
R_work	0.296	4005	-
all	-	4214	-
obs	-	-	83.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9628	-0.2917	-0.2706	1.4485	0.3142	1.2982	-0.0207	-0.0182	-0.0842	0.0632	-0.0411	0.0012	0.0288	-0.1085	0.0618	0.1101	-0.0021	-0.0022	0.095	-0.0055	0.0998	6.6945	-6.3426	24.6601
2	1.8451	1.2003	-0.1659	3.3931	-0.8926	1.6825	0.1065	-0.1097	0.2814	0.3403	-0.071	0.5369	-0.3557	-0.3685	-0.0355	0.1575	0.1279	0.0448	0.2018	-0.065	0.171	-10.1375	9.2795	28.6301
3	1.1732	0.0145	-0.2022	1.4944	0.3304	1.1432	0.0035	-0.1025	0.0661	0.1487	-0.0435	0.0052	-0.0917	-0.076	0.04	0.1306	0.0229	-0.0039	0.0901	-0.0138	0.0619	4.2711	4.0072	30.8163
4	1.1826	-0.0977	-0.3619	1.6443	0.2826	1.2959	0.0389	0.1194	0.0049	-0.0575	-0.046	-0.1144	-0.0377	0.0178	0.0071	0.1005	0.0175	0.0142	0.0955	-0.0019	0.1198	22.5244	-16.3095	3.6125
5	2.1423	0.9551	-0.3963	3.7322	-1.4583	2.6579	-0.0936	0.4888	-0.3972	-0.7151	0.0128	-0.2832	0.3913	0.0405	0.0808	0.2656	0.026	0.0386	0.2077	-0.1577	0.1422	20.9705	-30.9418	-14.4436
6	1.3939	-0.0237	-0.0841	2.0057	0.1759	1.5561	0.032	0.1324	-0.1931	-0.1397	-0.0576	-0.2325	0.231	0.0757	0.0256	0.0808	0.0326	0.0485	0.0624	-0.0377	0.1258	27.0316	-26.9419	-0.707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	230 - 368
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	369 - 429
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	430 - 545
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	230 - 368
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	369 - 429
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	430 - 545

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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