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Yorodumi- PDB-4fey: An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase with Bou... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fey | ||||||
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Title | An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase with Bound ADP from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 | ||||||
Components | Phosphoglycerate kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: An X-ray Structure of a Putative Phosphogylcerate Kinase with Bound ADP from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 Authors: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fey.cif.gz | 169.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fey.ent.gz | 135.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fey.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fey_validation.pdf.gz | 742.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4fey_full_validation.pdf.gz | 747.6 KB | Display | |
Data in XML | 4fey_validation.xml.gz | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4fey_validation.cif.gz | 24.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4fey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fe/4fey | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4ehjS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42257.770 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) Strain: SCHU S4 / Schu 4 / Gene: FTT_1367c, pgk / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 DE3 gold magic / References: UniProt: Q5NF76, phosphoglycerate kinase |
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#2: Chemical | ChemComp-ADP / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 25% PEG3350, 50mM ADA pH7,ADP 1mM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 15, 2011 / Details: Be Lenses |
Radiation | Monochromator: Single Diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 19816 / Num. obs: 19816 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 68.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 32.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 2.66 / Num. unique all: 984 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 4EHJ Resolution: 2.3→27.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9618 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9407 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 82.79 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.496 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→27.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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