[日本語] English
万見
- PDB-4x3s: Crystal structure of chromobox homology 7 (CBX7) with SETDB1-1170... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3s
タイトルCrystal structure of chromobox homology 7 (CBX7) with SETDB1-1170me3 Peptide
要素
  • Chromobox protein homolog 7
  • SETDB1-1170me3 Peptide
キーワードTRANSCRIPTION / CBX7 / chromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / sebaceous gland development / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / PRC1 complex / transposable element silencing by heterochromatin formation / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K9me2/3 reader activity ...[histone H3]-N6,N6-dimethyl-lysine9 N-methyltransferase / sebaceous gland development / histone H3K9 trimethyltransferase activity / histone H3K9 monomethyltransferase activity / PRC1 complex / transposable element silencing by heterochromatin formation / heterochromatin organization / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K9me2/3 reader activity / PcG protein complex / histone H3 methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / heterochromatin / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / promoter-specific chromatin binding / PKMTs methylate histone lysines / chromatin organization / chromosome / methylation / single-stranded RNA binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromobox protein homolog 7 / Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / Domain of unknown function DUF5604 / Domain of unknown function (DUF5604) / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / CBX family C-terminal motif / Histone methyltransferase, Tudor domain 1 / Histone methyltransferase, Tudor domain 2 / CBX family C-terminal motif / Histone methyltransferase Tudor domain ...Chromobox protein homolog 7 / Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / Domain of unknown function DUF5604 / Domain of unknown function (DUF5604) / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / CBX family C-terminal motif / Histone methyltransferase, Tudor domain 1 / Histone methyltransferase, Tudor domain 2 / CBX family C-terminal motif / Histone methyltransferase Tudor domain / Histone methyltransferase Tudor domain 1 / : / : / Chromo domain subgroup / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Tudor domain / Tudor domain / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / Chromo-like domain superfamily / DNA-binding domain superfamily / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1 / Chromobox protein homolog 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ren, C. / Plotnikov, A.N. / Zhou, M.M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Small-Molecule Modulators of Methyl-Lysine Binding for the CBX7 Chromodomain.
著者: Ren, C. / Morohashi, K. / Plotnikov, A.N. / Jakoncic, J. / Smith, S.G. / Li, J. / Zeng, L. / Rodriguez, Y. / Stojanoff, V. / Walsh, M. / Zhou, M.M.
履歴
登録2014年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 7
B: Chromobox protein homolog 7
C: SETDB1-1170me3 Peptide
D: SETDB1-1170me3 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,57910
ポリマ－17,6984
非ポリマー8806
水3,405189
1
A: Chromobox protein homolog 7
D: SETDB1-1170me3 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2895
ポリマ－8,8492
非ポリマー4403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area5540 Å2
手法PISA
2
B: Chromobox protein homolog 7
C: SETDB1-1170me3 Peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2895
ポリマ－8,8492
非ポリマー4403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.027, 46.040, 80.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Chromobox protein homolog 7


分子量: 7730.877 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-66 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cbx7, D15Ertd417e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8VDS3
#2: タンパク質・ペプチド SETDB1-1170me3 Peptide


分子量: 1118.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15047*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% Jeffamine M-600, 0.1 M Na Citrate pH 5.6, 0.01 M FeCl3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.4 Å / Num. obs: 23204 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 42.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I91

3i91


解像度: 1.6→23.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.606 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22154 1195 5.1 %RANDOM
Rwork0.1621 ---
obs0.16506 22009 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.087 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→23.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1185 0 54 189 1428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7372.0081725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81832839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7195139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.64521.61362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1215232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6451516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.44832512
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.363548
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.15752629
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 91 -
Rwork0.256 1567 -
obs--99.1 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る