PDB-4x3q: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransfe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x3q

タイトル

Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase SibL in complex with SAH

要素

SibL

キーワード

LIGASE / Sibiromycin biosynthesis / SAM-dependent methyltransferase / C-methylation.

機能・相同性

機能・相同性情報

O-methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptosporangium sibiricum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.586 Å

データ登録者

liu, J.S. / Chen, S.C. / Yang, C.S. / Huang, C.H. / Chen, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase SibL in complex with SAH
著者: liu, J.S. / Chen, S.C. / Yang, C.S. / Huang, C.H. / Chen, Y.

履歴

登録	2014年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x3q.cif.gz	271.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x3q.ent.gz	219.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x3q_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x3q_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4x3q_validation.xml.gz	54.9 KB	表示
CIF形式データ	4x3q_validation.cif.gz	72.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/4x3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/4x3q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tw3-d 6i5z-2 1mb4-d 4pgh-2 3lst-2 3lst-1 2ome-4 3pzr-1 6nej-d 5f8e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SibL

B: SibL

C: SibL

D: SibL

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SibL

B: SibL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: SibL

D: SibL

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.787, 112.113, 143.708
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SibL 分子量: 39017.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptosporangium sibiricum (バクテリア) 遺伝子: sibL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0LTM6
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 0.1 M HEPES (pH 7.7), 2.0 M (NH4)2SO4, and 2% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.586→30 Å / Num. obs: 46368 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 14.8 % / Net I/σ(I): 36.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.586→28.15 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.07 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2482	3788	4.29 %	Random selection
R_work	0.1836	-	-	-
obs	0.1863	46331	98.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.586→28.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10556	0	104	123	10783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.385	14944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.493	3872
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1660
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1964

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5862-2.6189	0.2883	128	0.2505	2763	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6189-2.6533	0.2688	144	0.2248	3089	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6533-2.6896	0.2608	144	0.2168	3153	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6896-2.728	0.3059	143	0.2212	3134	X-RAY DIFFRACTION	99
2.728-2.7687	0.3042	143	0.2169	3099	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7687-2.8119	0.3034	139	0.2308	3122	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8119-2.858	0.3203	142	0.2162	3159	X-RAY DIFFRACTION	99
2.858-2.9072	0.3261	143	0.2186	3160	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9072-2.96	0.2631	141	0.2208	3166	X-RAY DIFFRACTION	99
2.96-3.0169	0.3317	138	0.2267	3115	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0169-3.0784	0.3113	142	0.2172	3122	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0784-3.1453	0.2591	141	0.212	3176	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1453-3.2183	0.2849	138	0.2116	3124	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2183-3.2987	0.2733	138	0.2036	3183	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2987-3.3877	0.2358	143	0.2006	3142	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3877-3.4872	0.2567	139	0.1912	3135	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4872-3.5996	0.2537	139	0.18	3133	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5996-3.728	0.2107	142	0.1689	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
3.728-3.8769	0.2075	142	0.1737	3157	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8769-4.0528	0.2024	140	0.1676	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0528-4.2658	0.2427	141	0.1648	3160	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2658-4.532	0.216	139	0.1596	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
4.532-4.8803	0.2073	146	0.1603	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8803-5.3684	0.2558	144	0.1669	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3684-6.1381	0.2519	137	0.1975	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1381-7.707	0.2621	133	0.185	3105	X-RAY DIFFRACTION	98
7.707-28.1516	0.2267	139	0.143	3154	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)