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- PDB-4x51: X-ray structure of mouse interleukin-10 mutant - S1_E8del, C149Y -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x51
タイトルX-ray structure of mouse interleukin-10 mutant - S1_E8del, C149Y
要素Interleukin-10
キーワードIMMUNE SYSTEM / cytokine / interleukin-10 family / helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-10 signaling / negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / positive regulation of B cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to inactivity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of plasma cell differentiation ...Interleukin-10 signaling / negative regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / interleukin-10 receptor binding / regulation of response to wounding / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / positive regulation of B cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / response to inactivity / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of plasma cell differentiation / response to carbon monoxide / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / interleukin-10-mediated signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of interleukin-12 production / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of immunoglobulin production / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of B cell proliferation / regulation of synapse organization / defense response to protozoan / positive regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to glucocorticoid / positive regulation of cell cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of autophagy / liver regeneration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / response to activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to insulin / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / cellular response to lipopolysaccharide / protein dimerization activity / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Interleukin-10 / Interleukin-10 family / Interleukin 10 / Interleukin-10/19/20/22/24/26 family / Interleukin-10, conserved site / Interleukin-10 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kuenze, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-ray structure of mouse interleukin-10 mutant - S1_E8del, C149Y
著者: Kuenze, G.
履歴
登録2014年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-10
B: Interleukin-10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4442
ポリマ－38,4442
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9010 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.770, 80.820, 84.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-10 / IL-10 / Cytokine synthesis inhibitory factor / CSIF


分子量: 19222.205 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-178 / 変異: S1_E8del, C149Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il10, Il-10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P18893
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals grew at 20-30% (v/v) glycerolethoxylate, 0.2M ammonium acetate, 0.1M MES (pH 6.3 - 6.8). Crystals appeared after 1-2 days and reached their final size after 3-4 days.
PH範囲: 6.3 - 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→42.15 Å / Num. obs: 17734 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LK3

1lk3


解像度: 2.05→42.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 5.236 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24632 902 5.1 %RANDOM
Rwork0.18816 ---
obs0.1911 16785 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.334 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.34 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→42.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2329 0 0 57 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.973192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86435407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.365287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.8724.915118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.98115491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1851512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0993.4241136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1013.421135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3025.1031418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3015.1071419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2174.0411249
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2154.0441250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6555.8351772
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.32927.3412856
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.30427.3182849
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 76 -
Rwork0.24 1210 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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