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Yorodumi- PDB-4x3l: Crystal Structure of TTHA0275 from Thermus thermophilus (HB8) in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4x3l | |||||||||
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Title | Crystal Structure of TTHA0275 from Thermus thermophilus (HB8) in complex with 5'-methylthioadenosine in space group P21212 | |||||||||
Components | RNA 2'-O ribose methyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / TTHA0275 Methyltransferase AdoMet 5'-methylthioadenosine | |||||||||
Function / homology | Function and homology information RNA methyltransferase activity / RNA processing / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | |||||||||
Authors | Demirci, H. / Belardinelli, R. / Jogl, G. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of TTHA0275 from Thermus thermophilus (HB8) Authors: Demirci, H. / Belardinelli, R. / Jogl, G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4x3l.cif.gz | 225.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4x3l.ent.gz | 180.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4x3l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4x3l_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4x3l_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4x3l_validation.xml.gz | 25.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4x3l_validation.cif.gz | 37.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/4x3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/4x3l | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4x3mC 1ipaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28036.334 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / Gene: TTHA0275 / Plasmid: pET26b / Production host: Escherichia coli / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: Q5SLL8 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: microbatch / pH: 4 Details: 100 mM citric acid, and 1M Lithium chloride anyhydrous |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Feb 15, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→40 Å / Num. obs: 84050 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.95 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 28.61 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.74 Å / Redundancy: 7.19 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1IPA Resolution: 1.7→38.112 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 151.32 Å2 / Biso mean: 45.0879 Å2 / Biso min: 21.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→38.112 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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