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Yorodumi- PDB-4ehj: An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase from Fra... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ehj | ||||||
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Title | An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 | ||||||
Components | Phosphoglycerate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / phosphorylation / glycolytic process / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.71 Å | ||||||
Authors | Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 Authors: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ehj.cif.gz | 305.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ehj.ent.gz | 263.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ehj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ehj_validation.pdf.gz | 439.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ehj_full_validation.pdf.gz | 444.9 KB | Display | |
Data in XML | 4ehj_validation.xml.gz | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4ehj_validation.cif.gz | 43.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/4ehj | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42266.883 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) Strain: SCHU S4/Schu 4 / Gene: FTT_1367c, pgk / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / References: UniProt: Q5NF76, phosphoglycerate kinase #2: Chemical | ChemComp-SO4 / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 49.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: PEG3350 25%, MgCl2 0.2M, Tris 0.1M pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.9787 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 12, 2009 / Details: Be Lenses |
Radiation | Monochromator: Single Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→30 Å / Num. all: 22986 / Num. obs: 22986 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 57.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 51.96 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 6.16 / Num. unique all: 1129 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.71→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9462 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9213 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 59.18 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.352 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.71→29.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.71→2.83 Å / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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