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- PDB-4x3f: Crystal structure of the intracellular domain of the M. tuberculo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3f
タイトルCrystal structure of the intracellular domain of the M. tuberculosis Ser/Thr kinase PknA
要素(Serine/threonine-protein kinase PknA) x 3
キーワードTRANSFERASE / Kinase / autoinhibition / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-threonine autophosphorylation / negative regulation of lipid biosynthetic process / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of cell shape / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / extracellular region ...peptidyl-threonine autophosphorylation / negative regulation of lipid biosynthetic process / regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of cell shape / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase PknA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wagner, T. / Wehenkel, A. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of the ser/thr kinase PknA from M. tuberculosis shows an Src-like autoinhibited conformation.
著者: Wagner, T. / Alexandre, M. / Duran, R. / Barilone, N. / Wehenkel, A. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.
履歴
登録2014年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PknA
B: Serine/threonine-protein kinase PknA
C: Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8143
ポリマ－107,8143
非ポリマー00
水18010
1
A: Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0181
ポリマ－36,0181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9381
ポリマ－35,9381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8581
ポリマ－35,8581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.310, 150.180, 96.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA3 - 2884 - 289
21PROPROBB3 - 2884 - 289
12PROPROAA3 - 2894 - 290
22PROPROCC3 - 2894 - 290
13SERSERBB2 - 2893 - 290
23SERSERCC2 - 2893 - 290

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量: 36017.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknA, Rv0015c, MTCY10H4.15c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI83, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量: 35937.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknA, Rv0015c, MTCY10H4.15c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI83, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknA


分子量: 35857.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknA, Rv0015c, MTCY10H4.15c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI83, non-specific serine/threonine protein kinase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4.3 M NaCl, 0.1 M Hepes-Na pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→43.6 Å / Num. obs: 31961 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.197 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1o6y

1o6y


解像度: 2.9→43.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 46.23 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.636 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24302 1606 5 %RANDOM
Rwork0.21912 ---
obs0.22033 30353 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 91.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.57 Å20 Å21.5 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---3.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→43.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6017 0 0 10 6027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.9888413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.144313324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1885824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04722.297222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55515854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3391554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3775.193317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3695.193316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2147.7744134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.2147.7754135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0775.4662834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.0765.4672835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2918.0644280
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.87840.3786079
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.87840.3856080
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A145840.08
12B145840.08
21A144450.08
22C144450.08
31B149680.07
32C149680.07
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 129 -
Rwork0.356 2201 -
obs--98.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.675-2.7243-1.33035.5240.50483.6420.43530.70450.169-0.611-0.4440.3439-0.4169-0.2280.00870.4387-0.0572-0.09630.505-0.07130.168914.9652.624-6.509
26.0762-0.5157-0.94572.49050.69862.84320.0178-0.0015-0.2693-0.0515-0.10970.13580.1754-0.09490.09190.437-0.0860.09050.2454-0.05960.19536.754-8.5313.976
37.7087-0.46880.89955.2329-1.32367.8457-0.30940.3587-0.18690.19450.3617-0.06330.3139-0.5388-0.05230.51230.10630.21230.1524-0.06450.43490.875-12.443-34.273
42.8587-2.08672.13554.5744-2.29923.9474-0.04520.10570.08730.0706-0.0142-0.3279-0.22320.03040.05940.39420.10380.13890.0621-0.08310.568623.868-27.03-34.272
55.4525-0.5254-0.65076.8939-0.83496.44580.11430.0107-0.0390.0374-0.1169-0.18050.4745-0.31330.00260.39680.20540.15350.2236-0.02090.3855-10.2270.619-22.663
64.0007-0.86110.33925.5958-2.49844.1202-0.1441-0.23290.31160.38350.0226-0.1964-0.10110.0950.12150.40570.14180.07460.0979-0.10030.4568-15.80226.367-17.547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2A99 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4B99 - 289
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6C99 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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