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万見
- PDB-2nqw: Structure of the transporter associated domain from PG_0272, a CB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nqw
タイトルStructure of the transporter associated domain from PG_0272, a CBS domain protein from Porphyromonas gingivalis
要素CBS domain protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / pfam03471 / Hemolysins / CBS domains / Transporter associated domain / CorC_HlyC / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gliding motility-associated protein GldE / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 ...Gliding motility-associated protein GldE / Transporter-associated domain / Transporter associated domain / Transporter associated domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / Ion transporter-like, CBS domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBS domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the transporter associated domain from PG_0272, a CBS domain protein from Porphyromonas gingivalis.
著者: Cuff, M.E. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9093
ポリマ－10,7251
非ポリマー1842
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.733, 45.195, 57.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CBS domain protein


分子量: 10724.841 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 324-413 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: PG_0272 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TIGR4 / 参照: UniProt: Q7MXD1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.1M citric acid, 25% PEG 3350, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97910, 0.97929
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月29日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.979291
反射解像度: 1.3→24.2 Å / Num. all: 20972 / Num. obs: 20972 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 16.11 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.3→24.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.467 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16715 1072 5.1 %RANDOM
Rwork0.12978 ---
all0.13157 19898 --
obs0.13157 19898 94.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.998 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数709 0 12 185 906
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6012.0051109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4155104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.53724.52442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.92515146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.869155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02641
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.2572
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7121.5494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1962785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3813353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8344.5319
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.0223847
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.2073185
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.6553790
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 59 -
Rwork0.194 1054 -
obs--69.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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