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万見
- PDB-4x3m: Crystal Structure of TTHA0275 from Thermus thermophilus (HB8) in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3m
タイトルCrystal Structure of TTHA0275 from Thermus thermophilus (HB8) in complex with Adenosine in space group P212121
要素RNA 2'-O ribose methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TTHA0275 Methyltransferase AdoMet Adenosine
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA methyltransferase activity / RNA processing / methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot ...RNA 2-O ribose methyltransferase, substrate binding / : / MRM3-like substrate binding domain / RNA 2'-O ribose methyltransferase substrate binding / : / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / Ribosomal protein L30/S12 / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / : / PHOSPHATE ION / RNA 2'-O ribose methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Demirci, H. / Belardinelli, R. / Jogl, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM019756 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094157 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of TTHA0275 from Thermus thermophilus (HB8)
著者: Demirci, H. / Belardinelli, R. / Jogl, G.
履歴
登録2014年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Source and taxonomy
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 2'-O ribose methyltransferase
B: RNA 2'-O ribose methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7416
ポリマ－56,0732
非ポリマー6694
水10,485582
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.624, 55.290, 159.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 RNA 2'-O ribose methyltransferase


分子量: 28036.334 Da / 分子数: 2 / 断片: TTHA0275 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0275 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SLL8
#2: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris-HCl, and 3.5 M Ammonium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 39741 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 3.98 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.94
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.851→27.858 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 2091 5 %
Rwork0.1722 39737 -
obs0.1744 39741 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.52 Å2 / Biso mean: 30.4121 Å2 / Biso min: 10.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.851→27.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3950 0 44 582 4576
Biso mean--30.14 39.86 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8115498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004728
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7371540
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8514-1.89450.34851300.29882466259694
1.8945-1.94190.27771350.25962574270998
1.9419-1.99440.26041380.216326142752100
1.9944-2.0530.25441370.197326142751100
2.053-2.11930.24891390.189426372776100
2.1193-2.1950.25831400.18326442784100
2.195-2.28280.20221390.181726442783100
2.2828-2.38670.26521370.175726162753100
2.3867-2.51240.23541410.177926762817100
2.5124-2.66970.22441380.181326222760100
2.6697-2.87570.23361420.184126982840100
2.8757-3.16470.23121390.17972645278499
3.1647-3.62180.20821430.158426952838100
3.6218-4.55980.17371430.134627462889100
4.5598-27.8610.16851500.150628462996100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02560.01840.00730.01060.03970.01710.0238-0.0055-0.0310.0338-0.031-0.1039-0.0287-0.015300.1754-0.0182-0.03690.10210.00480.171217.80513.1678.6982
20.0125-0.00570.09830.1040.09110.10230.09830.03670.02860.0869-0.16320.16920.00110.074900.19080.0022-0.00270.1323-0.01110.13257.50989.45596.1579
3-0.0105-0.00260.07460.03420.05760.0590.10730.02820.02440.0722-0.054-0.02740.0274-0.0602-00.13710.0273-0.03280.11630.01110.096815.5399-9.5941-3.3334
4-0.05770.05390.10620.04430.00770.07990.1410.17660.05290.11610.02620.13010.07170.1027-00.13560.0528-0.04580.1214-0.0197-0.004915.0082-17.6317-17.6966
50.0040.00960.01590.01570.00510.0157-0.01-0.03970.01010.07040.0311-0.063-0.0563-0.1177-00.0753-0.0247-0.03310.08240.00570.152330.492624.2821-32.3894
60.0019-0.0142-0.00890.00530.00310.0099-0.0205-0.0210.1229-0.06930.04970.01080.09440.0293-00.0582-0.0095-0.0050.0870.010.113516.88518.9239-34.3115
70.0652-0.05710.0310.06040.00390.0564-0.0359-0.0039-0.0357-0.02030.0481-0.0310.00880.032600.05430.0115-0.0090.0750.0040.090829.487211.0142-33.7976
80.0052-0.0082-0.01840.00080.01120.0114-0.05180.02970.0861-0.0683-0.0057-0.10620.2055-0.045800.2221-0.00350.01450.14540.00730.16534.14153.5572-41.5283
90.02020.0238-0.0229-0.0029-0.05240.04260.0507-0.10730.0479-0.5891-0.19370.0040.21470.10480-0.155-0.02470.00610.10270.02790.10268.08324.8428-27.726
100.00630.01120.00220.0140.01710.0228-0.07850.1558-0.02030.0351-0.00040.0422-0.00510.040900.0617-0.0058-0.00360.13880.0080.11781.76144.4349-35.3122
110.0073-0.0053-0.00150.0143-0.01370.0018-0.06060.00150.0097-0.00020.01260.0881-0.01450.0256-00.10620.00260.01330.07770.00640.0761-8.3161-6.3178-24.4985
120.00890.0169-0.02520.00930.01090.0208-0.05650.00590.02150.03160.03820.00860.0288-0.074400.0831-0.0115-0.0120.0696-0.01160.0811-3.195-5.0716-23.6416
13-0.0020.0155-0.0080.02610.01180.02030.0235-0.08720.20740.1069-0.09080.15220.034-0.0736-00.10290.01540.01990.09740.01040.1167-6.2088-3.37-17.0242
140.0216-0.00420.00570.00230.00680.013700.0154-0.02820.0968-0.01180.04610.07550.0698-00.08110.0066-0.00410.0821-0.0080.06232.7486-12.2012-24.8703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 33 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 102 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 178 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 179 through 260 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 18 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 19 through 33 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 34 through 94 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 95 through 109 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 110 through 154 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 155 through 178 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 179 through 193 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 194 through 215 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 216 through 238 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 239 through 260 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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