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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x5i | ||||||
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タイトル | ecDHFR complexed with folate and NADP+ at 660 MPa | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yamada, H. / Watanabe, N. / Nagae, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-pressure protein crystal structure analysis of Escherichia coli dihydrofolate reductase complexed with folate and NADP. 著者: Nagae, T. / Yamada, H. / Watanabe, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18301.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 化合物 | ChemComp-BME / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, imidazole, calcium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.71 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 14675 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.3 % / Net I/σ(I): 16.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→44.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.571 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.566 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→44.97 Å
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拘束条件 |
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