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- PDB-4ehj: An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase from Fra... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ehj | ||||||
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Title | An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 | ||||||
![]() | Phosphoglycerate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / glycolytic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 Authors: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 305.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 263.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 439.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 444.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 42266.883 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: SCHU S4/Schu 4 / Gene: FTT_1367c, pgk / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: PEG3350 25%, MgCl2 0.2M, Tris 0.1M pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2009 / Details: Be Lenses |
Radiation | Monochromator: Single Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. all: 22986 / Num. obs: 22986 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 57.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 51.96 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 6.16 / Num. unique all: 1129 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso mean: 59.18 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.352 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.71→29.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.71→2.83 Å / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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