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- PDB-4x3h: CRYSTAL STRUCTURE OF ARC N-LOBE COMPLEXED WITH STARGAZIN PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3h
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ARC N-LOBE COMPLEXED WITH STARGAZIN PEPTIDE
要素
  • Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
  • VOLTAGE-DEPENDENT CALCIUM CHANNEL GAMMA-2 SUBUNIT
キーワードSIGNALING PROTEIN / ENDOCYTOSIS MEDIATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endosome / virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor activity / LGI-ADAM interactions / neuronal ribonucleoprotein granule / Trafficking of AMPA receptors / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane ...postsynaptic endosome / virus-like capsid / vesicle-mediated intercellular transport / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor activity / LGI-ADAM interactions / neuronal ribonucleoprotein granule / Trafficking of AMPA receptors / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / clathrin-coated vesicle membrane / cerebellar mossy fiber / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / endoderm development / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization / membrane hyperpolarization / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / nervous system process / regulation of cell morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of AMPA receptor activity / protein targeting to membrane / regulation of long-term synaptic potentiation / response to morphine / anterior/posterior pattern specification / voltage-gated calcium channel complex / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / neuromuscular junction development / regulation of long-term synaptic depression / transmission of nerve impulse / channel regulator activity / regulation of neuronal synaptic plasticity / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / AMPA glutamate receptor complex / membrane depolarization / mRNA transport / voltage-gated calcium channel activity / long-term memory / cytoskeleton organization / ionotropic glutamate receptor binding / somatodendritic compartment / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / acrosomal vesicle / regulation of membrane potential / learning / response to cocaine / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / Schaffer collateral - CA1 synapse / response to calcium ion / endocytosis / extracellular vesicle / cell migration / actin cytoskeleton / cell cortex / early endosome membrane / response to ethanol / dendritic spine / membrane raft / mRNA binding / glutamatergic synapse / dendrite / structural molecule activity / cell surface / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc C-lobe / Arc MA domain / Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family ...: / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc C-lobe / Arc MA domain / Voltage-dependent calcium channel, gamma-2 subunit / : / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / Voltage-dependent calcium channel, gamma subunit / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent calcium channel gamma-2 subunit / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者zhang, W. / ward, m. / leahy, d. / worley, p.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2015
タイトル: Structural basis of arc binding to synaptic proteins: implications for cognitive disease.
著者: Zhang, W. / Wu, J. / Ward, M.D. / Yang, S. / Chuang, Y.A. / Xiao, M. / Li, R. / Leahy, D.J. / Worley, P.F.
履歴
登録2014年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
B: VOLTAGE-DEPENDENT CALCIUM CHANNEL GAMMA-2 SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6232
ポリマ－10,6232
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.317, 54.317, 69.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

HOH

21A-328-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / ARC/ARG3.1 / Activity-regulated gene 3.1 protein / Arg3.1


分子量: 9346.333 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 207-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arc / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q63053
#2: タンパク質・ペプチド VOLTAGE-DEPENDENT CALCIUM CHANNEL GAMMA-2 SUBUNIT / NEURONAL VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL GAMMA-2 SUBUNIT / STARGAZIN / TRANSMEMBRANE AMPAR REGULATORY ...NEURONAL VOLTAGE-GATED CALCIUM CHANNEL GAMMA-2 SUBUNIT / STARGAZIN / TRANSMEMBRANE AMPAR REGULATORY PROTEIN GAMMA-2 / TARP GAMMA-2


分子量: 1276.468 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 225-233 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CACNG2, STG / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O88602*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M POTASSIUM SULFATE, 20% PEG 3350 AND 0.1 M MES , PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277K
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.401→25.298 Å / Num. obs: 4894 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.401→25.298 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 228 4.66 %
Rwork0.211 --
obs0.213 4894 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→25.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数753 0 0 53 806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6581050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.724290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4006-3.02380.26921150.23052284X-RAY DIFFRACTION100
3.0238-25.29980.23281130.20322382X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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