PDB-4x3f: Crystal structure of the intracellular domain of the M. tuberculo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x3f

タイトル

Crystal structure of the intracellular domain of the M. tuberculosis Ser/Thr kinase PknA

要素

(Serine/threonine-protein kinase PknA) x 3

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / autoinhibition / phosphorylation

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-threonine autophosphorylation / negative regulation of lipid biosynthetic process / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of cell shape / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wagner, T. / Wehenkel, A. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of the ser/thr kinase PknA from M. tuberculosis shows an Src-like autoinhibited conformation.
著者: Wagner, T. / Alexandre, M. / Duran, R. / Barilone, N. / Wehenkel, A. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

履歴

登録	2014年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x3f.cif.gz	321.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x3f.ent.gz	261 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/4x3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/4x3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1o6yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ip9-d 3lau-d 3c6q-4 3i5n-d 4pe6-2 5bwo-d 2xk8-d 4jb2-d 5m55-d 2bon-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PknA

B: Serine/threonine-protein kinase PknA

C: Serine/threonine-protein kinase PknA

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine/threonine-protein kinase PknA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine-protein kinase PknA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Serine/threonine-protein kinase PknA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.310, 150.180, 96.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.98, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	3 - 288	4 - 289
2	1	PRO	PRO	B	B	3 - 288	4 - 289
1	2	PRO	PRO	A	A	3 - 289	4 - 290
2	2	PRO	PRO	C	C	3 - 289	4 - 290
1	3	SER	SER	B	B	2 - 289	3 - 290
2	3	SER	SER	C	C	2 - 289	3 - 290

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PknA 分子量: 36017.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknA, Rv0015c, MTCY10H4.15c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WI83, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PknA 分子量: 35937.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknA, Rv0015c, MTCY10H4.15c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WI83, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PknA 分子量: 35857.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknA, Rv0015c, MTCY10H4.15c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WI83, non-specific serine/threonine protein kinase
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4.3 M NaCl, 0.1 M Hepes-Na pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→43.6 Å / Num. obs: 31961 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 1.197 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1o6y

1o6y

解像度: 2.9→43.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 46.23 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.636 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24302	1606	5 %	RANDOM
R_work	0.21912	-	-	-
obs	0.22033	30353	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.212 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.57 Å²	0 Å²	1.5 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.9→43.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6017	0	0	10	6027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	6151
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	5831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.289	1.988	8413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.144	3	13324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.188	5	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.047	22.297	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.555	15	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.339	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7062
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.377	5.19	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.369	5.19	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.214	7.774	4134
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.214	7.775	4135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.077	5.466	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.076	5.467	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.291	8.064	4280
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.878	40.378	6079
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.878	40.385	6080
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14584	0.08
1	2	B	14584	0.08
2	1	A	14445	0.08
2	2	C	14445	0.08
3	1	B	14968	0.07
3	2	C	14968	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	129	-
R_work	0.356	2201	-
obs	-	-	98.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.675	-2.7243	-1.3303	5.524	0.5048	3.642	0.4353	0.7045	0.169	-0.611	-0.444	0.3439	-0.4169	-0.228	0.0087	0.4387	-0.0572	-0.0963	0.505	-0.0713	0.1689	14.965	2.624	-6.509
2	6.0762	-0.5157	-0.9457	2.4905	0.6986	2.8432	0.0178	-0.0015	-0.2693	-0.0515	-0.1097	0.1358	0.1754	-0.0949	0.0919	0.437	-0.086	0.0905	0.2454	-0.0596	0.195	36.754	-8.531	3.976
3	7.7087	-0.4688	0.8995	5.2329	-1.3236	7.8457	-0.3094	0.3587	-0.1869	0.1945	0.3617	-0.0633	0.3139	-0.5388	-0.0523	0.5123	0.1063	0.2123	0.1524	-0.0645	0.4349	0.875	-12.443	-34.273
4	2.8587	-2.0867	2.1355	4.5744	-2.2992	3.9474	-0.0452	0.1057	0.0873	0.0706	-0.0142	-0.3279	-0.2232	0.0304	0.0594	0.3942	0.1038	0.1389	0.0621	-0.0831	0.5686	23.868	-27.03	-34.272
5	5.4525	-0.5254	-0.6507	6.8939	-0.8349	6.4458	0.1143	0.0107	-0.039	0.0374	-0.1169	-0.1805	0.4745	-0.3133	0.0026	0.3968	0.2054	0.1535	0.2236	-0.0209	0.3855	-10.227	0.619	-22.663
6	4.0007	-0.8611	0.3392	5.5958	-2.4984	4.1202	-0.1441	-0.2329	0.3116	0.3835	0.0226	-0.1964	-0.1011	0.095	0.1215	0.4057	0.1418	0.0746	0.0979	-0.1003	0.4568	-15.802	26.367	-17.547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	99 - 289
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	0 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	99 - 289
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	99 - 289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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